Research Explorer

Uw browser ondersteunt geen JavaScript of JavaScript is niet ingeschakeld. Zonder JavaScript kan sommige functionaliteit van deze webapplicatie uitgeschakeld zijn of foutmeldingen veroorzaken. Raadpleeg om JavaScript in te schakelen de handleiding van uw browser of contacteer uw systeembeheerder.

Project

Geavanceerde AI-gedreven Bioinformatica Oplossingen voor Performante Peptidoomanalyse

Outputs & impact

Publicaties & datasets ( 14 )

MHCquant2 refines immunopeptidomics tumor antigen discovery

Jonas ScheidSteffen LemkeNaomi Hoenisch-GravelAnna DenglerTimo SachsenbergArthur DeclercqRalf GabrielsJens BauerMarcel WackerLeon Bichmann et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in GENOME BIOLOGY

Collisional cross-section prediction for multiconformational peptide ions with IM2Deep

Robbe DevreeseAlireza NameniArthur DeclercqEmmy TerrynRalf GabrielsFrancis ImpensKris GevaertLennart MartensRobbin Bouwmeester

A1 Artikel in een tijdschrift in ANALYTICAL CHEMISTRY

The microbiologist's guide to metaproteomics

Tim Van Den BosscheJean ArmengaudDirk BenndorfJose Alfredo Blakeley‐RuizMadita BrauerKai ChengMarybeth CreskeyDaniel FigeysLucia GrengaTimothy J. Griffin et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in IMETA

Maximizing immunopeptidomics-based bacterial epitope discovery by multiple search engines and rescoring

Patrick WillemsFabien Henri TheryLaura Van MoortelMargaux De MeyerAn StaesAdillah GulLyudmila KovalchukeArthur DeclercqRobbe DevreeseRobbin Bouwmeester et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

TIMS2Rescore : a data dependent acquisition-parallel accumulation and serial fragmentation-optimized data-driven rescoring pipeline based on MS2Rescore

Arthur DeclercqRobbe DevreeseJonas ScheidCaroline JachmannTim Van Den BosscheAnnica PreikschatDavid Gomez-ZepedaJeewan Babu RijalAurelie HirschlerJonathan R. Krieger et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

PathwayPilot : a user-friendly tool for visualizing and navigating metabolic pathways

Tibo Vande MoortelePieter VerschaffeltQingyao HuangNadezhda T. DonchevaTanja HolsteinCaroline JachmannPeter DawyndtLennart MartensBart MesuereTim Van Den Bossche

A1 Artikel in een tijdschrift in MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS

PTMVision : an interactive visualization webserver for post-translational modifications of proteins

Simon HacklCaroline JachmannMathias Witte PazTheresa Anisja HarbigLennart MartensKay Nieselt

A1 Artikel in een tijdschrift in JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

Unipept in 2024 : expanding metaproteomics analysis with support for missed cleavages and semitryptic and nontryptic peptides

Tibo Vande MoorteleBram DevlaminckSimon Van de VyverTim Van Den BosscheLennart MartensPeter DawyndtBart MesuerePieter Verschaffelt

A1 Artikel in een tijdschrift in JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

Intensity and retention time prediction improves the rescoring of protein‐nucleic acid cross‐links

Arslan SirajRobbin BouwmeesterArthur DeclercqLuisa WelpAleksandar ChernevAlexander WulfHenning UrlaubLennart MartensSven DegroeveOliver Kohlbacher et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in PROTEOMICS

Bioinformatics pipeline for processing single-cell data

Arthur DeclercqNina DemeulemeesterRalf GabrielsRobbin BouwmeesterSven DegroeveLennart Martens

Hoofdstuk in een boek in Mass spectrometry based single cell proteomics

MS²Rescore 3.0 is a modular, flexible, and user-friendly platform to boost peptide identifications, as showcased with MS Amanda 3.0

Louise M. BuurArthur DeclercqMarina StroblRobbin BouwmeesterSven DegroeveLennart MartensViktoria DorferRalf Gabriels

A1 Artikel in een tijdschrift in JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

msqrob2PTM : differential abundance and differential usage analysis of MS-based proteomics data at the post-translational modification and peptidoform level

Nina DemeulemeesterMarie GébelinLucas Caldi GomesPaul LingorChristine CarapitoLennart MartensLieven Clement

A1 Artikel in een tijdschrift in MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS

Updated MS²PIP web server supports cutting-edge proteomics applications

Arthur DeclercqRobbin BouwmeesterCristina ChivaEduard SabidoAurelie HirschlerChristine CarapitoLennart MartensSven DegroeveRalf Gabriels

A1 Artikel in een tijdschrift in NUCLEIC ACIDS RESEARCH

lesSDRF is more : maximizing the value of proteomics data through streamlined metadata annotation

Tine ClaeysTim Van Den BosscheYasset Perez-RiverolKris GevaertJuan Antonio VizcaínoLennart Martens

A1 Artikel in een tijdschrift in NATURE COMMUNICATIONS

Activiteiten ( 0 )

Resultaten

Impactnarratieven ( 0 )

Octrooien ( 0 )