Instellingen beheren
MENU
Over deze site
In English
Home
Onderzoekers
Projecten
Organisaties
Publicaties
Infrastructuur
Contact
Research Explorer
Uw browser ondersteunt geen JavaScript of JavaScript is niet ingeschakeld. Zonder JavaScript kan sommige functionaliteit van deze webapplicatie uitgeschakeld zijn of foutmeldingen veroorzaken. Raadpleeg om JavaScript in te schakelen de handleiding van uw browser of contacteer uw systeembeheerder.
Onderzoeker
Pieter Mestdagh
Profiel
Projecten
Publicaties
Activiteiten
Prijzen & Erkenningen
323
Resultaten
2025
Author Correction: Sequential orthogonal assays for longitudinal and endpoint characterization of three-dimensional spheroids
Eva Blondeel
Sam Ernst
Felix De Vuyst
Ákos Diósdi
Cláudio Pinheiro
Diogo Miguel Monteiro Estêvão
Pekka Rappu
Robin Boiy
Sandor Dedeyne
Ligia Craciun
et al.
U
Artikel in een tijdschrift
in
Nature Protocols
2025
Blood collection tube and RNA purification method recommendations for extracellular RNA transcriptome profiling
Jasper Anckaert
Francisco Avila Cobos
Anneleen Decock
Philippe Decruyenaere
Jill Deleu
Katleen De Preter
Olivier De Wever
Jilke De Wilde
Bert Dhondt
Thibaut D'huyvetter
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2025
Cellular deconstruction of the human skeletal muscle microenvironment identifies an exercise-induced histaminergic crosstalk
Thibaux Van der Stede
Alexia Van de Loock
Guillermo Turiel
Camilla Hansen
Andrea Tamariz-Ellemann
Max Ullrich
Eline Lievens
Jan Spaas
Nurten Yigit
Jasper Anckaert
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CELL METABOLISM
2025
Human skeletal muscle fiber heterogeneity beyond myosin heavy chains
Roger Moreno-Justicia
Thibaux Van der Stede
Ben Stocks
Jenni Laitila
Robert A. Seaborne
Alexia Van de Loock
Eline Lievens
Diana Samodova
Leyre Marín-Arraiza
Oksana Dmytriyeva
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2025
Mapping modulators of T-cell activation and cancer immune evasion through chemical and genetic perturbations using an in-vitro co-culture system
Ramiro Martinez
Pieter Mestdagh
Eric de Bony de Lavergne
Proefschrift
2025
Sequential orthogonal assays for longitudinal and endpoint characterization of three-dimensional spheroids
Eva Blondeel
Sam Ernst
Felix De Vuyst
Ákos Diósdi
Cláudio Pinheiro
Diogo Estêvão
Pekka Rappu
Robin Boiy
Sandor Dedeyne
Ligia Craciun
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE PROTOCOLS
2025
2024
A co-culture model to study modulators of tumor immune evasion through scalable arrayed CRISPR-interference screens
Ramiro Martinez
Chiara Finocchiaro
Louis Delhaye
Fien Gysens
Jasper Anckaert
Wim Trypsteen
Maarten Versteven
Eva Lion
Sandra Van Lint
Karim Vermaelen
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FRONTIERS IN IMMUNOLOGY
2024
Advancing extracellular RNA research through method scrutiny, optimization, and mRNA integrity profiling
Jasper Verwilt
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
Proefschrift
2024
Host lncRNAs and their interplay with the HIV-1 infection cycle
Willem van Snippenberg
Pieter Mestdagh
Linos Vandekerckhove
Wim Trypsteen
Proefschrift
2024
Identification and validation of extracellular vesicle reference genes for the normalization of RT‐qPCR data
Cláudio Pinheiro
Niké Guilbert
Lien Lippens
Quentin Roux
Robin Boiy
Suzanne Fischer
Sofie Van Dorpe
Bram De Craene
Geert Berx
Tom Boterberg
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF EXTRACELLULAR VESICLES
2024
Interactome of the HIV-1 proteome and human host RNA
Tinus Schynkel
Willem van Snippenberg
Kimberly Verniers
Gwendolyn M. Jang
Nevan J. Krogan
Pieter Mestdagh
Linos Vandekerckhove
Wim Trypsteen
A1
Artikel in een tijdschrift
in
EMBO REPORTS
2024
Selective replacement of cholesterol with cationic amphiphilic drugs enables the design of lipid nanoparticles with improved RNA delivery
Bram Bogaert
Aliona Debisschop
Thomas Ehouarne
Hannelore Van Eeckhoutte
Joyceline De Volder
An Jacobs
Eline Pottie
Riet De Rycke
Aurélie Crabbé
Pieter Mestdagh
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NANO LETTERS
2024
The unfolded protein sensor IRE1a is essential for homeostatic dendritic cell maturation
Sophie Janssens
Victor Bosteels
Sandra Maréchal
Eva Cloots
Laurien Van Heddegem
Simon Tavernier
Sofie Rennen
Clint De Nolf
Seraja Amstelveen
Jonathan Maelfait
et al.
Preprint
2024
Transcriptomic signatures of human single skeletal muscle fibers in response to high-intensity interval exercise
Thibaux Van der Stede
Alexia Van de Loock
Eline Lievens
Nurten Yigit
Jasper Anckaert
Ruud Van Thienen
Anneleen Weyns
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Wim Derave
A1
Artikel in een tijdschrift
in
AMERICAN JOURNAL OF PHYSIOLOGY-CELL PHYSIOLOGY
2024
Unveiling cancer signals in liquid biopsy cell-free RNA profiles
Annelien Morlion
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Proefschrift
2024
2023
Artifacts and biases of the reverse transcription reaction in RNA sequencing
Jasper Verwilt
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
RNA
2023
Benchmarking blood collection tubes and processing intervals for extracellular vesicle performance metrics
Bert Dhondt
Cláudio Pinheiro
Edward Geeurickx
Joeri Tulkens
Glenn Vergauwen
Edwin Van Der Pol
Rienk Nieuwland
Anneleen Decock
Ilkka Miinalainen
Pekka Rappu
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF EXTRACELLULAR VESICLES
2023
Blocking abundant RNA transcripts by high-affinity oligonucleotides during transcriptome library preparation
Celine Everaert
Jasper Verwilt
Kimberly Verniers
Niels Vandamme
Alvaro Marcos Rubio
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOLOGICAL PROCEDURES ONLINE
2023
Direct lysis of 3D cell cultures for RT-qPCR gene expression quantification
Fien Gysens
Lisa Ostyn
Ellen Goeteyn
Eva Blondeel
Justine Nuytens
Olivier De Wever
Eric de Bony de Lavergne
Aurélie Crabbé
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2023
Dramatic impact of blood collection tube and RNA purification method on extracellular RNA transcriptomes
Jasper Anckaert
Francisco Avila Cobos
Anneleen Decock
Philippe Decruyenaere
Jill Deleu
Katleen De Preter
Olivier De Wever
Jilke De Wilde
Bert Dhondt
Thibaut D'huyvetter
et al.
C3
Conferentie
2023
Exploring HIV-1 protein : host RNA interactions during HIV-1 infection
Tinus Schynkel
Linos Vandekerckhove
Wim Trypsteen
Pieter Mestdagh
Proefschrift
2023
Pan-cancer blood plasma cell-free RNA profiles reveal cancer type and patient-specific changes
Annelien Morlion
Philippe Decruyenaere
Kathleen Schoofs
Jasper Anckaert
Justine Nuytens
Eveline Vanden Eynde
Kimberly Verniers
Celine Everaert
Fritz Offner
Jo Van Dorpe
et al.
C3
Conferentie
2023
Patient-specific alterations in blood plasma cfRNA profiles enable accurate classification of cancer patients and controls
Annelien Morlion
Philippe Decruyenaere
Kathleen Schoofs
Jasper Anckaert
Justine Nuytens
Eveline Vanden Eynde
Kimberly Verniers
Celine Everaert
Fritz Offner
Jo Van Dorpe
et al.
Preprint
2023
Performance evaluation of RNA purification kits and blood collection tubes in the Extracellular RNA Quality Control (exRNAQC) study
Anneleen Decock
Olivier De Wever
Celine Everaert
Hetty Helsmoortel
An Hendrix
Pieter Mestdagh
Annelien Morlion
Jo Vandesompele
Ruben Van Paemel
Francisco Avila Cobos
et al.
C3
Conferentie
2023
Performance evaluation of RNA purification kits and blood collection tubes in the Extracellular RNA Quality Control (exRNAQC) study
Anneleen Decock
Olivier De Wever
Celine Everaert
Hetty Helsmoortel
An Hendrix
Pieter Mestdagh
Annelien Morlion
Jo Vandesompele
Ruben Van Paemel
Francisco Avila Cobos
et al.
C3
Conferentie
2023
Unlocking lncRNA functions through high-throughput CRISPR-interference screens in an in vitro airway inflammation model
Fien Gysens
Pieter Mestdagh
Ken Bracke
Tania Maes
Proefschrift
2023
mTOR inhibition enhances delivery and activity of antisense oligonucleotides in uveal melanoma cells
Shanna Dewaele
Louis Delhaye
Boel De Paepe
Bram Bogaert
Ramiro Martinez
Jasper Anckaert
Nurten Yigit
Justine Nuytens
Rudy Van Coster
Sven Eyckerman
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACID THERAPEUTICS
2023
2022
A 3′‐end capture sequencing method for high‐throughput targeted gene expression profiling
Eric de Bony de Lavergne
Fien Gysens
Nurten Yigit
Jasper Anckaert
Celine Everaert
Eveline Vanden Eynde
Kimberly Verniers
Willem van Snippenberg
Wim Trypsteen
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOTECHNOLOGY JOURNAL
2022
Blocking unwanted sequences by target specific high-affinity binding oligonucleotides during transcriptome library preparation
Celine Everaert
Jasper Verwilt
Kimberly Verniers
Niels Vandamme
Alvaro Marcos Rubio
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
Preprint
2022
CiLiQuant : quantification of RNA junction reads based on their circular or linear transcript origin
Annelien Morlion
Eva Hulstaert
Marieke Vromman
Jasper Anckaert
Celine Everaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
A2
Artikel in een tijdschrift
in
FRONTIERS IN BIOINFORMATICS
2022
Evaluation of efficiency and sensitivity of 1D and 2D sample pooling strategies for SARS-CoV-2 RT-qPCR screening purposes
Jasper Verwilt
Jan Hellemans
Tom Sante
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2022
IL-10 producing regulatory B cells are decreased in blood from smokers and COPD patients
Merel Jacobs
Sven Verschraegen
Bihiyga Salhi
Jasper Anckaert
Pieter Mestdagh
Guy Brusselle
Ken Bracke
A1
Artikel in een tijdschrift
in
RESPIRATORY RESEARCH
2022
MiR-99b-5p, miR-380-3p, and miR-485-3p are novel chemosensitizing miRNAs in high-risk neuroblastoma
Holly Holliday
Jessica Yang
Eoin Dodson
Iva Nikolic
Alvin Kamili
Madeleine Wheatley
Niantao Deng
Sarah Alexandrou
Thomas P. Davis
Maria Kavallaris
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR THERAPY
2022
Open problems in extracellular RNA data analysis : insights from an ERCC online workshop
Roger P. Alexander
Robert R. Kitchen
Juan Pablo Tosar
Matthew Roth
Pieter Mestdagh
Klaas E. A. Max
Joel Rozowsky
Karolina Elzbieta Kaczor-Urbanowicz
Justin Chang
Leonora Balaj
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FRONTIERS IN GENETICS
2022
Orthogonal proteomics methods to unravel the HOTAIR interactome
Louis Delhaye
Edith De Bruycker
Pieter-Jan Volders
Daria Fijalkowska
Delphine De Sutter
Sven Degroeve
Lennart Martens
Pieter Mestdagh
Sven Eyckerman
C3
Conferentie
2022
Orthogonal proteomics methods to unravel the HOTAIR interactome
Louis Delhaye
Edith De Bruycker
Pieter-Jan Volders
Daria Fijalkowska
Delphine De Sutter
Sven Degroeve
Lennart Martens
Pieter Mestdagh
Sven Eyckerman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2022
Performance evaluation of RNA purification kits and blood collection tubes in the Extracellular RNA Quality Control (exRNAQC) study
Jasper Anckaert
Francisco Avila Cobos
Anneleen Decock
Philippe Decruyenaere
Jill Deleu
Katleen De Preter
Olivier De Wever
Jilke De Wilde
Bert Dhondt
Thibaut D'huyvetter
et al.
