Voor de categorie overgangswateren werd in 2005 een studieopdracht uitgevoerd die de afbakening van een referentiekader en het ontwikkelen van een evaluatiescore voor de Vlaamse overgangswateren behandelde (voor de biologische elementen fytoplankton, macrobenthos en macrofyten). Voor alle Vlaamse overgangswaterlichamen, die - uitgezonderd drie kunstmatige - alle sterk verander aangegeven werden, dient voor de KRW tegen eind 2009 het maximum en goed ecologisch potentieel bepaald te worden door evaluatie van alle relevante biologische kwaliteitselementen en de ondersteunende elementen.