-
Natural sciences
- Bioinformatics data integration and network biology
- Structural bioinformatics and computational proteomics
De functie van eiwitten wordt sterk gereguleerd door hun gecoördineerde expressie en interactie in verschillende weefsels en hun juiste lokalisatie binnen verschillende sub-cellulaire compartimenten. Een algemeen mechanisme voor eiwitregulatie zijn posttranslationele modificaties (PTMs). Fosforylering is de meest voorkomende en bestudeerde PTM in eukaryoten, met een rol in ziekten zoals kanker en Alzheimer’s. Deze omkeerbare modificatie wordt gereguleerd door twee belangrijke enzymen;kinasen en fosfatasen. Er zijn echter slechts weinig gegevens beschikbaar over kinase-substraat fosforylering, evenals hun biologische context (bvb. pathologische associatie). Met kinase-substraatassociatie een belangrijk doelwit voor farmacologisch onderzoek is betere en context-bewuste informatie over eiwitfosforylering en kinase-substraatassociatie essentieel om zo hun rol in cellulaire communicatie en ziekten te begrijpen. In dit project identificeren we kinase-substraatassociaties en hun biologische en pathologische context door beschikbare openbare op massaspectrometrie gebaseerde proteomics-gegevens opnieuw te verwerken en te gebruiken, met integratie van functionele en fysische eiwitassociatienetwerken, weefsel- en subcellulaire annotaties, en verschillende sequentie-, structurele en biofysische kenmerken. De resultaten van dit onderzoek zullen beschikbaar worden gemaakt via de interactieve Scop3P web interface, een gevestigde kennisbank over fosforylering van menselijke eiwitten.