Project

Het gebruik van ribosoom profilering en positionele proteomics voor de studie van N-terminale eiwitvarianten, hun stabiliteit en lokalisatie

Code
31519514
Looptijd
01-01-2014 → 31-12-2016
Financiering
Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek - Vlaanderen (FWO)
Onderzoeksdisciplines
  • Medical and health sciences
    • Laboratory medicine
    • Palliative care and end-of-life care
    • Regenerative medicine
    • Other basic sciences
    • Laboratory medicine
    • Palliative care and end-of-life care
    • Regenerative medicine
    • Other clinical sciences
    • Other health sciences
    • Nursing
    • Other paramedical sciences
    • Laboratory medicine
    • Palliative care and end-of-life care
    • Regenerative medicine
    • Other translational sciences
    • Other medical and health sciences
Trefwoorden
proteomics ribosoom profilering eiwitvarianten
 
Projectomschrijving

Steeds studies omvatten integratieve analyse van gnee en eiwitexpressie data, gebruik te maken van nieuwe technologieën zoals next-generation sequencing transcriptoom (RNA-Seq) en zeer gevoelige massaspectrometrie (MS). Analyses van de sequentie en de aard van alle eiwitten amino-uiteinden (N-uiteinden) in Proteoomwijde (N-terminome) in eukaryoten tonen een zeer understimated optreden van niet-geannoteerde gegevensbestand alternatief vertaalt, waardoor de reeds hoge complexiteit van proteomen verhogen. N-terminomics geeft kwantitatieve informatie over de N-terminale modificatie staten van geïdentificeerde eiwitten in Naast het inschakelen van grootschalige proteoom dynamiek studies. Ribosoom profilering, een recent ontwikkelde methode genomics, maakt een systematische controle van eiwittranslatie beurzen van diepe sequencen van mRNA ribosoom beschermde fragmenten en maakt daardoor de studie van (alternatieve) translation (initiatie) met enkel codon resolutie. Aangezien de globale prevalentie en de in vivo verordening betreffende de erkenning van near-verwante vertaling intitiation codons slecht wordt begrepen, in dit project willen we op het gecombineerde gebruik van de N-terminomics en ribosoom profilering aan de regulerende mechanismen die startcodon selectie verder te verkennen. Bovendien proteoomwijde omzet en subcellulaire lokalisatie analyse van N-terminale eiwitvarianten worden uitgevoerd, waardoor de afbakening van verschillende dynamische parameters eiwit en eiwit functionaliteit.