Preprint
2022
Pinpointing molecular mechanisms of long non-coding RNAs : at the crossroads of biochemistry and genetics
Louis Delhaye
Sven Eyckerman
Pieter Mestdagh
Proefschrift
2022
RNA biomarkers from proximal liquid biopsy for diagnosis of ovarian cancer
Eva Hulstaert
Keren Levanon
Annelien Morlion
Stefan Van Aelst
Anthony-Alexander Christidis
Ruben Zamar
Jasper Anckaert
Kimberly Verniers
Keren Bahar-Shany
Stav Sapoznik
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NEOPLASIA
2022
Reliable and scalable SARS-CoV-2 qPCR testing at a high sample throughput : lessons learned from the Belgian initiative
Steven Van Vooren
James Grayson
Marc Van Ranst
Elisabeth Dequeker
Lies Laenen
Reile Janssen
Laurent Gillet
Fabrice Bureau
Wouter Coppieters
Nathalie Devos
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
LIFE-BASEL
2022
The adrenergic-specific long non-coding RNA NESPR controls survival of neuroblastoma cells
Louis Delhaye
Eric de Bony de Lavergne
Dries Rombaut
Lim Fang Qi
Bieke Decaesteker
Lisa Depestel
Amber Louwagie
Eva D'haene
Pieter-Jan Volders
Nurten Yigit
et al.
C3
Conferentie
2022
The long non-coding RNA SAMMSON is essential for uveal melanoma cell survival
Shanna Dewaele
Louis Delhaye
Boel De Paepe
Eric de Bony de Lavergne
Jilke De Wilde
Katrien Vanderheyden
Jasper Anckaert
Nurten Yigit
Justine Nuytens
Eveline Vanden Eynde
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOGENE
2022
The long non-coding RNA SAMMSON is essential for uveal melanoma cell survival (Sept, 10.1038/s41388-021-02006-x, 2021)
Shanna Dewaele
Louis Delhaye
Boel De Paepe
Eric James de Bony
Jilke De Wilde
Katrien Vanderheyden
Jasper Anckaert
Nurten Yigit
Justine Nuytens
Eveline Vanden Eynde
et al.
Correctie
2022
Transient nuclear lamin A/C accretion aids in recovery from vapor nanobubble-induced permeabilisation of the plasma membrane
Gaëlle Houthaeve
Gerardo García-Díaz Barriga
Stephan Stremersch
Herlinde De Keersmaecker
Juan Fraire
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
Stefaan De Smedt
Kevin Braeckmans
Winnok De Vos
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CELLULAR AND MOLECULAR LIFE SCIENCES
2022
Unlocking the secrets of long non-coding RNAs in asthma
Fien Gysens
Pieter Mestdagh
Eric de Bony de Lavergne
Tania Maes
A1
Artikel in een tijdschrift
in
THORAX
2022
Unraveling the therapeutic potential of SAMMSON lncRNA inhibition in uveal melanoma
Shanna Dewaele
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Proefschrift
2022
When DNA gets in the way in RNA-seq experiments, a sequel
Jasper Verwilt
Maria D. Giraldez
Wim Trypsteen
Ruben Van Paemel
Katleen De Preter
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Preprint
2022
2021
A microRNA-21–mediated SATB1/S100A9/NF-κB axis promotes chronic obstructive pulmonary disease pathogenesis
Richard Y. Kim
Krishna P. Sunkara
Ken R. Bracke
Andrew G. Jarnicki
Chantal Donovan
Alan C. Hsu
Antonio Ieni
Emma L. Beckett
Izabela Galvão
Sara Wijnant
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENCE TRANSLATIONAL MEDICINE
2021
Candidate RNA biomarkers in biofluids for early diagnosis of ovarian cancer : a systematic review
Eva Hulstaert
Annelien Morlion
Keren Levanon
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GYNECOLOGIC ONCOLOGY
2021
Charting regulatory RNAs in the human transcriptome using RNA-sequencing
Lucia Lorenzi
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Proefschrift
2021
Checkpoint inhibition in combination with an immunoboost of external beam radiotherapy in solid tumors (CHEERS) : study protocol for a phase 2, open-label, randomized controlled trial
Mathieu Spaas
Nora Sundahl
Eva Hulstaert
Vibeke Kruse
Sylvie Rottey
Daan De Maeseneer
Veerle Surmont
Annabel Meireson
Lieve Brochez
Dries Reynders
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC CANCER
2021
Custom long non-coding RNA capture enhances detection sensitivity in different human sample types
Annelien Morlion
Celine Everaert
Justine Nuytens
Eva Hulstaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
RNA BIOLOGY
2021
Evaluating diagnostic accuracy of saliva sampling methods for severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 reveals differential sensitivity and association with viral load
Pieter Mestdagh
Michel Gillard
Sharonjit K. Dhillon
Jean-Paul Pirnay
Jeroen Poels
Jan Hellemans
Veronik Hutse
Celine Vermeiren
Maxime Boutier
Veerle De Wever
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF MOLECULAR DIAGNOSTICS
2021
Exploring RNA signatures in human biofluids as novel liquid biopsy tool
Eva Hulstaert
Pieter Mestdagh
Lieve Brochez
Jo Vandesompele
Proefschrift
2021
Exploring the extracellular transcriptome in seminal plasma for non-invasive prostate cancer diagnosis
Eva Hulstaert
Annelien Morlion
Justine Nuytens
Giovanni Ponti
Monia Maccaferri
Susan Lau
Eleftherios Diamandis
Jarvi Keith
Ioannis Prassas
Nicolaas Lumen
et al.
Preprint
2021
Genome-wide study of the effect of blood collection tubes on the cell-free DNA methylome
Ruben Van Paemel
Andries De Koker
Christa Caggiano
Annelien Morlion
Pieter Mestdagh
Bram De Wilde
Jo Vandesompele
Katleen De Preter
A1
Artikel in een tijdschrift
in
EPIGENETICS
2021
MISpheroID : a knowledgebase and transparency tool for minimum information in spheroid identity
Arne Peirsman
Eva Blondeel
Tasdiq Ahmed
Jasper Anckaert
Dominique Audenaert
Tom Boterberg
Krisztina Buzas
Neil Carragher
Gastone Castellani
Flávia Castro
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE METHODS
2021
Messenger RNA capture sequencing of extracellular RNA from human biofluids using a comprehensive set of spike-in controls
Eva Hulstaert
Anneleen Decock
Annelien Morlion
Celine Everaert
Kimberly Verniers
Justine Nuytens
Nele Nijs
Gary P. Schroth
Scott Kuersten
Stephen M. Gross
et al.
A2
Artikel in een tijdschrift
in
STAR PROTOCOLS
2021
RNAcentral 2021 : secondary structure integration, improved sequence search and new member databases
Blake A. Sweeney
I Petrov, Anton
Carlos E. Ribas
Robert D. Finn
Alex Bateman
Maciej Szymanski
Wojciech M. Karlowski
Stefan E. Seemann
Jan Gorodkin
Jamie J. Cannone
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2021
Recurrent chromosomal imbalances provide selective advantage to human embryonic stem cells under enhanced replicative stress conditions
Liselot Mus
Stéphane Van Haver
Mina Popovic
Wim Trypsteen
Steve Lefever
Nadja Zeltner
Yudelca Ogando
Eva Jacobs
Geertrui Denecker
Ellen Sanders
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENES CHROMOSOMES & CANCER
2021
Robust sequential biophysical fractionation of blood plasma to study variations in the biomolecular landscape of systemically circulating extracellular vesicles across clinical conditions
Glenn Vergauwen
Joeri Tulkens
Cláudio Pinheiro
Francisco Avila Cobos
Sandor Dedeyne
Marie-Angélique De Scheerder
Linos Vandekerckhove
Francis Impens
Ilkka Miinalainen
Geert Braems
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF EXTRACELLULAR VESICLES
2021
Substantial performance differences among RNA purification kits and blood collection tubes in the Extracellular RNA Quality Control (exRNAQC) study
Anneleen Decock
Olivier De Wever
Celine Everaert
Hetty Helsmoortel
An Hendrix
Pieter Mestdagh
Annelien Morlion
Jo Vandesompele
Ruben Van Paemel
Francisco Avila Cobos
et al.
C3
Conferentie
2021
Substantial performance differences among RNA purification kits and blood collection tubes in the Extracellular RNA Quality Control (exRNAQC) study
Anneleen Decock
Olivier De Wever
Celine Everaert
Hetty Helsmoortel
An Hendrix
Pieter Mestdagh
Annelien Morlion
Jo Vandesompele
Ruben Van Paemel
Francisco Avila Cobos
et al.
C3
Conferentie
2021
Targeted therapy of TERT-rearranged neuroblastoma with BET bromodomain inhibitor and proteasome inhibitor combination therapy
Jingwei Chen
Christopher Nelson
Matthew Wong
Andrew E. Tee
Pei Y. Liu
Ting La
Jamie I. Fletcher
Alvin Kamili
Chelsea Mayoh
Christoph Bartenhagen
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CLINICAL CANCER RESEARCH
2021
The MicroRNA landscape of acute beta cell destruction in type 1 diabetic recipients of intraportal islet grafts
Geert Martens
Geert Stangé
Lorenzo Piemonti
Jasper Anckaert
Zhidong Ling
Daniel G. Pipeleers
Frans K. Gorus
Pieter Mestdagh
Dieter De Smet
Jo Vandesompele
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CELLS
2021
The RNA Atlas expands the catalog of human non-coding RNAs
Lucia Lorenzi
Hua-Sheng Chiu
Francisco Avila Cobos
Stephen Gross
Pieter-Jan Volders
Robrecht Cannoodt
Justine Nuytens
Katrien Vanderheyden
Jasper Anckaert
Steve Lefever
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE BIOTECHNOLOGY
2021
The RNA Atlas expands the catalog of human non-coding RNAs (June, 10.1038/s41587-021-00936-1, 2021)
Lucia Lorenzi
Hua-Sheng Chiu
Francisco Avila Cobos
Stephen Gross
Pieter-Jan Volders
Robrecht Cannoodt
Justine Nuytens
Katrien Vanderheyden
Jasper Anckaert
Steve Lefever
et al.
Correctie
2021
The functional annotation and exploration the SOX11 enhanceosome
Amber Louwagie
Bieke Decaesteker
Louis Delhaye
Eva D'haene
Eric de Bony de Lavergne
Volodimir Olexiouk
Sarah Vergult
Rogier Versteeg
Jan Koster
Johan van Nes
et al.
C3
Conferentie
2021
2020
Addressing challenges in transcriptome annotation and cell-type heterogeneity through integration of omics datasets and computational deconvolution
Francisco Avila Cobos
Katleen De Preter
Pieter Mestdagh
Proefschrift
2020
Benchmarking of cell type deconvolution pipelines for transcriptomics data
Francisco Avila Cobos
José Alquicira-Hernandez
Joseph E. Powell
Pieter Mestdagh
Katleen De Preter
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2020
Charting extracellular transcriptomes in the human biofluid RNA atlas
Eva Hulstaert
Annelien Morlion
Francisco Avila Cobos
Kimberly Verniers
Justine Nuytens
Eveline Vanden Eynde
Nurten Yigit
Jasper Anckaert
Anja Geerts
Pieter Hindryckx
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CELL REPORTS
2020
Development of extracellular RNA sequencing technologies and applications for cancer diagnosis and monitoring
Celine Everaert
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Proefschrift
2020
Distinct Notch1 and BCL11B requirements mediate human γδ/αβ T cell development
Anne-Catherine Dolens
Kaat Durinck
Marieke Lavaert
Joni Van der Meulen
Imke Velghe
Jelle De Medts
Karin Weening
Juliette Roels
Katrien De Mulder
Pieter-Jan Volders
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
EMBO REPORTS
2020
Long noncoding RNA SILC1 is an upstream regulator of SOX11 in neuroblastoma
Amber Louwagie
Bieke Decaesteker
Eva D'haene
Louis Delhaye
Eric de Bony de Lavergne
Christophe Van Neste
Rogier Versteeg
Sara Ek
Björn Menten
Jan Koster
et al.
C3
Conferentie
2020
Performance assessment of total RNA sequencing of human biofluids and extracellular vesicles
Celine Everaert
Hetty Helsmoortel
Anneleen Decock
Eva Hulstaert
Ruben Van Paemel
Kimberly Verniers
Justine Nuytens
Jasper Anckaert
Nele Nijs
Joeri Tulkens
et al.
