Project

Proteogenomics exploratie van de moleculaire mechanismen die aan de basis liggen van Salmonella infectie

Looptijd
01-10-2019 → Lopend
Financiering
Gewestelijke en gemeenschapsmiddelen: Bijzonder Onderzoeksfonds
Onderzoeksdisciplines
  • Natural sciences
    • Analysis of next-generation sequence data
    • Bioinformatics data integration and network biology
    • Genome structure and regulation
    • Infectious diseases
    • Genomics
    • Proteomics
    • Transcriptomics
Trefwoorden
salmonella
 
Projectomschrijving

Recente technologische evoluties en technologische ontwikkelingen
betreffende het sequeneren van genomen en transcriptomen stellen
ons in staat om complexe biologische processen te bestuderen op
een ongekende, genoom-brede schaal.
Een toonbeeld hiervan is de ribosoom-profileringstechniek die de
globale analyse van eiwitsynthese, mogelijk maakte door massale
parallelle sequenering van ribosoom-beschermde boodschapper
RNA (mRNA) fragmenten. Ribosoom-profilering stelde ons tevens in
staat om de sterk ondergewaardeerde complexiteit van onder andere
bacteriële genomen in kaart te brengen.
In dit project wensen we verder te bouwen op de recent verworven
kennis in verband met de structuur van het bacteriële genoom. Door
het genereren van complementaire hoge-kwaliteit expressie,
translatie en eiwit data, wensen we Salmonella en gastheer translatie
gedurende infectie in kaart te brengen. Meer specifiek wensen we
ons te focussen op tot nu toe onbekende vertaalproducten die
betrokken zijn in infectie. Deze functionele annotatie van het
Salmonella genoom zal ons in staat stellen om belangrijke
mechanistische vragen over het bacteriële infectieproces te
beantwoorden. Identificatie van (nieuwe) effectoren en
virulentiefactoren kunnen vervolgens de basis vormen voor de
ontwikkeling van nieuwe diagnostica en nieuwe antimicrobiële
behandelingen.