Milieuvriendelijker herkauwers, die minder methaan uitstoten en/of een efficiëntere voederconversie hebben, herbergen een minder divers pensmicrobioom dat vooral verrijkt is met micro-organismen die gespecialiseerd zijn in specifieke biochemische processen. Een dergelijk ecosysteem is naar alle waarschijnlijkheid minder veerkrachtig wanneer de omgeving wordt gewijzigd door (a)biotische stressoren. Dit heeft niet alleen invloed op de werking van het microbioom zelf maar ook op de gezondheid van het dier door inductie van immuunreacties.

Bijgevolg wordt verwacht dat milieuvriendelijke dieren en hun pensmicrobioom vooral in perioden met verhoogde omgevings- en metabole stress minder veerkrachtig zijn. De transitieperiode, van 3 weken voor tot 3 weken na het kalven, is zo’n periode en vormt de focusperiode in dit project om de interactie tussen gastheer en microbioom te bestuderen, aangezien dierverschillen in deze periode meer uitgesproken zijn. We veronderstellen dat deze dierverschillen zichtbaar zijn in gastheer-gerelateerde parameters, die eco-efficiëntie en metabole stresscomponenten beschrijven, maar ook in het pens- en darmmicrobioom. Om de interactie tussen gastheer en microbioom te begrijpen, worden verschillende mogelijke sleutelmechanismen onderzocht, waaronder translocatie naar het bloed of speeksel van microbe-geassocieerde moleculaire patronen en verrijking aan IgA-gecoate bacteriën.