Bij sommige Covid19-patiënten wordt de SARS-CoV2-infectie van de luchtwegen gevolgd door een cytokinestorm, wat resulteert in verminderde zuurstofuitwisseling en meervoudig orgaanfalen. De reden waarom dit bij een deel van de patiënten voorkomt, is niet bekend. Om de interacties tussen virus en gastheer beter te begrijpen, zullen we virale replicatie en gastheerrespons in verschillende ziektestadia kwantitatief analyseren in een uitgebreide reeks monsters verkregen van Covid19-patiënten die in het UZ Gent zijn gehospitaliseerd. De onderzoeksvragen die we willen beantwoorden zijn:

- Wat is de replicatiekinetiek van het virus?

- Hoe verhoudt dit zich tot de hostreactie op de bijbehorende sites?

- Hoe hangt dit samen met het ziektestadium, morbiditeit en mortaliteit?

- Welke nieuwe therapeutische doelen kunnen worden geïdentificeerd?

Om deze vragen te beantwoorden, zullen we kwantitatieve beoordeling van virale replicatie en eencellige CITEseq-proteonomica combineren, waarbij we zowel de virale belasting, het transcriptoom als het oppervlaktereceptorproteoom op eencellig niveau meten. Door het brede scCITEseq-panel van oppervlaktereceptoren te analyseren, willen we celtype-specifieke biomarkers identificeren in gematchte ademhalings- en bloedmonsters die correleren met de ernst van COVID-19 en de uitkomst van de ziekte. Door deze multidisciplinaire aanpak zullen we een ongekend inzicht verkrijgen in de virale-gastheerinteracties die optreden bij Covid19-patiënten, waarbij nieuwe therapeutische doelen worden onthuld, evenals biomarkers die dringend nodig zijn voor een effectievere behandeling en stratificatie van Covid19-patiënten