Het is ontworpen om te voldoen aan de behoefte aan het hoogste scheidingsvermogen, bijvoorbeeld in biochemische, organische en anorganische verbindingen die vaak worden aangetroffen in complexe monsters van ecologische en biologische oorsprong. Daarom kan LC-MS/MS worden toegepast in een grote verscheidenheid aan sectoren, zoals de biotechnologie, milieumonitoring, voedselverwerking en de farmaceutische, pesticiden- en cosmetica-industrie. Met LC-MS/MS kunnen de analyten kwalitatief en kwantitatief worden geanalyseerd. Bij de analyse van enkele of meerdere analyten in complexe omgevingen, bij de analyse van sporenmaterialen, bij de analyse van onzuiverheden en metabolieten, evenals bij de analyse van additieven en pesticiden in voedingsmiddelen, analyse van biologische monsters zoals bloed, urine, weefsel kan met hoge precisie en nauwkeurigheid worden verkregen. LC-MS/MS is een van de meest gevoelige methoden voor de bepaling van sporenhoeveelheden analyten in het monster, evenals voor analyses van meerdere analyten. Het geeft informatie over de hoeveelheid, structuur en molecuulgewicht van de componenten in het monster. Van kleine farmaceutische verbindingen tot de bepaling van grote eiwitten: polaire ionische, thermisch onstabiele en niet-vluchtige verbindingen hebben een breed toepassingsgebied.