Het logica-onderzoek van het Centrum voor Logica en Wetenschapsfilosofie heeft vooral betrekking op wetenschappelijke redeneerprocessen, maar recent is er ook aandacht voor morele redeneringen. Om deze redeneerprocessen te analyseren worden logische systemen ontwikkeld en toegepast. De meeste hiervan passen in het adaptieve-logica-programma van Diderik Batens, oprichter van het centrum en nu emeritus gewoon hoogleraar. In het wetenschapsfilosofisch onderzoek van het centrum nemen de analyse van causaliteit in de wetenschappen en van wetenschappelijke verklaring een heel belangrijke plaats in. Daarnaast is er ook aandacht voor wetenschappelijke revoluties en ontdekking, voor historische en filosofische vragen met betrekking tot de ontwikkeling van de wiskunde en rond de ontwikkeling van de natuurkunde en voor sociaal-epistemologische vragen rond de optimale sociale organisatie van wetenschap.