Fungi spelen een cruciale rol in ecosystemen, komen wereldwijd voor – zelfs in extreme habitats – en leven in complexe associaties met uiteenlopende organismen zoals prokaryoten, algen, planten, ongewervelden, gewervelden en andere fungi. Toch behoren zij tot de slechtst onderzochte en minst gedocumenteerde groepen eukaryoten, ondanks schattingen die variëren van 1,5 tot 6,1 miljoen soorten. Deze kennisleemte hangt samen met grote onzekerheid over hun verspreiding, in het bijzonder van niet kweekbare fungi, microfungi en parasitaire en tropische soorten. In dit project richten wij ons op twee slecht bestudeerde orden: Laboulbeniales, microfungale parasieten van geleedpotigen, en Pucciniales, microfungale parasieten van planten. Beide groepen worden nauwelijks gedetecteerd met gangbare kweek- en sequencingmethoden, zijn fylogenetisch nog niet opgelost en vertegenwoordigen zeldzame obligaat parasitaire lijnen met vermoedelijk grote ecologische impact, waaronder zeldzame heteroecische levenscycli. Met een internationaal team van experts combineren wij gestandaardiseerde bemonstering in tropische en extra-tropische regio’s met multilocus fylogenieën, fylogenomica, vergelijkende genomica en ecologische analyses. Daarmee willen wij nagaan of het opnemen van obligate microparasieten de totale schimmelsoortenschattingen beïnvloedt, of parasitaire microfungi het omgekeerde latitudinale gradiënt volgen, of we lang onopgeloste fylogenetische vraagstukken kunnen oplossen door ontbrekende lijnen te integreren, en of de genomen van heteroecische soorten afwijken van de genoomversobering die kenmerkend is voor andere obligate parasieten.