C3
Conferentie
2020
SPECS: a non-parametric method to identify tissue-specific molecular features for unbalanced sample groups
Celine Everaert
Pieter-Jan Volders
Annelien Morlion
Olivier Thas
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC Bioinformatics
2020
Substantial performance differences among RNA purification kits and blood collection tubes in the Extracellular RNA Quality Control study-important considerations for liquid biopsies
Anneleen Decock
Jasper Anckaert
Celine Everaert
Justine Nuytens
Scott Kuersten
An Hendrix
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
Bert Dhondt
Ruben Van Paemel
et al.
C3
Conferentie
2020
The role of miR-155 in cigarette smoke-induced pulmonary inflammation and COPD
Elise De Smet
Hannelore Van Eeckhoutte
Francisco Avila Cobos
Evy Blomme
Fien Verhamme
Sharen Provoost
STIJN VERLEDEN
Koen Venken
Tania Maes
Guy Joos
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MUCOSAL IMMUNOLOGY
2020
Vapor nanobubble is the more reliable photothermal mechanism for inducing endosomal escape of siRNA without disturbing cell homeostasis
Juan Fraire
Gaëlle Houthaeve
Jing Liu
Laurens Raes
Lotte Vermeulen
Stephan Stremersch
Toon Brans
Gerardo Garcia-Diaz Barriga
Sarah De Keulenaer
Filip Van Nieuwerburgh
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF CONTROLLED RELEASE
2020
When DNA gets in the way : a cautionary note for DNA contamination in extracellular RNA-seq studies
Jasper Verwilt
Wim Trypsteen
Ruben Van Paemel
Katleen De Preter
MD Giraldez
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
2020
mTor inhibitor GDC-0349 improves ASO induced SAMMSON knock down resulting in enhanced anti-tumor efficacy in uveal melanoma
Shanna Dewaele
Boel De Paepe
Louis Delhaye
Eric de Bony de Lavergne
Jilke De Wilde
Katrien Vanderheyden
Jasper Anckaert
Nurten Yigit
Eveline Vanden Eynde
Fariba Nemati
et al.
C3
Conferentie
2020
mTor inhibitor GDC-0349 improves ASO induced SAMMSON knock down resulting in enhanced anti-tumor efficacy in uveal melanoma
Shanna Dewaele
Boel De Paepe
Louis Delhaye
Eric de Bony de Lavergne
Jilke De Wilde
Katrien Vanderheyden
Jasper Anckaert
Nurten Yigit
Eveline Vanden Eynde
Fariba Nemati
et al.
C3
Conferentie
2020
2019
Benchmarking the impact of data transformation, pre-processing and choice of method in the computational deconvolution of transcriptomics data
Francisco Avila Cobos
José Alquicira-Hernandez
Jo Vandesompele
Joseph Powell
Pieter Mestdagh
Katleen De Preter
C3
Conferentie
2019
Dramatic differences in RNA purification kit performance in the extracellular RNA quality control study : important considerations for liquid biopsies
Annelien Morlion
Jasper Anckaert
Francisco Avila Cobos
Anneleen Decock
Olivier De Wever
Bert Dhondt
Celine Everaert
Carolina Fierro
Hetty Helsmoortel
An Hendrix
et al.
C3
Conferentie
2019
Dramatic differences in RNA purification kit performance in the extracellular RNA quality control study : important considerations for liquid biopsies
Annelien Morlion
Jasper Anckaert
Francisco Avila Cobos
Anneleen Decock
Olivier De Wever
Bert Dhondt
Celine Everaert
Carolina Fierro
Hetty Helsmoortel
An Hendrix
et al.
C3
Conferentie
2019
Evaluating the impact of RNA purification kit and blood collection tube in the extracellular RNA quality control study : important considerations for liquid biopsies
Annelien Morlion
Jasper Anckaert
Francisco Avila Cobos
Anneleen Decock
Jill Deleu
Olivier De Wever
Bert Dhondt
Celine Everaert
Carolina Fierro
Hetty Helsmoortel
et al.
C3
Conferentie
2019
Integrative analysis identifies lincRNAs up- and downstream of neuroblastoma driver genes
Dries Rombaut
Hua-Sheng Chiu
Bieke Decaesteker
Celine Everaert
Nurten Yigit
Agathe Pelthier
Isabelle Janoueix
Christophe Bartenhagen
Matthias Fischer
Stephen Roberts
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2019
LNCipedia 5 : towards a reference set of human long non-coding RNAs
Pieter-Jan Volders
Jasper Anckaert
Kenneth Verheggen
Justine Nuytens
Lennart Martens
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2019
Lack of adequate reporting of pre-analytical variables in RNA based liquid biopsies studies hampers quality assessment and replication
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Céleste Van Der Schueren
Anneleen Decock
Hetty Helsmoortel
Eva Hulstaert
C3
Conferentie
2019
LncRNAs as novel players in neuroblastoma tumor biology
Dries Rombaut
Pieter Mestdagh
Steve Lefever
Proefschrift
2019
Long noncoding RNA expression profiling in cancer : challenges and opportunities
Lucia Lorenzi
Francisco Avila Cobos
Anneleen Decock
Celine Everaert
Hetty Helsmoortel
Steve Lefever
Karen Verboom
Pieter-Jan Volders
Franki Speleman
Jo Vandesompele
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENES CHROMOSOMES & CANCER
2019
Orthogonal proteomic methods to decipher the RNA-protein interactome of the long non-coding RNA HOTAIR
Louis Delhaye
Edith De Bruycker
Eric de Bony de Lavergne
Delphine De Sutter
Pieter Mestdagh
Sven Eyckerman
C3
Conferentie
2019
Performance assessment of total RNA sequencing of human biofluids and extracellular vesicles
Celine Everaert
Hetty Helsmoortel
Anneleen Decock
Eva Hulstaert
Ruben Van Paemel
Kimberly Verniers
Justine Nuytens
Jasper Anckaert
Nele Nijs
Joeri Tulkens
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2019
Plasma miRNAs as biomarkers for endometriosis
A. Vanhie
D. Peterse
A. Beckers
A. Cuellar
A. Fassbender
C. Meuleman
Pieter Mestdagh
T. D'Hooghe
A1
Artikel in een tijdschrift
in
HUMAN REPRODUCTION
2019
RNA-directed proteomics to explore the interactome of the melanoma-specific lncRNA SAMMSON
Louis Delhaye
Shanna Dewaele
Delphine De Sutter
Pieter Mestdagh
Sven Eyckerman
C3
Conferentie
2019
SMARTer single cell total RNA sequencing
Karen Verboom
Celine Everaert
Nathalie Bolduc
Kenneth Livak
Nurten Yigit
Dries Rombaut
Jasper Anckaert
Morten Venø
Jørgen Kjems
Franki Speleman
et al.
C3
Conferentie
2019
SMARTer single cell total RNA-sequencing
Karen Verboom
Celine Everaert
Nathalie Bolduc
Kenneth Livak
Nurten Yigit
Dries Rombaut
Jasper Anckaert
Simon Lee
Morten Venø
Jørgen Kjems
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2019
The RNA Atlas, a single nucleotide resolution map of the human transcriptome
Lucia Lorenzi
Hua-Sheng Chiu
Francisco Avila Cobos
Stephen Gross
Pieter-Jan Volders
Robrecht Cannoodt
Justine Nuytens
Katrien Vanderheyden
Jasper Anckaert
Steve Lefever
et al.
Preprint
2019
The generation and use of recombinant extracellular vesicles as biological reference material
Edward Geeurickx
Joeri Tulkens
Bert Dhondt
Jan Van Deun
Lien Lippens
Glenn Vergauwen
Elisa Heyrman
Delphine De Sutter
Kris Gevaert
Francis Impens
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2019
The human biofluid RNA atlas : expanding the liquid biopsy field beyond the blood stream
Eva Hulstaert
Kimberly Verniers
Justine Nuytens
Eveline Vanden Eynde
Nurten Yigit
Jasper Anckaert
Anja Geerts
Peggy Jacques
Guy Brusselle
THIERRY DERVEAUX
et al.
C3
Conferentie
2019
The long noncoding RNA lncNB1 promotes tumorigenesis by interacting with ribosomal protein RPL35
Pei Y Liu
Andrew E Tee
Giorgio Milazzo
Katherine M Hannan
Jesper Maag
Sujanna Mondal
Bernard Atmadibrata
Nenad Bartonicek
Hui Peng
Nicholas Ho
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2019
Therapeutic applications of SAMMSON lncRNA inhibition in uveal melanoma
Shanna Dewaele
Katrien Vanderheyden
Boel De Paepe
Louis Delhaye
Fariba Nemati
Didier Decaudin
Sven Eyckerman
Rudy Van Coster
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2019
Therapeutic applications of SAMMSON lncRNA inhibition in uveal melanoma
Shanna Dewaele
Katrien Vanderheyden
Boel De Paepe
Louis Delhaye
Fariba Nemati
Didier Decaudin
Sven Eyckerman
Rudy Van Coster
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2019
Therapeutic applications of SAMMSON lncRNA inhibition in uveal melanoma
Shanna Dewaele
Katrien Vanderheyden
Boel De Paepe
Louis Delhaye
Fariba Nemati
Didier Decaudin
Sven Eyckerman
Rudy Van Coster
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2019
Variant calling and fusion gene detection in formalin-fixed paraffin-embedded tumor tissue using RNA capture sequencing
Anneleen Decock
David Creytens
Joni Van der Meulen
Sandra Steyaert
Carolina Fierro
Manuel Luypaert
Steve Lefever
Eveline Vanden Eynde
Katrien Vanderheyden
Kimberly Verniers
et al.
C3
Conferentie
2019
2018
A comprehensive pan-cancer molecular study of gynecologic and breast cancers
Ashton C Berger
Anil Korkut
Rupa S Kanchi
Apurva M Hegde
Walter Lenoir
Wenbin Liu
Yuexin Liu
Huihui Fan
Hui Shen
Visweswaran Ravikumar
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CANCER CELL
2018
A high-throughput 3’ UTR reporter screening identifies microRNA interactomes of cancer genes
Gert Van Peer
Evelien Mets
Shana Claeys
Ines De Punt
Steve Lefever
Maté Ongenaert
Pieter Rondou
Franki Speleman
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2018
Assessing the biological signal of different RNA fractions for computational deconvolution of healthy tissues
Francisco Avila Cobos
Lucia Lorenzi
Jo Vandesompele
Gary Schroth
Katleen De Preter
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2018
Assessment of risk refinement strategies for improved clinical outcome of neuroblastoma patients
Fjoralba Zeka
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
Proefschrift
2018
Circulating microRNA biomarkers for metastatic disease in neuroblastoma patients
Fjoralba Zeka
Anneleen Decock
Alan Van Goethem
Katrien Vanderheyden
Fleur Demuynck
Tim Lammens
Hetty Helsmoortel
Joëlle Vermeulen
Rosa Noguera
Ana P. Berbegall
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JCI INSIGHT
2018
Circulating microRNA biomarkers for metastatic neuroblastoma
Fjoralba Zeka
Alan Van Goethem
Tim Lammens
Anneleen Decock
Hetty Helsmoortel
Genevieve Laureys
Michael Hogarty
Eveline Barbieri
Jason Shohet
Frank Berthold
et al.
C3
Conferentie
2018
Comparative analysis of naive, primed and ground state pluripotency in mouse embryonic stem cells originating from the same genetic background
Sabitri Ghimire
Margot Van der Jeught
Jitesh Neupane
Matthias S Roost
Jasper Anckaert
Mina Popovic
Filip Van Nieuwerburgh
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Dieter Deforce
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2018
Computational deconvolution of transcriptomics data from mixed cell populations
Francisco Avila Cobos
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
Katleen De Preter
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2018
Contribution of lncRNAs in establishment of HIV latency in central memory CD4 T cells
Wim Trypsteen
Cory White
Alberto Bosque
Pieter Mestdagh
Steve Lefever
Celsa A Spina
Linos Vandekerckhove
Nadejd Beliakova-Bethell
C3
Conferentie
2018
Contribution of lncRNAs in the establishment of HIV latency in CD4+ T cell models
Wim Trypsteen
Clarissa Van Hecke
Tinus Schynkel
Cory H White
Christopher Woelk
Alberto Bosque
Celsa Spina
Steve Lefever
Pieter Mestdagh
Linos Vandekerckhove
et al.
