Het Hoofddoel van het CLEANDESOPT-project is het opstellen en uittesten van geoptimaliseerde en alternatieve reinigings- en ontsmettingsprotocollen voor pluimvee-, varkens- en melkveestallen. Dat wordt gekoppeld aan het ontwerpen en gebruiken geoptimaliseerde analysemethoden (=meetsystemen) om de effectiviteit van de toegepaste reiniging en ontsmettings (R&O) protocollen te evalueren.