In een eerste fase van het project werd het voorkomen en belang van rotavirus infecties op Vlaams varkensbedrijven in kaart gebracht aan de hand van longitudinale veldstudies op 13 bedrijven. Deze aanpak is tot op heden uniek in de wereld. Het rotavirus bleek endemisch aanwezig te zijn op alle Vlaamse varkensbedrijven. Bij zuigende biggen in de kraamstal breken infecties voornamelijk door bij een slechte maternale (lactogene) immuniteit of tegen het einde van de kraamfase wanneer de maternale antistoffen meer verdund worden door het opnemen van snoepvoeders. Rotavirus A infecties in de kraamstal gingen niet altijd gepaard met kliniek. Het optreden van kliniek is wellicht afhankelijk van co-infecties (enterisch ziektecomplex) en omgevingsomstandigheden (vb. te lage temperatuur). Wel kon bij ernstige rotavirus C infecties een verminderde groei geobserveerd worden. Na het spenen treden op alle Vlaamse varkensbedrijven verschillende infectiegolven met diverse genotypes van rotavirus A en C op. Afhankelijk van de aanwezigheid van co-infecties (verschillende virussen en bacteriën) leidde dit tot diarree.

Wanneer een zeer hoge hygiënestandaard wordt nageleefd op de bedrijven, bv bij high health bedrijven, kon na het spenen een verlaagde rotavirus uitscheiding geobserveerd worden. Een eerste strategie om rotavirusinfecties te controleren is dus het gebruik van een standaard hygiëne protocol. Hiervoor worden de hygiëne protocols, die door bedrijven zoals CID Lines, Agrologic, DGZ en Dialab opgesteld werden, voor de varkenssector aanbevolen. Het is echter onmogelijk het rotavirus volledig te elimineren, aangezien het virus zeer resistent is in de omgeving. Wel kan met een goede hygiëne protocol de infectiedruk gecontroleerd worden, wat leidt tot minder replicatie-opstoten en een betere darmgezondheid.

In dit project was een andere doelstelling het verfijnen van de diagnostische testen voor rotavirussen.Sinds de start van het project en nu zijn er enorme revoluties in de diagnostiek van infectieziekten aan de gang, waarbij gebruik gemaakt wordt van moderne sequeneringstechnologieën. Het was origineel gepland om genotype-specifieke real-time PCRs te ontwikkelen om stammen snel te karakteriseren, maar deze aanpak behoeft stam-specifieke primers en is dus veel te omslachtig. Tijdens het project werd virale metagenomics geïmplementeerd om rotavirus genotypes op bedrijven sneller te kunnen karakteriseren. Deze readout geeft ineens ook een volledig overzicht van alle virussen die onderdeel zijn van het enterisch ziektecomplex. Met deze informatie zal op termijn de selectie van vaccins en nutraceuticals kunnen gestuurd worden.

Om rotavirus infecties te controleren werd parallel aan het project een geattenueerde rotavirus A vaccin kandidaat ontwikkeld. Na enkele passages in celculturen en perorale inoculatie bleek deze onvoldoende efficiënt te vermeerderen in conventionele neonatale biggen. Bijgevolg zou dit vaccin onvoldoende geschikt zijn voor toediening aan biggen of gelten/zeugen omdat het geen lokale of lactogene immuunrespons zou induceren. Daarom werd deze onderzoekspiste gestopt. In parallel werd daarom gewerkt aan een recombinant vaccin dat zal gebruikt worden om een kortdurende bescherming te induceren gedurende de eerste levensweek. De recombinante eiwitten zullen eveneens gebruikt worden om nutraceuticals te screenen die zullen toegevoegd worden aan het snoepvoeder van jonge biggen rond het spenen. Op deze manier zal het moment van een virulente rotavirus infectie zolang mogelijk uitgesteld worden. Dit onderzoek wordt momenteel verdergezet in een nieuw project (Baekeland mandaat) volgend op het huidige traject.