PathoViewer is een fenotyperingssysteem voor planten, bedoeld voor multispectrale beeldvorming met hoge resolutie in een zeer controleerbare omgeving. Het systeem bestaat uit een 6Mp - 16 bit camera gemonteerd op een Cartesische coördinatenrobot en kan worden gebruikt om het effect van biotische (bijv. schimmelpathogenen) en abiotische (bijv. droogte) stress op grote aantallen zaailingen en kleine planten tot 15 cm te monitoren. Dankzij het sterk geautomatiseerde sensor-naar-plant principe kan de verspreiding van een ziekte of het effect van een stressfactor in de tijd door de hele plant getraceerd worden. Bovendien maakt PathoViewer fenotypering mogelijk van kleine planten zoals Lemna minor of plantdelen gekweekt in multi-well platen met een resolutie tot 10 µm.

Met een combinatie van RGB, chlorofylfluorescentie, anthocyanine, NIR en GFP/RFP beeldvorming kan PathoViewer de impact van biotische en abiotische stress op meerdere manieren visualiseren. Bovendien kunnen onderzoekers met expertise op het gebied van beeldverwerking binnen de LAMP-onderzoekseenheid (en nauw samenwerkende eenheden) worden geraadpleegd om wetenschappelijk relevante maatregelen uit deze beelden te berekenen, waardoor verder wordt gegaan dan alleen het visualiseren van verschijnselen.

PathoViewer wordt geïnstalleerd in een in hoge mate controleerbare omgeving. De controleerbare omgevingsparameters omvatten temperatuur, relatieve vochtigheid en het spectrale profiel van het bestraalde licht (tot 1000 µmol m-2 s-1). Bovendien worden de planten individueel bewaterd met behulp van een geautomatiseerd doseersysteem.