Project

Modelreductie van biochemische reactienetwerken met behulp van hun soortreactie grafieken

Code
bof/baf/1y/2024/01/033
Looptijd
01-01-2024 → 31-12-2024
Financiering
Gewestelijke en gemeenschapsmiddelen: Bijzonder Onderzoeksfonds
Promotor
Onderzoeksdisciplines
  • Natural sciences
    • Biology and other natural sciences
    • Systems theory, control
Trefwoorden
systeembiologie Enzymkinetische netwerken Database van biomodellen
 
Projectomschrijving

We willen een nieuwe aanpak voorstellen voor de modelreductie van biochemische reactienetwerken met behulp van hun soort-reactiegrafieken. Dit zijn bipartiete grafieken met twee sets knooppunten, waarvan er één overeenkomt met de reeks soorten en de andere met de verschillende reacties van het netwerk. De reeks van grafiekranden omvat gerichte randen van substraatsoorten naar de reacties waaraan ze deelnemen, en van de reacties naar hun samenstellende productsoorten. Het eerste projectdeel bestaat uit het ontwerpen van een nieuwe modelleringsprocedure voor een reactienetwerk waarbij de Laplace-matrix is betrokken, en een methode voor de reductie ervan door het Schur-complement te beschouwen, verkregen door het elimineren van de rijen en kolommen die overeenkomen met de soorten en reacties. Het tweede deel omvat het automatiseren van de voorgestelde procedure zodat de gebruiker het reactienetwerk en de mate van reductie kan specificeren en dat de output het gereduceerde netwerk is.