C3
Conferentie
2018
Cross-cohort analysis identifies a TEAD4-MYCN positive-feedback loop as the core regulatory element of high-risk neuroblastoma
Presha Rajbhandari
Gonzalo Lopez
Claudia Capdevila
Beatrice Salvatori
Jiyang Yu
Ruth Rodriguez-Barrueco
Daniel Martinez
Mark Yarmarkovich
Nina Weichert-Leahey
Brian J Abraham
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CANCER DISCOVERY
2018
Differential gene expression analysis tools exhibit substandard performance for long non-coding RNA-sequencing data
Alemu Takele Assefa
Katrijn De Paepe
Celine Everaert
Pieter Mestdagh
Olivier Thas
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENOME BIOLOGY
2018
How long noncoding RNAs enforce their will on mitochondrial activity : regulation of mitochondrial respiration, reactive oxygen species production, apoptosis, and metabolic reprogramming in cancer
Boel De Paepe
Steve Lefever
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CURRENT GENETICS
2018
In silico discovery of a FOXM1 driven embryonal signaling pathway in therapy resistant neuroblastoma tumors
Suzanne Vanhauwaert
Bieke Decaesteker
Sara De Brouwer
Carina Leonelli
Kaat Durinck
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Karen Sermon
Geertrui Denecker
Christophe Van Neste
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2018
Longitudinal evaluation of murine serum microRNAs as biomarkers for neuroblastoma burden and therapeutic TP53 reactivation
Alan Van Goethem
Nurten Yigit
Celine Everaert
Myrthala Moreno-Smith
Sanjeev A Vasudevan
Fjoralba Zeka
Fleur Demunck
Eveline Barbieri
Franki Speleman
Pieter Mestdagh
et al.
C3
Conferentie
2018
Recombinant extracellular vesicles : biological reference material to standardize extracellular vesicle research
Edward Geeurickx
Elisa Heyrman
Jan Van Deun
Lien Lippens
Joeri Tulkens
Bert Dhondt
Glenn Vergauwen
Kris Gevaert
Francis Impens
Ilkka Miinalainen
et al.
C3
Conferentie
2018
Recombinant extracellular vesicles : biological reference material to standardize extracellular vesicle research
Edward Geeurickx
Elisa Heyrman
Jan Van Deun
Lien Lippens
Joeri Tulkens
Bert Dhondt
Glenn Vergauwen
Kris Gevaert
Francis Impens
Ilkka Miinalainen
et al.
C3
Conferentie
2018
SAMMSON fosters cancer cell fitness by concertedly enhancing mitochondrial and cytosolic translation
Roberto Vendramin
Yvessa Verheyden
Hideaki Ishikawa
Lucas Goedert
Emilien Nicolas
Kritika Saraf
Alexandros Armaos
Riccardo Delli Ponti
Keichi Izumikawa
Pieter Mestdagh
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY
2018
TBX2 is a neuroblastoma core regulatory circuitry component enhancing MYCN/FOXM1 reactivation of DREAM targets
Bieke Decaesteker
Geertrui Denecker
Christophe Van Neste
Emmy M Dolman
Wouter Van Loocke
Moritz Gartlgruber
Carolina de Carvalho Nunes
Fanny De Vloed
Pauline Depuydt
Karen Verboom
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2018
Targeted genomic screen reveals focal long non-coding RNA copy number alterations in cancer cell lines
Pieter-Jan Volders
Steve Lefever
Shalina Baute
Justine Nuytens
Katrien Vanderheyden
Björn Menten
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
A2
Artikel in een tijdschrift
in
NON-CODING RNA
2018
The cancer-associated microprotein CASIMO1 controls cell proliferation and interacts with squalene epoxidase modulating lipid droplet formation
Maria Polycarpou-Schwarz
Matthias Groß
Pieter Mestdagh
Johanna Schott
Stefanie E Grund
Catherina Hildenbrand
Joachim Rom
Sebastian Aulmann
Hans-Peter Sinn
Jo Vandesompele
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOGENE
2018
The extracellular RNA quality control (exRNAQC) study : controlling pre-analytical variables of RNA sequencing in blood-based precision medicine
Francisco Avila Cobos
Anneleen Decock
Katleen De Preter
Bert Dhondt
Olivier De Wever
Bram De Wilde
Celine Everaert
Carolina Fierro
Hetty Helsmoortel
An Hendrix
et al.
C3
Conferentie
2018
The extracellular RNA quality control (exRNAQC) study : controlling pre-analytical variables of RNA sequencing in blood-based precision medicine
Francisco Avila Cobos
Anneleen Decock
Katleen De Preter
Olivier De Wever
Bram De Wilde
Bert Dhondt
Celine Everaert
Carolina Fierro
Hetty Helsmoortel
An Hendrix
et al.
C3
Conferentie
2018
The mutational landscape of MYCN, Lin28b and ALKF1174L driven murine neuroblastoma mimics human disease
Bram De Wilde
Anneleen Beckers
Sven Lindner
Kristina Althoff
Katleen De Preter
Pauline Depuydt
Pieter Mestdagh
Tom Sante
Steve Lefever
Falk Hertwig
et al.
A2
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOTARGET
2018
The neuroblastoma-specific lncRNA NESPR activates PHOX2B expression and is essential for neuroblastoma cell survival
Dries Rombaut
Tiago França Brazao
Louis Delhaye
Eva D'haene
Giorgio Milazzo
Roberto Ciaccio
Nurten Yigit
Celine Everaert
Matthias Fischer
Thorsten Simon
et al.
C3
Conferentie
2018
The role of microRNA-155 in cigarette smoke-induced inflammation
Elise De Smet
Pieter Mestdagh
Francisco Avila Cobos
Evy Blomme
Fien Verhamme
Sharen Provoost
Tania Maes
Guy Joos
Guy Brusselle
Ken Bracke
C3
Conferentie
2018
Therapeutic applications of SAMMSON lncRNA inhibition in uveal melanoma
Shanna Dewaele
Katrien Vanderheyden
Boel De Paepe
Fariba Nemati
Sergio Roman Roman
Rudy Van Coster
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2018
Therapeutic applications of SAMMSON lncRNA inhibition in uveal melanoma
Shanna Dewaele
Katrien Vanderheyden
Boel De Paepe
Fariba Nemati
Sergio Roman Roman
Rudy Van Coster
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2018
Zipper plot : visualizing transcriptional activity of genomic regions
Francisco Avila Cobos
Jasper Anckaert
Pieter-Jan Volders
Celine Everaert
Dries Rombaut
Jo Vandesompele
Katleen De Preter
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2018
2017
Benchmarking of RNA-sequencing analysis workflows using whole-transcriptome RT-qPCR expression data
Celine Everaert
Manuel Luypaert
Jesper LV Maag
Quek Xiu Cheng
Marcel E Dinger
Jan Hellemans
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2017
Contribution of lncRNAs in establishment of HIV latency in central memory CD4 T cells
Wim Trypsteen
Cory White
Alberto Bosque
Celsa Spina
Steve Lefever
Pieter Mestdagh
Linos Vandekerckhove
Nadejd Beliakova-Bethell
C3
Conferentie
2017
Contribution of lncRNAs in the establishment of HIV latency in central memory CD4 T cells
Wim Trypsteen
Cory White
Alberto Bosque
Steve Lefever
Pieter Mestdagh
Linos Vandekerckhove
Christopher Woelk
C3
Conferentie
2017
Differential expression of lncRNAs during the HIV replication cycle: an underestimated layer in the HIV-host interplay (vol 6, 36111, 2016)
Wim Trypsteen
Pejman Mohammadi
Clarissa Van Hecke
Pieter Mestdagh
Steve Lefever
Yvan Saeys
Pieter De Bleser
Jo Vandesompele
Angela Ciuffi
Linos Vandekerckhove
et al.
Correctie
2017
Direct comparison of distinct naive pluripotent states in human embryonic stem cells
Sharat Warrier
Margot Van der Jeught
Galbha Duggal
Laurentijn Tilleman
Ella Sutherland
Jasin Taelman
Mina Popovic
Sylvie Lierman
Susana Marina Chuva de Sousa Lopes
Ann Van Soom
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2017
Direct detection of circulating microRNAs unveiled the absence of microRNA-218-5p in smoker subjects : reply
Griet Conickx
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Guy Brusselle
Ken Bracke
A1
Artikel in een tijdschrift
in
AMERICAN JOURNAL OF RESPIRATORY AND CRITICAL CARE MEDICINE
2017
Discovering cancer vulnerabilities using high-throughput micro-RNA screening
Iva Nikolic
Benjamin Elsworth
Eoin Dodson
Sunny Z Wu
Cathryn M Gould
Pieter Mestdagh
Glenn M Marshall
Lisa G Horvath
Kaylene J Simpson
Alexander Swarbrick
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2017
EV-TRACK : transparent reporting and centralizing knowledge in extracellular vesicle research
Jan Van Deun
Pieter Mestdagh
Patrizia Agostinis
Özden Akay
Sushma Anand
Jasper Anckaert
Zoraida Andreu Martinez
Tine Baetens
Els Beghein
Laurence Bertier
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE METHODS
2017
Long non-coding RNAs in cutaneous melanoma : clinical perspectives
Eva Hulstaert
Lieve Brochez
Pieter-Jan Volders
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOTARGET
2017
MicroRNA expression analysis using small RNA sequencing discovery and RT-qPCR-based validation
Alan Van Goethem
Pieter Mestdagh
Tom Van Maerken
Jo Vandesompele
Hoofdstuk in een boek
in
Functional genomics : methods and protocols
2017
MicroRNA profiling reveals a role for microRNA-218-5p in the pathogenesis of chronic obstructive pulmonary disease
Griet Conickx
Pieter Mestdagh
Francisco Avila Cobos
Fien Verhamme
Tania Maes
Bart M Vanaudenaerde
Leen Seys
Lies Lahousse
Richard Y Kim
Alan C Hsu
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
AMERICAN JOURNAL OF RESPIRATORY AND CRITICAL CARE MEDICINE
2017
MicroRNA-184 is a downstream effector of albuminuria driving renal fibrosis in rats with diabetic nephropathy
Cristina Zanchi
Daniela Macconi
Piera Trionfini
Susanna Tomasoni
Daniela Rottoli
Monica Locatelli
Michael Rudnicki
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
Giuseppe Remuzzi
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
DIABETOLOGIA
2017
MicroRNAs as future therapeutic targets in COPD?
Ken Bracke
Pieter Mestdagh
Redactioneel materiaal
2017
Noncoding after all : biases in proteomics data do not explain observed absence of lncRNA translation products
Kenneth Verheggen
Pieter-Jan Volders
Pieter Mestdagh
Gerben Menschaert
Petra Van Damme
Kris Gevaert
Lennart Martens
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2017
PAN-cancer identification of ncRNAs with a high therapeutic and diagnostic potential
Celine Everaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2017
RNAcentral : a comprehensive database of non-coding RNA sequences
Anton I Petrov
Simon JE Kay
Ioanna Kalvari
Kevin L Howe
Kristian A Gray
Elspeth A Bruford
Paul J Kersey
Guy Cochrane
Robert D Finn
Alex Bateman
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2017
The extracellular RNA quality control (exRNAQC) study : testing and controlling pre-analytical variables of RNA sequencing on liquid biopsies
Anneleen Decock
Olivier De Wever
Bert Dhondt
Thibaut D'huyvetter
Hetty Helsmoortel
An Hendrix
Annouck Philippron
Kimberly Verniers
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2017
The long non-coding RNA NEAT1 is responsive to neuronal activity and is associated with hyperexcitability states
Guy Barry
James A Briggs
Do Won Hwang
Sam P Nayler
Patrick RJ Fortuna
Nicky Jonkhout
Fabien Dachet
Jesper LV Maag
Pieter Mestdagh
Erin M Singh
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2017
The role of dicer in alveolar macrophages and dendritic cells in smoke-induced inflammation
Elise De Smet
Pieter Mestdagh
S Provoost
Leen Seys
Guy Joos
Karim Vermaelen
Guy Brusselle
Ken Bracke
C3
Conferentie
2017
The transcriptome of lung tumor-infiltrating dendritic cells reveals a tumor-supporting phenotype and a microRNA signature with negative impact on clinical outcome
Lotte Pyfferoen
Elisabeth Brabants
Celine Everaert
Nancy De Cabooter
Kelly Heyns
Kim Deswarte
Manon Vanheerswynghels
Sofie De Prijck
Glenn Waegemans
Melissa Dullaers
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOIMMUNOLOGY
2017
Therapeutic applications of SAMMSON lncRNA inhibition in uveal melanoma
Shanna Dewaele
Katrien Vanderheyden
Boel De Paepe
Fariba Nemati
Sergio Roman Roman
Rudy Van Coster
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2017
Therapeutic applications of SAMMSON lncRNA inhibition in uveal melanoma
Shanna Dewaele
Katrien Vanderheyden
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2017
Zipper plot : visualizing transcriptional activity of genomic regions
Francisco Avila Cobos
Jasper Anckaert
Pieter-Jan Volders
Celine Everaert
Dries Rombaut
Jo Vandesompele
Katleen De Preter
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC BIOINFORMATICS
2017
decodeRNA-predicting non-coding RNA functions using guilt-by-association
Steve Lefever
Jasper Anckaert
Pieter-Jan Volders
Manuel Luypaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION
2017
lncRNA discovery in the HIV replication cycle adds new layer in HIV-host interplay
Wim Trypsteen
Mohammadi Pejman
Clarissa Van Hecke
Pieter Mestdagh
Steve Lefever
Pieter De Bleser
Jo Vandesompele
Angela Ciuffi
Ward De Spiegelaere
Linos Vandekerckhove
C3
Conferentie
2017
mRNA capture sequencing enabled liquid biopsy screening
Anneleen Decock
Olivier De Wever
Bert Dhondt
Carolina Fierro
An Hendrix
Hetty Helsmoortel
Scott Kuersten
Pieter Mestdagh
Nele Nijs
Piet Ost
et al.
