De SCIEX Triple TOF 5600 is gekoppeld aan een capillair flow (1-10µL/min) vloeistofchromatografiesysteem (Cap-LC) (Eksigent LC425). Cap-LC werd de afgelopen tien jaar steeds meer gebruikt ten gunste van nano-LC vanwege de robuustheid en stabiliteit, die de kwantitatieve nauwkeurigheid en dus statistische kracht biedt die nodig is voor solide biologische resultaten. Dit is met name van belang bij het uitvoeren van SWATH runs (Data Independent Acquisition). Hierbij wordt eerst een bibliotheek van peptide-identificaties gegenereerd op alle monsters in het experiment met behulp van conventionele DDA (Data Dependent Acquisition). Vervolgens worden deze zelfde monsters verworven door sequentiële fragmentatie van kleine m/z vensters om kwantitatieve informatie te genereren over de transities die in de bibliotheek gevonden zijn. Het is in wezen een MRM-achtige data-extractie aanpak na de acquisitie die de gebruiker een permanente registratie van alles geeft. Dit betekent dat toekomstige hypotheses kunnen worden nagestreefd in een gerichte analyse, lang nadat de monsters werden verworven met SWATH.

Het hoeft geen betoog dat de intrinsieke gevoeligheid en snelheid van dit instrument evenzeer DDA van hoge kwaliteit mogelijk maken, terwijl de hoge resolutie kan worden toegepast voor intacte eiwitanalyse.