-
Natural sciences
- Computational evolutionary biology, comparative genomics and population genomics
- Marine ecology
- Biology of adaptation
- Population, ecological and evolutionary genetics
- Quantitative genetics
Ruimtelijke variatie in omgeving veroorzaakt lokale adaptie bij populaties van verschillende soorten. Ons begrip van moleculaire processen die aan de basis liggen van adaptatie is vrij schaars en de identificatie van causale mutaties blijft moeilijk. Deze studie wil de genetische variatie bestuderen van populaties van het groen zeewier Zeesla (Ulva) die grote bloeien veroorzaken (‘green tides’). We zullen een F2 populatie maken door vier compatibele maar morfologisch verschillende lijnen van het soortencomplex U. mutabilis/compressa met elkaar te kruisen. Deze populatie wordt automatisch gefenotypeerd tijdens groei op stikstof-rijk en -arm medium om groeiparameters te kwantificeren, vervolgens worden QTLs geïdentificeerd met behulp van SLAF-seq. In parallel zullen we zes natuurlijke populaties oogsten in niet-geëutrofieerde en bloeigeassocieerde locaties, om deze te fenotyperen en te genotyperen met behulp van whole-genome resequencing. De genotypering zal ons toelaten om genoom regio’s te associëren met lokale adaptatie en bloeivorming. Een belangrijke vraag hierbij is of adaptatie het gevolg is van genetische trade-offs of van conditioneel neutrale allelen. Onze expertise laat toe om mogelijke regulatoren van groei en ontwikkeling functioneel te karakteriseren met behulp van mutantenstudies. Dit project zal QTL-analyse koppelen aan populatie genomics en reverse genetics om te begrijpen waarom sommige Ulva genotypes succesvol zijn in verstoorde, nutriëntenrijke habitats.