Recente technologische ontwikkelingen laten toe om kosten-efficiënt en op grote schaal verschillende biologische moleculen en moleculaire interacties in kaart te brengen, wat geleid heeft tot een explosieve toename aan omics data: genoom, epigenoom, transcriptoom, proteoom, metaboloom, … Het vermogen om multi-omics data te integreren tot meer dan de som van de bestaande data is essentieel om de oorzaken van complexe ziekten zoals neuro-inflammatoire aandoeningen en kanker te achterhalen. Multi-omics data integratie staat nog in zijn kinderschoenen en veel tools zijn op maat gemaakt voor specifieke toepassingen, data types of sets van genen. In dit project zullen we methoden voor multi-omics data integratie vergelijken, optimaliseren, ontwikkelen en vervolgens toepassen. Speciale aandacht zal daarbij gegeven worden aan de invloed van omgevingsfactoren zoals microbiota en voeding op de regulatorische netwerken van complexe ziekten door de integratie van transcriptoom, epigenoom en metaboloom data.