C3
Conferentie
2017
microRNA profiling in lung tissue and bronchoalveolar lavage of cigarette smoke-exposed mice and in COPD patients : a translational approach
Griet Conickx
Francisco Avila Cobos
Maarten van den Berge
Alen Faiz
Wim Timens
Pieter S. Hiemstra
Guy Joos
Guy Brusselle
Pieter Mestdagh
Ken Bracke
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2017
2016
Asthma inflammatory phenotypes show differential microRNA expression in sputum
Tania Maes
Francisco Avila Cobos
Florence Schleich
Valentina Sorbello
Monique Henket
Katleen De Preter
Ken Bracke
Griet Conickx
Claire Mesnil
Jo Vandesompele
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF ALLERGY AND CLINICAL IMMUNOLOGY
2016
Benchmarking of RNA-sequencing analysis workflows using whole-transcriptome RT-qPCR expression data
Celine Everaert
Ariane De Ganck
Jan Hellemans
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2016
Decoding cancer transcriptomes using public RNA sequencing data
Celine Everaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2016
Decoding cancer transcriptomes using public RNA sequencing data
Celine Everaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2016
Decoding cancer transcriptomes using public RNA sequencing data
Celine Everaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2016
Depletion of tRNA-halves enables effective small RNA sequencing of low-input murine serum samples
Alan Van Goethem
Nurten Yigit
Celine Everaert
Myrthala Moreno-Smith
Liselot Mus
Eveline Barbieri
Franki Speleman
Pieter Mestdagh
Jason Shohet
Tom Van Maerken
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2016
Differential expression of lncRNAs during the HIV replication cycle : an underestimated layer in the HIV-host interplay
Wim Trypsteen
Pejman Mohammadi
Clarissa Van Hecke
Pieter Mestdagh
Steve Lefever
Yvan Saeys
Pieter De Bleser
Jo Vandesompele
Angela Ciuffi
Linos Vandekerckhove
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2016
EV-TRAQ: tracking transparent reporting and quality to boost standardized extracellular vesicle research
Jan Van Deun
Pieter Mestdagh
Jasper Anckaert
Jo Vandesompele
Olivier De Wever
An Hendrix
C3
Conferentie
2016
Eradication of neuroblastoma by suppressing the expression of a single long noncoding RNA
Pei Y Liu
Andrew E Tee
Bernard Atmadibrata
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Marcel Dinger
Tao Liu
C3
Conferentie
2016
Expanding the TLX1 regulome in T-cell acute lymphoblastic leukemia towards long noncoding RNAs
Kaat Durinck
Wouter Van Loocke
Inge Van de Walle
Joni Van der Meulen
Pieter-Jan Volders
Nadine Van Roy
Yves Benoit
Bruce Poppe
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
et al.
C3
Conferentie
2016
Identification of non-invasive biomarkers for treatment response in neuroblastoma by circulating miRNA profiling
Alan Van Goethem
Nurten Yigit
Mythala Moreno-Smith
Celine Everaert
Olivier Delattre
Pieter Mestdagh
Saurabh Agarwal
Eveline Barbieri
Isabelle Janoueix-Lerosey
Jason Shohet
et al.
C3
Conferentie
2016
LncRNAs in the context of Chronic Obstructive Pulmonary Disease (COPD) are associated to immune response and metabolism of xenobiotics
Francisco Avila Cobos
Ken Bracke
Jo Vandesompele
Kimberly Verniers
Guy Joos
Katleen De Preter
Guy Brusselle
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2016
Long non-coding RNA expression profiling in the NCI60 cancer cell line panel using high-throughput RT-qPCR
Pieter Mestdagh
Steve Lefever
Pieter-Jan Volders
Stefaan Derveaux
Jan Hellemans
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC DATA
2016
Long non-coding RNAs as novel components in the TP53 pathway
Dries Rombaut
Steve Lefever
Jan Koster
Johannes Schulte
Rogier Versteeg
Peter van Sluis
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2016
Long non-coding RNAs as novel components in the TP53 pathway
Dries Rombaut
Steve Lefever
Jan Koster
Sven Lindner
Johannes Schulte
Rogier Versteeg
Peter van Sluis
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2016
Long noncoding RNA expression profiling in normal B-cell subsets and Hodgkin lymphoma reveals Hodgkin and Reed-Sternberg cell-specific long noncoding RNAs
Mina Masoumeh Tayari
Melanie Winkle
Gertrud Kortman
Jantine Sietzema
Debora de Jong
Martijn Terpstra
Pieter Mestdagh
Frans GM Kroese
Lydia Visser
Arjan Diepstra
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
AMERICAN JOURNAL OF PATHOLOGY
2016
Long noncoding RNA signatures define oncogenic subtypes in T-cell acute lymphoblastic leukemia
Annelynn Wallaert
Kaat Durinck
Wouter Van Loocke
Inge Van de Walle
Filip Matthijssens
Pieter-Jan Volders
Francisco Avila Cobos
Dries Rombaut
Pieter Rondou
Pieter Mestdagh
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
LEUKEMIA
2016
Mapping the methodological diversity of EV isolation and characterization
Jan Van Deun
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Olivier De Wever
An Hendrix
C3
Conferentie
2016
Melanoma addiction to the long non-coding RNA SAMMSON
Eleonora Leucci
Roberto Vendramin
Marco Spinazzi
Patrick Laurette
Mark Fiers
Jasper Wouters
Enrico Radaelli
Sven Eyckerman
Carina Leonelli
Katrien Vanderheyden
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE
2016
Microrna-218-5p is implicated in the pathogenesis of chronic obstructive pulmonary disease
Griet Conickx
Pieter Mestdagh
Francisco Avila Cobos
Fien Verhamme
Tania Maes
BM Vanaudenaerde
Lies Lahousse
Guy Joos
Jo Vandesompele
Ken Bracke
et al.
C3
Conferentie
2016
Next generation sequencing of microRNAs from isogenic neuroblastoma cell lines isolated before and after treatment
Sarah Andrea Roth
Erik Knutsen
Tonje Fiskaa
Peter Utnes
Swapnil Bhavsar
Øyvind H Hald
Cecilie Løkke
Pieter Mestdagh
Steinar D Johansen
Trond Flægstad
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CANCER LETTERS
2016
PAN-cancer identification of ncRNAs with a high therapeutic and diagnostic potential
Celine Everaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2016
PAN-cancer identification of ncRNAs with a high therapeutic and diagnostic potential
Celine Everaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2016
PAN-cancer therapeutic target identification by omics data integration
Celine Everaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2016
Rol van microRNA in neutrofiel astma
Tania Maes
Francisco Avila Cobos
Florence Schleich
Valentina Sorbello
Monique Henket
Katleen De Preter
Ken Bracke
Griet Conickx
Claire Mesnil
Jo Vandesompele
et al.
A4
Artikel in een tijdschrift
in
BLOEDVATEN HART LONGEN
2016
Selective cross-cohort discovery of transcriptional mechanisms presiding over high-risk neuroblastoma subtype state maintenance
Presha Rajbhandari
Gonzalo Lopez
Jiyang Yu
Ruth Rodriguez-Barrueco
Mariano Alvarez
Daniel Martinez
Mark Yarmarkovich
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
Jose M Silva
et al.
C3
Conferentie
2016
Straightforward and sensitive RT-qPCR based gene expression analysis of FFPE samples
Fjoralba Zeka
Katrien Vanderheyden
Els De Smet
Claude Cuvelier
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2016
The T-ALL oncogene TLX1 controls enhancer lncRNA expression
Karen Verboom
Kaat Durinck
Wouter Van Loocke
Filip Matthijssens
Inge Van de Walle
Annelynn Wallaert
Pieter-Jan Volders
Nadine Van Roy
Yves Benoit
Bruce Poppe
et al.
C3
Conferentie
2016
2015
Alternative routes to induce naive pluripotency in human embryonic stem cells
Galbha Duggal
Sharat Warrier
Sabitri Ghimire
Dorien Broekaert
Margot Van der Jeught
Sylvie Lierman
Tom Deroo
Luc Peelman
Ann Van Soom
Maria Cornelissen
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
STEM CELLS
2015
An update on LNCipedia : a database for annotated human lncRNA sequences
Pieter-Jan Volders
Kenneth Verheggen
Gerben Menschaert
Klaas Vandepoele
Lennart Martens
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2015
Determining differentially expressed miRNAs and validating miRNA-target relationships using the SPRET/Ei mouse strain
Steven Timmermans
Filip Van Hauwermeiren
Leen Puimège
Lien Dejager
Elien Van Wonterghem
Valerie Vanhooren
Pieter Mestdagh
Claude Libert
Roosmarijn Vandenbroucke
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MAMMALIAN GENOME
2015
Genome wide expression profiling of p53 regulated miRNAs in neuroblastoma
Ali Rihani
Alan Van Goethem
Maté Ongenaert
Sara De Brouwer
Pieter-Jan Volders
Saurabh Agarwal
Katleen De Preter
Pieter Mestdagh
Jason Shohet
Franki Speleman
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2015
Identification of differentially expressed microRNAs in neutrophilic asthma
Tania Maes
Katleen De Preter
FN Schleich
M Henket
Ken Bracke
Lies Lahousse
Pieter Mestdagh
Guy Joos
Guy Brusselle
R Louis
C3
Conferentie
2015
Identification of miRNAs contributing to neuroblastoma chemoresistance
Duncan Ayers
Pieter Mestdagh
Tom Van Maerken
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL
2015
Integrated and cross-species omics analyses identify the DNA damage response pathway as an important vulnerable pathway in aggressive neuroblastoma tumors
Katleen De Preter
Anneleen Beckers
Suzanne Vanhauwaert
Annelies Fieuw
Sara De Brouwer
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Franki Speleman
C3
Conferentie
2015
Long non-coding RNAs as upstream regulators and downstream effectors of TP53 activity in neuroblastoma
Dries Rombaut
Steve Lefever
Jan Koster
Johannes Schulte
Rogier Versteeg
Peter van Sluis
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2015
MYCN-targeting miRNAs are predominantly downregulated during MYCN-driven neuroblastoma tumor formation
Anneleen Beckers
Gert Van Peer
Daniel R Carter
Kristina Althoff
Belamy B Cheung
Johannes H Schulte
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Glenn M Marshall
Katleen De Preter
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOTARGET
2015
MiR-34a deficiency accelerates medulloblastoma formation in vivo
Theresa Thor
Annette Künkele
Kristian W Pajtler
Annika K Wefers
Harald Stephan
Pieter Mestdagh
Lukas Heukamp
Wolfgang Hartmann
Jo Vandesompele
Natalie Sadowski
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER
2015
MicroRNA-193b-3p acts as a tumor suppressor by targeting the MYB oncogene in T-cell acute lymphoblastic leukemia
Evelien Mets
Joni Van der Meulen
Gert Van Peer
Michael Boice
Pieter Mestdagh
Inge Van de Walle
Tim Lammens
Steven Goossens
Barbara De Moerloose
Yves Benoit
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
LEUKEMIA
2015
Non-coding RNAs and respiratory disease
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Guy Brusselle
Karim Vermaelen
A1
Artikel in een tijdschrift
in
THORAX
2015
Non-coding RNAs in the pathogenesis of COPD
Elise De Smet
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Guy Brusselle
Ken Bracke
A1
Artikel in een tijdschrift
in
THORAX
2015
Oncogenic dysregulations in neuroblastoma are associated with distal large chromosomal aberrations
Gonzalo Lopez
Mariano Alvarez
James Chen
Presha Rajbhandari
Kristina A Cole
Edward F Attiyeh
Sharon Diskin
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
John M Maris
et al.
