De TripleTOF 6600 is de grote broer van de 5600 met verbeterde gevoeligheid en resolutie. Hij is ook gekoppeld aan een capillair vloeistofchromatografiesysteem (Eksigent LC425). De vernieuwde TOF-ingangsoptiek van de 6600 voorkomt downtime en maakt geplande ionisatie mogelijk, wat de downtime van het instrument vermindert, terwijl analytische kolommen direct op de nieuwe optiflow Turbo V bron kunnen worden gemonteerd, wat het risico op piekverbreding vermindert. Deze verbeteringen verhogen de kwantitatieve robuustheid aanzienlijk en maken het mogelijk om grotere experimenten en monsterbatches reproduceerbaar te kwantificeren. Het instrument is geschikt voor zowel data-afhankelijke acquisitie als sequentiële vensteracquisitie van alle theorethische massaspectra (SWATH).