Ondanks de vooruitgang in de productie van in vitro embryo's zijn deze embryo's van beduidend slechtere kwaliteit dan in vitro embryo's. Dit blijkt uit een verstoorde embryonale genexpressie, met problemen tijdens de foetale en postnatale ontwikkeling tot gevolg. Studies naar regulatie van de embryonale genexpressie suggereren dat naast transcriptiefactoren ook epigenetische modificaties en microRNA's belangrijke regulatoren zijn van de genexpressie