C3
Conferentie
2015
RT-qPCR-based quantification of small non-coding RNAs
Fjoralba Zeka
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Hoofdstuk in een boek
in
Small non-coding RNAs : methods and protocols
2015
Renal microRNA- and RNA-profiles in progressive chronic kidney disease
Michael Rudnicki
Paul Perco
Barbara D′haene
Johannes Leierer
Andreas Heinzel
Irmgard Mühlberger
Ninella Schweibert
Judith Sunzenauer
Heinz Regele
Andreas Kronbichler
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
EUROPEAN JOURNAL OF CLINICAL INVESTIGATION
2015
lncRNAs as upstream regulators and downstream effectors of TP53 in neuroblastoma
Dries Rombaut
Steve Lefever
Pieter-Jan Volders
Jan Koster
Sven Lindner
Johannes Schulte
Alan Van Goethem
Rogier Versteeg
Peter van Sluis
Jo Vandesompele
et al.
C3
Conferentie
2015
miR-135a inhibits cancer stem cell-driven medulloblastoma development by directly repressing Arhgef6 expression
Katayoun Hemmesi
Mario Leonardo Squadrito
Pieter Mestdagh
Valentina Conti
Manuela Cominelli
Ignazio S Piras
Lucia Sergi Sergi
Sara Piccinin
Roberta Maestro
Pietro L Poliani
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
STEM CELLS
2015
miR-542-3p exerts tumor suppressive functions in neuroblastoma by downregulating Survivin
Kristina Althoff
Sven Lindner
Andrea Odersky
Pieter Mestdagh
Anneleen Beckers
Sarah Karczewski
Jan J Molenaar
Anna Bohrer
Shirley Knauer
Franki Speleman
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER
2015
miRNome-wide high-throughput microRNA target identification
Gert Van Peer
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
Proefschrift
2015
2014
Cancer-associated adipose tissue promotes breast cancer progression by paracrine Oncostatin M and JAK3/STAT3 signaling
Lore Lapeire
An Hendrix
Kathleen Lambein
Mieke Van Bockstal
Geert Braems
Rudy Van den Broecke
Ridha Limame
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Christian Vanhove
et al.
C3
Conferentie
2014
Cancer-associated adipose tissue promotes breast cancer progression by paracrine Oncostatin M and Jak/STAT3 signaling
Lore Lapeire
An Hendrix
Kathleen Lambein
Mieke Van Bockstal
Geert Braems
Rudy Van den Broecke
RIDHA LIMAME
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Christian Vanhove
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CANCER RESEARCH
2014
Early targets of miR-34a in neuroblastoma
Pasqualino De Antonellis
Marianeve Carotenuto
Jonathan Vandenbussche
Gennaro De Vita
Veronica Ferrucci
Chiara Medaglia
Iolanda Boffa
Alessandra Galiero
Sarah Di Somma
Daniela Magliulo
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2014
Ectopic microRNA-150-5p transcription sensitizes glucocorticoid therapy response in MM1S multiple myeloma cells but fails to overcome hormone therapy resistance in MM1R cells
Ajay Palagani
Ken Op de Beeck
Stefan Naulaerts
Jolien Diddens
Chandra Sekhar Chirumamilla
Guy Van Camp
Kris Laukens
Karen Heyninck
Sarah Gerlo
Pieter Mestdagh
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2014
Evaluation of quantitative miRNA expression platforms in the microRNA quality control (miRQC) study
Pieter Mestdagh
Nicole Hartmann
Lukas Baeriswy
Ditte Andreasen
Nathalie Bernard
Caifu Chen
David Cheo
Petula D'Andrade
Mike DeMayo
Lucas Dennis
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE METHODS
2014
LncRNA profiling in T-cell acute lymphoblastic leukemia predicts a functional connection between lncRNAs and the major T-ALL genetic subgroups
Annelynn Wallaert
Kaat Durinck
Wouter Van Loocke
Pieter-Jan Volders
Yves Benoit
Bruce Poppe
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Jean Soulier
Jan Cools
et al.
C3
Conferentie
2014
Lung tumours reprogram pulmonary dendritic cell immunogenicity at the microRNA level
Lotte Pyfferoen
Pieter Mestdagh
Karl Vergote
Nancy De Cabooter
Jo Vandesompele
Bart Lambrecht
Karim Vermaelen
A1
Artikel in een tijdschrift
in
INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER
2014
MicroRNA-128-3p is a novel oncomiR targeting PHF6 in T-cell acute lymphoblastic leukemia
Evelien Mets
Gert Van Peer
Joni Van der Meulen
Michael Boice
Tom Taghon
Steven Goossens
Pieter Mestdagh
Yves Benoit
Barbara De Moerloose
Nadine Van Roy
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
HAEMATOLOGICA
2014
Reduced DICER1 functionality in neuroblastoma through reduced expression levels or somatic mutations
Bram De Wilde
Johannes H Schulte
Anneleen Beckers
Alexander Schramm
Annelies Fieuw
Daniel Carter
Belamy Cheung
Glenn Marshall
Angelika Eggert
Katleen De Preter
et al.
C3
Conferentie
2014
Robust selection of cancer survival signatures from high-throughput genomic data using two-fold subsampling
Sangkyun Lee
Jörg Rahnenführer
Michel Lang
Katleen De Preter
Pieter Mestdagh
Jan Koster
Rogier Versteeg
Raymond L Stallings
Luigi Varesio
Shahab Asgharzadeh
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2014
Selecting potent antisense oligonucleotides for lncRNA knockdown using generalized additive models
Pieter-Jan Volders
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2014
Selecting potent antisense oligonucleotides for lncRNA silencing in vitro using thermodynamic properties and target RNA structure
Pieter-Jan Volders
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2014
Some cautionary notes on the petite 'Holy Grail' of molecular diagnostics
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
Redactioneel materiaal
2014
The Notch driven long non-coding RNA repertoire in T-cell acute lymphoblastic leukemia
Kaat Durinck
Annelynn Wallaert
Inge Van de Walle
Wouter Van Loocke
Pieter-Jan Volders
Suzanne Vanhauwaert
Ellen Geerdens
Yves Benoit
Nadine Van Roy
Bruce Poppe
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
HAEMATOLOGICA
2014
The impact of disparate isolation methods for extracellular vesicles on downstream RNA profiling
Jan Van Deun
Pieter Mestdagh
Raija Sormunen
Veronique Cocquyt
Karim Vermaelen
Jo Vandesompele
Marc Bracke
Olivier De Wever
An Hendrix
A2
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF EXTRACELLULAR VESICLES
2014
The impact of disparate isolation methods for extracellular vesicles on downstream RNA profiling
Jan Van Deun
Pieter Mestdagh
Raija Sormunen
Lotte Pyfferoen
Karim Vermaelen
Veronique Cocquyt
Jo Vandesompele
Marc Bracke
Olivier De Wever
An Hendrix
C3
Conferentie
2014
Unique lncRNA signatures mark the major T-ALL genetic subgroups
Annelynn Wallaert
Kaat Durinck
Wouter Van Loocke
Pieter-Jan Volders
Yves Benoit
Bruce Poppe
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Jean Soulier
Jan Cools
et al.
C3
Conferentie
2014
miRBase Tracker : keeping track of microRNA annotation changes
Gert Van Peer
Steve Lefever
Jasper Anckaert
Anneleen Beckers
Ali Rihani
Alan Van Goethem
Pieter-Jan Volders
Fjoralba Zeka
Maté Ongenaert
Pieter Mestdagh
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION
2014
2013
A bioinformatics analysis of renal miRNA- and mRNA-expression signatures in progressive chronic kidney disease
Michael Rudnicki
Paul Perco
Barbara D'haene
Johannes Leierer
Judith Sunzenauer
Raul Fechete
Andreas Heinzel
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Bernd Mayer
et al.
C3
Conferentie
2013
CLL cells respond to B-cell receptor stimulation with a microRNA/mRNA signature associated with MYC activation and cell cycle progression
Valerie Pede
Ans Rombout
JOLIEN VERMEIRE
Evelien Naessens
Pieter Mestdagh
Nore Robberecht
Hanne Vanderstraeten
Nadine Van Roy
Jo Vandesompele
Franki Speleman
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2013
DNA methylation silences miR-132 in prostate cancer
A Formosa
AM Lena
EK Markert
S Cortelli
R Miano
A Mauriello
N Croce
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
E Finazzi-Agrò
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOGENE
2013
Dynamic activity of miR-125b and miR-93 during murine neural stem cell differentiation in vitro and in the subventricular zone neurogenic niche
Annalisa Lattanzi
Bernhard Gentner
Daniela Corno
Tiziano Di Tomaso
Pieter Mestdagh
Franki Speleman
Luigi Naldini
Angela Gritt
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2013
Dynamic regulation of miRNAs implicated in the MYCN-EZH2 regulatory axis during neuroblastoma tumor initiation and progression in a MYCN mouse model
Anneleen Beckers
Katleen De Preter
Belamy Cheung
Daniel Carter
Gert Van Peer
Sara De Brouwer
Pieter Mestdagh
Genevieve Laureys
Jo Vandesompele
Glenn Marshall
et al.
C3
Conferentie
2013
Effective Alu repeat based RT-qPCR normalization in cancer cell perturbation experiments
Ali Rihani
Tom Van Maerken
Filip Pattyn
Gert Van Peer
Anneleen Beckers
Sara De Brouwer
Candy Kumps
Evelien Mets
Joni Van der Meulen
Pieter Rondou
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2013
Expanding the TLX1 regulate in T-cell acute lymphoblastic leukemia towards long non-coding RNAs
Kaat Durinck
Joni Van der Meulen
Maté Ongenaert
Pieter-Jan Volders
Annelynn Wallaert
Nadine Van Roy
Yves Benoit
Bruce Poppe
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
et al.
C3
Conferentie
2013
Expanding the TLX1-regulome in T cell acute lymphoblastic leukemia towards long non-coding RNAs
Kaat Durinck
Joni Van der Meulen
Maté Ongenaert
Pieter-Jan Volders
Annelynn Wallaert
Nadine Van Roy
Yves Benoit
Bruce Poppe
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
et al.
C3
Conferentie
2013
Focal DNA copy number changes in neuroblastoma target MYCN regulated genes
Candy Kumps
Annelies Fieuw
Pieter Mestdagh
Björn Menten
Steve Lefever
Filip Pattyn
Sara De Brouwer
Tom Sante
Johannes Hubertus Schulte
Alexander Schramm
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2013
High-throughput lncRNA expression profiling identifies candidate cancer lncRNAs
Pieter Mestdagh
Steve Lefever
Kristina Althoff
Carina Leonelli
Jan Hellemans
Jean-Christophe Marine
Johannes Schulte
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2013
Identification and functional characterization of lncRNAs in cancer
Pieter Mestdagh
Steve Lefever
Kristina Althoff
Carina Leonelli
Jan Hellemans
Jean-Christophe Marine
Johannes Schulte
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2013
Identification of miR-145 as a key regulator of the pigmentary process
Peter Dynoodt
Pieter Mestdagh
Gert Van Peer
Jo Vandesompele
Karen Goossens
Luc Peelman
Barbara Geusens
Reinhart Speeckaert
Jo Lambert
Mireille Van Gele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF INVESTIGATIVE DERMATOLOGY
2013
Identification of miRNAs implicated in neuroblastoma tumor initiation and progression through cross-species integrated genomic analysis
Anneleen Beckers
Katleen De Preter
Belamy Cheung
Sara De Brouwer
Gert Van Peer
Pieter Mestdagh
Genevieve Laureys
Jo Vandesompele
Glenn Marshall
Franki Speleman
C3
Conferentie
2013
LNCipedia 2.0: a database for annotated human lncRNA transcript sequences and structures
Pieter-Jan Volders
Kenny Helsens
Xiaowei Wang
Lennart Martens
Kris Gevaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2013
LNCipedia 2.0: a database for annotated human lncRNA transcript sequences and structures
Pieter-Jan Volders
Kenny Helsens
Xiaowei Wang
Lennart Martens
Kris Gevaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2013
LNCipedia : a database for annotated human lncRNA transcript sequences and structures
Pieter-Jan Volders
Kenny Helsens
Xiaowei Wang
Björn Menten
Lennart Martens
Kris Gevaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2013
LNCipedia: a database for annotated human lncRNA transcript sequences and structures
Pieter-Jan Volders
Kenny Helsens
Xiaowei Wang
Lennart Martens
Kris Gevaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2013
MiR-128 is a novel PHF6 targeting regulatory non-coding RNA acting as a T-ALL oncogene
Evelien Mets
Joni Van der Meulen
Gert Van Peer
Michael Boice
Pieter Mestdagh
Tom Taghon
David Avran
Barbara De Moerloose
Yves Benoit
Bruce Poppe
et al.
