Het monitoren van gemeenschappen is een belangrijke pijler geweest om de prestaties te waarborgen. Uitgaande van het eenvoudigste model werd een synthetische gemeenschap die betrokken is bij de productie van nitraat uit urine, flowcytometrie gecombineerd met fluorescentie in situ hybridisatie (FISH), gebruikt om de gemeenschap in batch te karakteriseren. De ontwikkeling en productie van biofilm van N2O werd ook gemonitord voor de volledige karakterisering van dit simplistische model.