Instellingen beheren
MENU
Over deze site
In English
Home
Onderzoekers
Projecten
Organisaties
Publicaties
Infrastructuur
Contact
Research Explorer
Uw browser ondersteunt geen JavaScript of JavaScript is niet ingeschakeld. Zonder JavaScript kan sommige functionaliteit van deze webapplicatie uitgeschakeld zijn of foutmeldingen veroorzaken. Raadpleeg om JavaScript in te schakelen de handleiding van uw browser of contacteer uw systeembeheerder.
Onderzoeker
Wouter Saelens
Profiel
Projecten
Publicaties
Activiteiten
Prijzen & Erkenningen
27
Resultaten
2025
Spatially restricted and ontogenically distinct hepatic macrophages are required for tissue repair
Federico Francesco De Ponti
Anna Bujko
Zhuangzhuang Liu
Paul Collins
Sara Schuermans
Christian Maueröder
Seraja Amstelveen
Tinne Thoné
Liesbet Martens
John McKendrick
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
IMMUNITY
2025
2024
SPArrOW : a flexible, interactive and scalable pipeline for spatial transcriptomics analysis
Lotte Pollaris
Bavo Vanneste
Benjamin Rombaut
Arne Defauw
Frank Vernaillen
Julien Mortier
Wout Vanhenden
Liesbet Martens
Tinne Thoné
Jean-François Hastir
et al.
Preprint
2024
The unfolded protein sensor IRE1a is essential for homeostatic dendritic cell maturation
Sophie Janssens
Victor Bosteels
Sandra Maréchal
Eva Cloots
Laurien Van Heddegem
Simon Tavernier
Sofie Rennen
Clint De Nolf
Seraja Amstelveen
Jonathan Maelfait
et al.
Preprint
2024
2023
Emergent dynamics of adult stem cell lineages from single nucleus and single cell RNA-Seq of Drosophila testes
Amelie A. Raz
Gabriela S. Vida
Sarah R. Stern
Sharvani Mahadevaraju
Jaclyn M. Fingerhut
Jennifer M. Viveiros
Soumitra Pal
Jasmine R. Grey
Mara R. Grace
Cameron W. Berry
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ELIFE
2023
2022
CD8 memory precursor cell generation is a continuous process
Helena Todorov
Margaux Prieux
Daphne Laubreton
Matteo Bouvier
Shaoying Wang
Simon de Bernard
Christophe Arpin
Robrecht Cannoodt
Wouter Saelens
Arnaud Bonnaffoux
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ISCIENCE
2022
Deterministic scRNA-seq captures variation in intestinal crypt and organoid composition
Johannes Bues
Marjan Biocanin
Joern Pezoldt
Riccardo Dainese
Antonius Chrisnandy
Saba Rezakhani
Wouter Saelens
Vincent Gardeux
Revant Gupta
Rita Sarkis
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE METHODS
2022
Spatial proteogenomics reveals distinct and evolutionarily conserved hepatic macrophage niches
Martin Guilliams
Johnny Bonnardel
Birthe Haest
Bart Vanderborght
Camille Wagner
Anneleen Remmerie
Anna Bujko
Liesbet Martens
Tinne Thoné
Robin Browaeys
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CELL
2022
2021
Spearheading future omics analyses using dyngen, a multi-modal simulator of single cells
Robrecht Cannoodt
Wouter Saelens
Louise Deconinck
Yvan Saeys
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2021
2020
A scalable SCENIC workflow for single-cell gene regulatory network analysis
Bram van de Sande
Christopher Flerin
Kristofer Davie
Maxime De Waegeneer
Gert Hulselmans
Sara Aibar
Ruth Seurinck
Wouter Saelens
Robrecht Cannoodt
Quentin Rouchon
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE PROTOCOLS
2020
NicheNet : modeling intercellular communication by linking ligands to target genes
Robin Browaeys
Wouter Saelens
Yvan Saeys
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE METHODS
2020
TinGa : fast and flexible trajectory inference with Growing Neural Gas
Helena Todorov
Robrecht Cannoodt