C3
Conferentie
2013
Modulation of neuroblastoma disease pathogenesis by an extensive network of epigenetically regulated microRNAs
S Das
K Bryan
PG Buckley
O Piskareva
IM Bray
N Foley
J Ryan
J Lynch
L Creevey
J Fay
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOGENE
2013
Regulatory microRNA network identification in bovine blastocyst development
Karen Goossens
Pieter Mestdagh
Steve Lefever
Mario Van Poucke
Alex Van Zeveren
Ann Van Soom
Jo Vandesompele
Luc Peelman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
STEM CELLS AND DEVELOPMENT
2013
miR-137 functions as a tumor suppressor in neuroblastoma by downregulating KDM1A
Kristina Althoff
Anneleen Beckers
Andrea Odersky
Pieter Mestdagh
Johannes Köster
Isabella Bray
Kenneth Bryan
Jo Vandesompele
Franki Speleman
Raymond Stallings
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER
2013
miRNAs distinguish children with myelodysplastic syndrome from healthy donors
Hetty Helsmoortel
Tim Lammens
Pieter Mestdagh
Nadine Van Roy
Anne Uyttebroeck
Alina Ferster
Yves Benoit
Jo Vandesompele
Franki Speleman
Pieter Van Vlierberghe
et al.
C3
Conferentie
2013
miRNAs distinguish children with myelodysplastic syndrome from healthy donors
Hetty Helsmoortel
Tim Lammens
Pieter Mestdagh
Nadine Van Roy
Anne Uyttebroeck
Alina Ferster
Yves Benoit
Jo Vandesompele
Franki Speleman
Pieter Van Vlierberghe
et al.
C3
Conferentie
2013
2012
Accurate RT-qPCR gene expression analysis on cell culture lysates
Gert Van Peer
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2012
Dickkopf-3 is regulated by the MYCN-induced miR-17-92 cluster in neuroblastoma
Sara De Brouwer
Pieter Mestdagh
Irina Lambertz
Filip Pattyn
Anne De Paepe
Frank Westermann
Christina Schroeder
Johannes H Schulte
Alexander Schramm
Katleen De Preter
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER
2012
Genomic profiling of MYCN and ALKF1174L transgenic neuroblastoma mouse models provides insights into the dynamic process of tumor formation
Katleen De Preter
Anneleen Beckers
Candy Kumps
Pieter Mestdagh
Angelika Eggert
Jo Vandesompele
Franki Speleman
Johannes H Schulte
C3
Conferentie
2012
Improved risk stratification and outcome prediction in children with average risk 1 precursor-B acute lymphoblastic leukemia using a 19-microRNA signature
Farzaneh Ghazavi
Tim Lammens
Stefan Suciu
Genevieve Laureys
Marleen Bakkus
Alina Ferster
Anne Uyttebroeck
Patrick Lutz
Hélène Cavé
Geneviève Plat
et al.
C3
Conferentie
2012
Improved risk-stratification and outcome prediction in children with average risk precursor-B acute lymphoblastic leukemia using a 19-microRNA signature
Farzaneh Ghazavi
Tim Lammens
Stefan Suciu
Genevieve Laureys
Marleen Bakkus
Alina Ferster
Anne Uyttebroeck
Patrick Lutz
Hélène Cavé
Geneviève Plat
et al.
C3
Conferentie
2012
LIN28B induces neuroblastoma and enhances MYCN levels via let-7 suppression
Jan J Molenaar
Raquel Domingo-Fernández
Marli E Ebus
Sven Lindner
Jan Koster
Ksenjia Drabek
Pieter Mestdagh
Peter van Sluis
Linda J Valentijn
Johan van Nes
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE GENETICS
2012
LNCipedia: a novel databse for annotated lncRNA sequences and structures
Pieter-Jan Volders
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2012
Large-scale and targeted genomic screen reveals focal lncRNA copy number alterations in cancer cells
Pieter-Jan Volders
Pieter Mestdagh
Björn Menten
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2012
Lncipedia: a novel database for annotated lncRNA sequences and structures
Pieter-Jan Volders
Kenny Helsens
Xiaowei Wang
Lennart Martens
Kris Gevaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2012
Lysine-specific demethylase 1 restricts hematopoietic progenitor proliferation and is essential for terminal differentiation
A Sprüssel
JH Schulte
S Weber
M Necke
K Händschke
T Thor
KW Pajtler
A Schramm
K König
L Diehl
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
LEUKEMIA
2012
MYCN directly regulates long non-coding RNA expression in neuroblastoma
Pieter Mestdagh
Johannes Schulte
Filip Pattyn
Frank Westermann
Genevieve Laureys
Franki Speleman
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2012
MiR-137 is epigenetically silenced in MYCN amplified neuroblastoma and targets the polycomb repressive complex 2 (PRC2) component EZH2
Anneleen Beckers
Maté Ongenaert
Anneleen Decock
Candy Kumps
Filip Pattyn
Pieter Mestdagh
Johannes H. Schulte
Franki Speleman
Katleen De Preter
C3
Conferentie
2012
MiR-137 is epigenetically silenced in MYCN amplified neuroblastomas and targets the polycomb repressive complex 2 (PRC2) component EZH2
Anneleen Beckers
Maté Ongenaert
Anneleen Decock
Candy Kumps
Filip Pattyn
the Neuroblastoma Research Consortium (NRC)
Pieter Mestdagh
Johannes H Schulte
Franki Speleman
Katleen De Preter
C3
Conferentie
2012
Synthetic lethality between Rb, p53 and Dicer or miR-17-92 in retinal progenitors suppresses retinoblastoma formation
David Nittner
Irina Lambertz
Frederic Clermont
Pieter Mestdagh
Corinna Köhler
Søren Jensby Nielsen
Aart Jochemsen
Franki Speleman
Jo Vandesompele
Michael A Dyer
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE CELL BIOLOGY
2012
Targeted expression of mutated ALK induces neuroblastoma in transgenic mice
Lukas C Heukamp
Theresa Thor
Alexander Schramm
Katleen De Preter
Candy Kumps
Bram De Wilde
Andrea Odersky
Martin Peifer
Sven Lindner
Annika Spruessel
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENCE TRANSLATIONAL MEDICINE
2012
Whole-genome RT-qPCR microRNA expression profiling
Pieter Mestdagh
Stefaan Derveaux
Jo Vandesompele
Hoofdstuk in een boek
in
Functional genomics : methods and protocols
2012
miRNA expression profiling: from reference genes to global mean normalization
Barbara D'haene
Pieter Mestdagh
Jan Hellemans
Jo Vandesompele
Hoofdstuk in een boek
in
Next-generation microRNA expression profiling technology : methods and protocols
2012
microRNAs in colon cancer : a roadmap for discovery
Simona Rossi
Antonio Fabio Di Narzo
Pieter Mestdagh
Bart Jacobs
Fredrik T Bosman
Bengt Gustavsson
Bernard Majoie
Arnaud Roth
Jo Vandesompele
Isidore Rigoutsos
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FEBS LETTERS
2012
2011
A genome-wide search for promoters that respond to increased MYCN reveals both new oncogenic and tumor suppressor microRNAs associated with aggressive neuroblastoma
Jason M Shohet
Rajib Ghosh
Cristian Coarfa
Andrew Ludwig
Ashley L Benham
ZaoWen Chen
Danielle M Patterson
Eveline Barbieri
Pieter Mestdagh
Denae N Sikorski
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CANCER RESEARCH
2011
EVI1-mediated down regulation of MIR449A is essential for the survival of EVI1 positive leukaemic cells
An De Weer
Joni Van der Meulen
Pieter Rondou
Tom Taghon
Torsten A Konrad
Katleen De Preter
Pieter Mestdagh
Tom Van Maerken
Nadine Van Roy
Marta Jeison
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BRITISH JOURNAL OF HAEMATOLOGY
2011
Ewings sarcoma and prostate cancer: different yet similar
Heinrich Kovar
Stephan Niedan
Sven Bilke
Raphaela Schwentner
Jozef Ban
Maximilian Kauer
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Paul Meltzer
C3
Conferentie
2011
Hsa-mir-145 is the top EWS-FLI1-repressed microRNA involved in a positive feedback loop in Ewing's sarcoma
J Ban
G Jug
Pieter Mestdagh
R Schwentner
M Kauer
DNT Aryee
K-L Schaefer
F Nakatani
K Scotlandi
M Reiter
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOGENE
2011
IL-1 beta potently stabilizes IL-6 mRNA in human astrocytes
Anneleen Spooren
Pieter Mestdagh
Pieter Rondou
Krzysztof Kolmus
Guy Haegeman
Sarah Gerlo
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOCHEMICAL PHARMACOLOGY
2011
MicroRNA expression in induced sputum of smokers and patients with chronic obstructive pulmonary disease
Geert Van Pottelberge
Pieter Mestdagh
Ken Bracke
Olivier Thas
YANNICK VAN DURME
Guy Joos
Jo Vandesompele
Guy Brusselle
A1
Artikel in een tijdschrift
in
AMERICAN JOURNAL OF RESPIRATORY AND CRITICAL CARE MEDICINE
2011
MicroRNA miR-885-5p targets CDK2 and MCM5, activates p53 and inhibits proliferation and survival
EA Afanasyeva
Pieter Mestdagh
Candy Kumps
Jo Vandesompele
V Ehemann
J Theissen
Mark Zapatka
Benedikt Brors
L Savelyeva
V Sagulenko
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CELL DEATH AND DIFFERENTIATION
2011
Molecular portraits of non-coding RNAs in neuroblastoma
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Franki Speleman
Proefschrift
2011
Regulatory networks governed by microRNAs in T-ALL oncogenesis and normal T-cell development
Joni Van der Meulen
Evelien Mets
Pieter Mestdagh
Peter Pipelers
Tom Taghon
David Camacho Trujillo
David Avran
Gert Van Peer
Nadine Van Roy
Olivier Thas
et al.
C3
Conferentie
2011
The miR-17-92 microRNA cluster regulates multiple components of the TGF-β pathway in neuroblastoma
Pieter Mestdagh
Ana-Karin Bostrom
Francis Impens
Erik Fredlund
Gert Van Peer
Paquito De Antonelis
Kristoffer Von Stedingk
Bart Ghesquière
Stefanie Schulte
Michael Dews
et al.
C3
Conferentie
2011
The microRNA body map : dissecting microRNA function through integrative genomics
Pieter Mestdagh
Steve Lefever
Filip Pattyn
Dana Ridzon
Erik Fredlund
Annelies Fieuw
Maté Ongenaert
Joëlle Vermeulen
Anne De Paepe
Linda Wong
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2011
miRNA Expression profiling enables risk stratification in archived and fresh neuroblastoma tumor samples
Katleen De Preter
Pieter Mestdagh
Joëlle Vermeulen
Fjoralba Zeka
Alene Naranjo
Isabella Bray
Victoria Castel
Caifu Chen
Elzbieta Drozynska
Angelika Eggert
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CLINICAL CANCER RESEARCH
2011
2010
Accurate prediction of neuroblastoma outcome based on miRNA expression profiles
Johannes Schulte
Benjamin Schowe
Pieter Mestdagh
Lars Kaderali
Prabhav Kalaghatgi
Stefanie Schlierf
Joëlle Vermeulen
Bent Brockmeyer
Kristian Pajtler
Theresa Thor
et al.
C3
Conferentie
2010
Accurate prediction of neuroblastoma outcome based on miRNA expression profiles
Johannes H Schulte
Benjamin Schowe
Pieter Mestdagh
Lars Kaderali
Prabhav Kalaghatgi
Stefanie Schlierf
Joëlle Vermeulen
Bent Brockmeyer
Kristian Pajtler
Theresa Thor
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER
2010
An integrated genomics approach unravels a role for micro-RNAs in EWS-FLI1 driven Ewings sarcoma pathogenesis
Heinrich Kovar
Pieter Mestdagh
Max Kauer
Jozef Ban
Sven Bilke
Raphaela Schwentner
Franki Speleman
Paul Meltzer
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2010
An integrative genomics screen uncovers ncRNA T-UCR functions in neuroblastoma tumours
Pieter Mestdagh
Erik Fredlund
Filip Pattyn
Ali Rihani
Tom Van Maerken
Joëlle Vermeulen
Candy Kumps
Björn Menten
Katleen De Preter
Alexander Schramm
et al.
