Project

Het ontwikkelen van een kostenefficiënte eQTL-scanning-strategie voor het ontrafelen van de brede transcriptionele respons van een polyfage plaag op een nieuwe waardplant.

Looptijd
01-01-2020 → Lopend
Financiering
Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek - Vlaanderen (FWO)
Onderzoeksdisciplines
  • Natural sciences
    • Development of bioinformatics software, tools and databases
    • Transcriptomics
  • Agricultural and food sciences
    • Agricultural plant protection
Trefwoorden
Toegepaste genetica expressie-kwantitatieve eigenschap loci (eQTL) statistische transcriptomics
 
Projectomschrijving

De zoektocht naar genetische varianten die de transcriptionele variatie aan de grondslag van interessante fenotypes verklaren is van groot belang in de biologische wetenschappen Echter, de kostprijs van state-of-the-art methodes om genoom-wijd naar expressie - quantitative trait loci (eQTLs) te zoeken is vaak onoverkomelijk hoog HIer willen we een nieuwe strategie ontwikkelen die gebaseerd is op het statistisch modelleren van allelspecifieke RNA-seq data voor eQTLs, wat tot meer power en minder artefacten leidt, met bijgevolg superieure kostenefficiëntie Om de voordelen aan te tonen, zullen we de nieuwe methodologie toepassen op RNA-seq data van de spintmijt Tetranychus urticae T urticae is een courant plaagorganisme berucht voor zijn detoxificatiepotentieel van zowel pesticiden als waardplantmetabolieten, maar het mechanisme aan de grondslag van de snelle transcriptionele respons en adaptatie voor nieuwe toxines/waardenplanten blijft onbekend Door (i) naar eQTLs te scannen in het nageslacht van willekeurig gemixte veldpopulaties van verschillende waardplanten, en (ii) eQTL genotypes met de fenotypische respons van het nageslacht bij transfer naar een complexe waard te linken, proberen we deze eQTLs te identificeren die de succesvolle transcriptionele respons op nieuwe waardplanten verklaren Indien succesvol zal dit onderzoek bijdragen tot het potentiële gebruik van genetische eQTL testen voor T urticae en bij uitbreiding voor andere polyfage plagen in het veld