Wouter Saelens
Yvan Saeys
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2020
Trajectory-based differential expression analysis for single-cell sequencing data
Koen Van den Berge
Hector Roux de Bézieux
Kelly Street
Wouter Saelens
Robrecht Cannoodt
Yvan Saeys
Sandrine Dudoit
Lieven Clement
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2020
2019
A comparison of single-cell trajectory inference methods
Wouter Saelens
Robrecht Cannoodt
Helena Todorov
Yvan Saeys
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE BIOTECHNOLOGY
2019
Developing and benchmarking methods for analysing transcriptomics data
Wouter Saelens
Yvan Saeys
Bart Lambrecht
Proefschrift
2019
Dynbenchmark : accuracy, scalability, robustness and usability of single-cell trajectory inference methods
Robrecht Cannoodt
Wouter Saelens
Helena Todorov
Yvan Saeys
C3
Conferentie
2019
Essential guidelines for computational method benchmarking
Lukas M Weber
Wouter Saelens
Robrecht Cannoodt
Charlotte Soneson
Alexander Hapfelmeier
Paul P Gardner
Anne-Laure Boulesteix
Yvan Saeys
Mark D Robinson
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENOME BIOLOGY
2019
Network inference from single-cell transcriptomic data
Helena Todorov
Robrecht Cannoodt
Wouter Saelens
Yvan Saeys
Hoofdstuk in een boek
in
Gene regulatory networks : methods and protocols
2019
2018
A comprehensive evaluation of module detection methods for gene expression data
Wouter Saelens
Robrecht Cannoodt
Yvan Saeys
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2018
The transcription factor ZEB2 is required to maintain the tissue-specific identities of macrophages
Charlotte Scott
Wouter T'Jonck
Liesbet Martens
Helena Todorov
Dorine Sichien
Bieke Soen
Johnny Bonnardel
Sofie De Prijck
Niels Vandamme
Robrecht Cannoodt
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
IMMUNITY
2018
2016
Computational methods for trajectory inference from single-cell transcriptomics
Robrecht Cannoodt
Wouter Saelens
Yvan Saeys
A1
Artikel in een tijdschrift
in
EUROPEAN JOURNAL OF IMMUNOLOGY
2016
Improving marker gene discovery from high-dimensional single-cell snapshot data
Robrecht Cannoodt
Wouter Saelens
Katleen De Preter
Yvan Saeys
C3
Conferentie
2016
The transcription factor Zeb2 regulates development of conventional and plasmacytoid DCs by repressing Id2
Charlotte Scott
Bieke Soen
Liesbet Martens
Nicolas Skrypek
Wouter Saelens
Joachim Taminau
Gillian Blancke
Gert Van Isterdael
Danny Huylebroeck
Jody Haigh
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF EXPERIMENTAL MEDICINE
2016
Unbiased modelling of dynamic processes with single-cell RNA-sequencing
Robrecht Cannoodt
Wouter Saelens
Katleen De Preter
Yvan Saeys
C3
Conferentie
2016
Unbiased modelling of dynamic processes with single-cell RNA-sequencing
Robrecht Cannoodt
Wouter Saelens
Katleen De Preter
Yvan Saeys
C3
Conferentie
2016
Unbiased modelling of dynamic processes with single-cell RNA-sequencing
Robrecht Cannoodt
Wouter Saelens
Katleen De Preter
Yvan Saeys
C3
Conferentie
2016
Yolk sac macrophages, fetal liver, and adult monocytes can colonize an empty niche and develop into functional tissue-resident macrophages
Lianne van de Laar
Wouter Saelens
Sofie De Prijck
Liesbet Martens
Charlotte Scott
Gert Van Isterdael
Eik Hoffmann
Rudi Beyaert
Yvan Saeys
Bart Lambrecht
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
IMMUNITY
2016
2015
Inferring developmental chronologies from single cell RNA
Robrecht Cannoodt
Wouter Saelens
Katleen De Preter
Yvan Saeys
C3
Conferentie
2015