-
Natural sciences
- Statistical physics
- Soft condensed matter
- Theoretical and computational chemistry not elsewhere classified
- Computational biomodelling and machine learning
Op het oppervlak van een proteïne zijn bindingsites van functioneel belang, waar de proteïne met andere molecules interageert, zoals medicijnen Genetische varianten komen voort uit variaties in de nucleotiden van het genoom in individuele personen Soms wijzigen deze varianten de proteïnen drastisch, wat kan leiden tot dysfunctionele proteïnen of tot proteïnen die anders binden met medicijnen Dit project focust op het ontwikkelen en gebruiken van computationele methodes op de moleculaire schaal om bindingsites te detecteren en om genetische varianten te linken aan specifieke bindingsites, met het oog op precisiegeneeskunde Met deze nieuwe methodes zal onderzocht worden hoe de genetische varianten de eigenschappen van de bindingsites veranderen
De flexibiliteit van proteïnen zal in rekening gebracht worden bij het rangordenen van de bindingsaffiniteit aan de hand van versnelde moleculaire dynamica-simulaties, in combinatie met vibrationele modes Om dit onderzoek een grote impact te geven, zullen de nieuw ontwikkelde computationele methodes toegankelijk gemaakt worden via een web-gebaseerde interface en server Het resultaat van dit onderzoek zal een nieuwe methodologie zijn voor precisiegeneeskunde, die toelaat om veranderingen in de bindingsaffiniteit te voorspellen geïnduceerd door genetische varianten De ontdekking van genetische varianten die bindingsgevoeliger zijn, zal een uiterst grote impact hebben op nieuwe hypotheses in geneeskunde en geneesmiddelonderzoek