-
Medical and health sciences
- Analysis of next-generation sequence data
- Gastro-enterology
- Bacteriology
- Microbiome
-
Engineering and technology
- Environmental microorganism biotechnology
Iedereen die ooit een voedselvergiftiging heeft gehad, weet dat het een paar dagen in de buurt van het toilet of in bed betekent. Geen groot probleem als je jong en gezond bent en in een land woont met goede sanitaire voorzieningen. Echter vaak levensbedreigend bij zuigelingen en ouderen, mensen met onderliggende aandoeningen of in ontwikkelingslanden. De huidige behandelingsopties zijn beperkt tot antibiotica, met het bijbehorende resistentie-probleem. Behandeling met bacteriële consortia is een veelbelovend alternatief, waarmee het probleem van antibioticaresistentie wordt vermeden en er mogelijkheden zijn voor gepersonaliseerde en preventieve behandeling. Momenteel zijn er slechts twee strategieën voor de selectie van dergelijke consortia: 1. het combineren van verschillende veilige probiotische stammen of 2. het analyseren van het succes van zeer risicovolle proeven met fecale materiaaloverdracht. Beide benaderingen hebben hun problemen. Deze zouden kunnen worden opgelost door de selectie te baseren op kolonisatieresistentie en/of functionele complementariteit met de doelbacterie. Er is momenteel geen algemene in vitro screeningmethode voor bacteriële consortia selectie op basis van dit concept. In dit project stel ik voor om een dergelijk screeningsplatform op te zetten voor één specifieke bacterie, namelijk Campylobacter jejuni, als proof of concept en een use-case met aanzienlijke potentiële maatschappelijke impact.