De varkensindustrie is de afgelopen decennia extreem snel geëvolueerd. De exponentiële toename van het aantal dieren, in combinatie met wereldwijd dierlijk transport en de globalisering van voedercomponenten werkt een snelle, continue en mondiale verspreiding van infectieuze agentia in de hand. Grote gaten in de controle zijn problemen om (1) ziektes in een vroeg stadium te herkennen, (2) pathogenen en pathogeencomplexen snel te identificeren, en (3) boeren het belang van een effectieve bioveiligheid te laten inzien. In dit project zullen nieuwe technologieën gebruikt worden om deze problemen aan te pakken. (1) Sensoren die realtime detectie van klinische symptomen uitvoeren d.m.v. monitoring van de fysiologie en het leefmilieu van de dieren (Healthy Climate Monitor). (2) Een nieuwe sampler, ontwikkeld door de Universiteit Gent, gebruiken, waarmee ter plaatse materiaal van levende en gestorven dieren kan opgezuiverd worden. Directe nanopore-sequencing en data-analyse, via een nieuw diagnostisch softwareplatform, kunnen virussen en bacteriën snel identificeren, zonder voorafgaande waarschijnlijkheidsdiagnosen. (3) Een risk-based scoresysteem voor bioveiligheid (Biocheck.UGent) staat toe de kwaliteit van de bioveiligheid op een boerderij te evalueren. Deze technologieën worden eerst toegepast op boerderijen zonder duidelijke klinische symptomen, maar met te lage productiviteitscijfers. Hierdoor kunnen aanbevelingen worden gedaan om het bioveiligheidsniveau te verbeteren. Door het gebruik van deze technologiën zullen subklinische circulaties van virussen en bacteriën aan het licht komen. Vervolgens zullen dezelfde technologieën gebruikt worden op boerderijen met klinische ziekte uitbraken. De oorzakelijke kiemen zullen geïdentificeerd worden, samen met fouten in leefmilieu- en bioveiligheidsparameters. Dit zal toestaan om een bedrijfsspecifieke behandeling en preventie te ontwikkelen. Daarenboven zullen aanbevelingen kunnen gemaakt worden voor het leefmilieu en de bioveiligheid. Nieuwe virale isolaten, die tijdens dit project ontdekt worden, zullen gebruikt worden om experimentele infecties uit te voeren. De klinische en pathologische relevantie zal zo onderkend worden. Ten slotte zal een spatio-temporaal platform ontwikkeld worden om veterinair belangrijke pathogenen op te volgen. Dit platform zal ter beschikking gesteld worden voor boeren, dierenartsen, besluitvormers en farmaceutische bedrijven en kan zo dienen als hulpmiddel voor het surveilleren en bestrijden van opkomende endemische en epidemische virale ziekten.