Project

Functionele karakterisering van sORFeome gecodeerde peptiden in Salmonella

Code
DOCT/002659
Looptijd
31-05-2023 → 21-09-2025 (Lopend)
Doctoraal onderzoeker
Onderzoeksdisciplines
  • Natural sciences
    • Infectious diseases
    • Interactomics
    • Proteomics
    • Transcriptomics
Trefwoorden
Salmonella Typhimurium Riboproteogenomics Kleine eiwit biologie
 
Projectomschrijving

Voor bacteriële kleine eiwitten van translationele oorsprong, gedefinieerd als zijnde korter dan 100 aminozuren, werd reeds aangetoond dat deze belangrijke functies vervullen in zowel fundamentele als infectie-gerelateerde biologische processen. Omwille van hun korte lengte en specifieke biochemische eigenschappen, zijn deze kleine eiwitten frequent incompatibel met standaard eiwitdetectie methoden zoals blotting, wat hun studie tot een grotendeels onontgonnen onderzoeksgebied maakt. In dit project, startend van een set potentieel nieuwe kleine eiwitten geïdentificeerd door riboproteogenomics, wensen we de uitdagingen in kleine eiwit detectie in kaart te brengen om toe te werken naar een geoptimaliseerde werkmethode voor hun validatie en karakterisering. Gebruikmakend van de model bacteriële pathogeen Salmonella Typhimurium, initiëren we de functionele karakterisering van deze klasse van eiwitten met behulp van geavanceerde omics technieken. Voortbouwend op hun genoomwijde ontdekking en expressie validatie, zullen studies naar de stabiliteit, lokalisatie en interacties van nieuwe kleine eiwitten helpen om hun biologische functies te ontrafelen. Deze integrale en systemische benadering zal ons inzichten verschaffen in de biologie van bacteriële kleine eiwitten en kan bovendien interessante kandidaten naar voor schuiven voor de ontwikkeling van nieuwe antimicrobiële behandelingen en diagnostische tools.