C3
Conferentie
2010
An integrative genomics screen uncovers ncRNA T-UCR functions in neuroblastoma tumours
Pieter Mestdagh
E Fredlund
Filip Pattyn
Ali Rihani
Tom Van Maerken
Joëlle Vermeulen
Candy Kumps
Björn Menten
Katleen De Preter
A Schramm
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOGENE
2010
Chromosomal and microRNA expression patterns reveal biologically distinct subgroups of 11q- neuroblastoma
Patrick G Buckley
Leah Alcock
Kenneth Bryan
Isabella Bray
Johannes H Schulte
Alexander Schramm
Angelika Eggert
Pieter Mestdagh
Katleen De Preter
Jo Vandesompele
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CLINICAL CANCER RESEARCH
2010
Deep sequencing reveals differential expression of microRNAs in favorable versus unfavorable neuroblastoma
Johannes H Schulte
Tobias Marschall
Marcel Martin
Philipp Rosenstiel
Pieter Mestdagh
Stefanie Schlierf
Theresa Thor
Jo Vandesompele
Angelika Eggert
Stefan Schreiber
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2010
Deep sequencing reveals differential expression of microRNAs in favourable versus unfavourable neuroblastoma
Johannes Schulte
Tobias Marshall
Marcel Martin
Philipp Rosenstiel
Pieter Mestdagh
Stefanie Schlierf
Theresa Thor
Jo Vandesompele
Angelika Eggert
Stefan Schreiber
et al.
C3
Conferentie
2010
MYCN/c-MYC-induced microRNAs repress coding gene networks associated with poor outcome in MYCN/c-MYC-activated tumors
Pieter Mestdagh
E Fredlund
Filip Pattyn
JH Schulte
D Muth
Joëlle Vermeulen
Candy Kumps
S Schlierf
Katleen De Preter
Nadine Van Roy
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOGENE
2010
MicroRNA expression profiling to identify and validate reference genes for relative quantification in colorectal cancer
KH Chang
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
MJ Kerin
N Miller
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC CANCER
2010
Microrna expression in pediatric precursor-B acute lymphoblastic leukemia: biology, classification and prognosis
Tim Lammens
Barbara De Moerloose
Jonas Van Baelen
Joni Van der Meulen
Pieter Mestdagh
Bruno Verhasselt
Jan Philippé
Franki Speleman
Yves Benoit
C3
Conferentie
2010
Monoallelic but not biallelic loss of Dicer1 promotes tumorigenesis in vivo
Irina Lambertz
David Nittner
Pieter Mestdagh
Geertrui Denecker
Jo Vandesompele
MA Dyer
Jean-Christophe Marine
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CELL DEATH AND DIFFERENTIATION
2010
Predicting outcomes for children with neuroblastoma
Joëlle Vermeulen
Katleen De Preter
Pieter Mestdagh
Genevieve Laureys
Franki Speleman
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
DISCOVERY MEDICINE
2010
The miR-17-92 MicroRNA Cluster regulates multiple components of the TGF-beta Pathway in neuroblastoma
Pieter Mestdagh
Anna-Karin Bostrom
Francis Impens
Erik Fredlund
Gert Van Peer
Pasqualino De Antonellis
Kristoffer von Stedingk
Bart Ghesquière
Stefanie Schulte
Michael Dews
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR CELL
2010
The miRNA body map: dissecting miRNA function through integrative genomics
Pieter Mestdagh
Steve Lefever
Filip Pattyn
Dana Ridzon
Erik Fredlund
Annelies Fieuw
Joëlle Vermeulen
Anne De Paepe
Linda Wong
Franki Speleman
et al.
C3
Conferentie
2010
The neuroblastoma miRNA map, prioritization and functional evaluation of candidate miRNAs
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2010
miR-9, a MYC/MYCN-activated microRNA, regulates E-cadherin and cancer metastasis
L Ma
J Young
H Prabhala
E Pan
Pieter Mestdagh
D Muth
J Teruya-Feldstein
F Reinhardt
TT Onder
S Valastyan
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE CELL BIOLOGY
2010
mir-17-92 is a master regulator of TGFβ-pathway activity in neuroblastoma
Pieter Mestdagh
Anna-Karin Böstrom
Francis Impens
Erik Fredlund
Kris Von Stedingk
Bart Ghesquière
Stefanie Schlierf
Johannes Schulte
Alexander Schramm
Kris Gevaert
et al.
C3
Conferentie
2010
2009
A novel and universal method for microRNA RT-qPCR data normalization
Pieter Mestdagh
Pieter Van Vlierberghe
An De Weer
Daniel Muth
Frank Westermann
Franki Speleman
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENOME BIOLOGY
2009
ALK Mutation Analysis in Patients of the German Neuroblastoma Study
B Brockmeyer
JH Schulte
A Oberthuer
Pieter Mestdagh
K Pajtler
J Theissen
H Bachmann
B Hero
Jo Vandesompele
F Berthold
et al.
C3
Conferentie
2009
Comparison of miRNA profiles of microdissected Hodgkin/Reed-Sternberg cells and Hodgkin cell lines versus CD77+ B-cells reveals a distinct subset of differentially expressed miRNAs
Pieter Van Vlierberghe
An De Weer
Pieter Mestdagh
Tom Feys
Katleen De Preter
Anne De Paepe
Kathleen Lambein
Jo Vandesompele
Nadine Van Roy
Bruno Verhasselt
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BRITISH JOURNAL OF HAEMATOLOGY
2009
Downregulation of miR-449a is essential for the survival of EVI1 positive leukemic cells through modulation of NOTCH1 and BCL2
An De Weer
Pieter Mestdagh
Katleen De Preter
Joni Van der Meulen
Pieter Van Vlierberghe
Tom Van Maerken
Nadine Van Roy
Marta Jeison
Isaac Yaniv
Barbara Cauwelier
et al.
C3
Conferentie
2009
EFFECT OF ZAP-70 ON MIRNA EXPRESSION PROFILE IN CHRONIC LYMPHOCYTIC LEUKEMIA
Valerie Pede
Jan Philippé
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Bruno Verhasselt
C3
Conferentie
2009
External oligonucleotide standards enable cross laboratory comparison and exchange of real-time quantitative PCR data
Joëlle Vermeulen
Filip Pattyn
Katleen De Preter
Liesbeth Vercruysse
Stefaan Derveaux
Pieter Mestdagh
Steve Lefever
Jan Hellemans
Franki Speleman
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2009
Gebruik van genexpresieanalyse in de aanpak van neuroblastoom bij kinderen
Joëlle Vermeulen
Katleen De Preter
Pieter Mestdagh
Filip Pattyn
Anne De Paepe
Nadine Van Roy
Genevieve Laureys
Franki Speleman
Jo Vandesompele
A4
Artikel in een tijdschrift
in
ONCO (NEDERLANDSE ED.)
2009
MICRORNA SIGNATURES IN GENETIC SUBTYPES OF T-CELL ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA
Joni Van der Meulen
Pieter Van Vlierberghe
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Bruce Poppe
Nadine Van Roy
Tom Taghon
Jean Plum
B. Cauwelier
DLD Selleslag
et al.
C3
Conferentie
2009
MODULATION OF MIR-449A EXPRESSION DECREASES CELL VIABILITY, INCREASES APOPTOSIS AND INDUCES DIFFERENTIATION IN EVI1 DEREGULATED LEUKEMIA CELLS
An De Weer
Bruce Poppe
Pieter Mestdagh
Katleen De Preter
Pieter Van Vlierberghe
Nadine Van Roy
M Jeison
B Cauwelier
Bruno Verhasselt
Jan Philippé
et al.
C3
Conferentie
2009
Prognostic role and functional analyses of miRNA expression in neuroblastoma
S Schlierf
Pieter Mestdagh
T Thor
Katleen De Preter
M Baumann
A Eggert
Jo Vandesompele
A Schramm
JH Schulte
C3
Conferentie
2009
Stem-loop RT-qPCR miRNA profling: about single cells, normalization and biomarkers
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2009
The emerging molecular pathogenesis of neuroblastoma : implications for improved risk assessment and targeted therapy
Nadine Van Roy
Katleen De Preter
Jasmien Hoebeeck
Tom Van Maerken
Filip Pattyn
Pieter Mestdagh
Joëlle Vermeulen
Jo Vandesompele
Franki Speleman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENOME MEDICINE
2009
The miR-17-92 gene cluster is amplified and overexpressed in retinoblastoma
E Biewald
Pieter Mestdagh
H Stephan
Katleen De Preter
T Thor
M Baumann
D Lohmann
A Eggert
Franki Speleman
A Schramm
et al.
C3
Conferentie
2009
The miR-17-92 gene cluster is amplified and overexpressed in retinoblastoma
J Schulte
E Biewald
Pieter Mestdagh
H Stephan
Katleen De Preter
D Lohmann
Franki Speleman
A Schramm
Jo Vandesompele
A Eggert
C3
Conferentie
2009
Using real-time qPCR to evaluate RNAi-mediated gene silencing
Tom Van Maerken
Pieter Mestdagh
S De Clercq
Filip Pattyn
Nurten Yigit
Anne De Paepe
J C Marine
Franki Speleman
Jo Vandesompele
A2
Artikel in een tijdschrift
in
BioTechniques Protocol Guide
2009
Widespread dysregulation of MiRNAs by MYCN amplification and chromosomal imbalances in neuroblastoma: association of miRNA expression with survival
I. Bray
K. Bryan
S. Prenter
P. G. Buckley
N. H. Foley
D. M. Murphy
L. Alcock
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Franki Speleman
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLoS One
2009
2008
Expression profiling of a new class of non-coding RNAs in human neuroblastoma
Pieter Mestdagh
Filip Pattyn
Katleen De Preter
Joëlle Vermeulen
Anne De Paepe
Franki Speleman
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2008
High throughput stem-loop RT-PCR miRNA expression profiling using minute amounts of input RNA reveals new insights in neuroblastoma pathogenesis
Pieter Mestdagh
Joëlle Vermeulen
Katleen De Preter
Filip Pattyn
Genevieve Laureys
Rosa Noguera
Marta Piqueras
Franki Speleman
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2008
High-throughput stem-loop RT-PCR miRNA expression profiling using minute amounts of input RNA
Pieter Mestdagh
Tom Feys
Nathalie Bernard
Simone Guenther
Caifu Chen
Vladimir Benes
Franki Speleman
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2008
High-throughput stem-loop RT-qPCR miRNA expression profiling using minute amounts of input RNA
Pieter Mestdagh
Tom Feys
Nathalie Bernard
Simone Guenther
Caifu Chen
Franki Speleman
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2008
MICRORNA PROFILING OF EVI1 DEREGULATED MYELOID LEUKEMIA
An De Weer
Bruce Poppe
Pieter Mestdagh
Pieter Van Vlierberghe
Nadine Van Roy
Anne De Paepe
Bruno Verhasselt
Jo Vandesompele
Franki Speleman
C3
Conferentie
2008
MYCN regulates oncogenic and tumour suppressor miRNA networks in neuroblastoma
Pieter Mestdagh
Joëlle Vermeulen
Filip Pattyn
Liesbeth Vercruysse
Anne De Paepe
Genevieve Laureys
Franki Speleman
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2008
Real-time qPCR as a tool for evaluating RNAi-mediated gene silencing
Tom Van Maerken
Pieter Mestdagh
Sarah De Clercq
Filip Pattyn
Nurten Yigit
Anne De Paepe
Jean-Christophe Marine
Franki Speleman
Jo Vandesompele
A2
Artikel in een tijdschrift
in
Bioradiations
2008
Unmasking of epigenetically silenced microRNAs in neuroblastoma
Jasmien Hoebeeck
Geert Declerck
Pieter Mestdagh
Filip Pattyn
Katleen De Preter
Joëlle Vermeulen
Nurten Yigit
Anne De Paepe
Franki Speleman
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2008
2007
MicroRNA profiling of EVI1 deregulated myeloid leukemia
An De Weer
Bruce Poppe
Pieter Mestdagh
Nadine Van Roy
Anne De Paepe
Bruno Verhasselt
Jo Vandesompele
Franki Speleman
C3
Conferentie
2007