Instellingen beheren
MENU
Over deze site
In English
Home
Onderzoekers
Projecten
Organisaties
Publicaties
Contact
Research Explorer
Uw browser ondersteunt geen JavaScript of JavaScript is niet ingeschakeld. Zonder JavaScript kan sommige functionaliteit van deze webapplicatie uitgeschakeld zijn of foutmeldingen veroorzaken. Raadpleeg om JavaScript in te schakelen de handleiding van uw browser of contacteer uw systeembeheerder.
Onderzoeker
Pieter-Jan Volders
Profiel
Projecten
Publicaties
Activiteiten
Prijzen & Erkenningen
71
Resultaten
2023
Chasing circles : developing a toolbox for circRNA detection and validation
Marieke Vromman
Jo Vandesompele
Pieter-Jan Volders
Proefschrift
2023
2022
CIRCprimerXL : convenient and high-throughput PCR primer design for circular RNA quantification
Marieke Vromman
Jasper Anckaert
Jo Vandesompele
Pieter-Jan Volders
A2
Artikel in een tijdschrift
in
FRONTIERS IN BIOINFORMATICS
2022
Large-scale benchmarking of circular RNA detection tools
Marieke Vromman
Jo Vandesompele
Pieter-Jan Volders
C3
Conferentie
2022
Orthogonal proteomics methods to unravel the HOTAIR interactome
Louis Delhaye
Edith De Bruycker
Pieter-Jan Volders
Daria Fijalkowska
Delphine De Sutter
Sven Degroeve
Lennart Martens
Pieter Mestdagh
Sven Eyckerman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2022
Orthogonal proteomics methods to unravel the HOTAIR interactome
Louis Delhaye
Edith De Bruycker
Pieter-Jan Volders
Daria Fijalkowska
Delphine De Sutter
Sven Degroeve
Lennart Martens
Pieter Mestdagh
Sven Eyckerman
C3
Conferentie
2022
Sensitive and specific spectral library searching with CompOmics Spectral library Searching tool and Percolator
Genet Abay Shiferaw
Ralf Gabriels
Robbin Bouwmeester
Tim Van Den Bossche
Elien Vandermarliere
Lennart Martens
Pieter-Jan Volders
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2022
The adrenergic-specific long non-coding RNA NESPR controls survival of neuroblastoma cells
Louis Delhaye
Eric de Bony de Lavergne
Dries Rombaut
Lim Fang Qi
Bieke Decaesteker
Lisa Depestel
Amber Louwagie
Eva D'haene
Pieter-Jan Volders
Nurten Yigit
et al.
C3
Conferentie
2022
2021
Closing the circle : current state and perspectives of circular RNA databases
Marieke Vromman
Jo Vandesompele
Pieter-Jan Volders
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS
2021
Large-scale benchmarking of circular RNA detection tools
Marieke Vromman
Jo Vandesompele
Pieter-Jan Volders
C3
Conferentie
2021
MEIS2 is an adrenergic core regulatory transcription factor involved in early initiation of TH-MYCN-driven neuroblastoma formation
Jolien De Wyn
Mark W. Zimmerman
Nina Weichert-Leahey
Carolina de Carvalho Nunes
Belamy B. Cheung
Brian J. Abraham
Anneleen Beckers
Pieter-Jan Volders
Bieke Decaesteker
Daniel R. Carter
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CANCERS
2021
Personalized proteome : comparing proteogenomics and open variant search approaches for single amino acid variant detection
Renee Salz
Robbin Bouwmeester
Ralf Gabriels
Sven Degroeve
Lennart Martens
Pieter-Jan Volders
Peter A.C. ’t Hoen
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2021
RNAcentral 2021 : secondary structure integration, improved sequence search and new member databases
Blake A. Sweeney
I Petrov, Anton
Carlos E. Ribas
Robert D. Finn
Alex Bateman
Maciej Szymanski
Wojciech M. Karlowski
Stefan E. Seemann
Jan Gorodkin
Jamie J. Cannone
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2021
The RNA Atlas expands the catalog of human non-coding RNAs
Lucia Lorenzi
Hua-Sheng Chiu
Francisco Avila Cobos
Stephen Gross
Pieter-Jan Volders
Robrecht Cannoodt
Justine Nuytens
Katrien Vanderheyden
Jasper Anckaert
Steve Lefever
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE BIOTECHNOLOGY
2021
The RNA Atlas expands the catalog of human non-coding RNAs (June, 10.1038/s41587-021-00936-1, 2021)
Lucia Lorenzi
Hua-Sheng Chiu
Francisco Avila Cobos
Stephen Gross
Pieter-Jan Volders
Robrecht Cannoodt
Justine Nuytens
Katrien Vanderheyden
Jasper Anckaert
Steve Lefever
et al.
Correctie
2021
The RNA landscape of the human placenta in health and disease
Sungsam Gong
Francesca Gaccioli
Justyna Dopierala
Ulla Sovio
Emma Cook
Pieter-Jan Volders
Lennart Martens
Paul D. W. Kirk
Sylvia Richardson
Gordon C. S. Smith
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2021
Validation of circular RNAs using RT‐qPCR after effective removal of linear RNAs by ribonuclease R
Marieke Vromman
Nurten Yigit
Kimberly Verniers
Steve Lefever
Jo Vandesompele
Pieter-Jan Volders
A2
Artikel in een tijdschrift
in
CURRENT PROTOCOLS
2021
2020
A novel TLX1-driven T-ALL zebrafish model : comparative genomic analysis with other leukemia models
Siebe Loontiens
Suzanne Vanhauwaert
Lisa Depestel
Givani Dewyn
Wouter Van Loocke
Finola E. Moore
Elaine G. Garcia
Lance Batchelor
Chiara Borga
Barbara Squiban
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
LEUKEMIA
2020
COSS : a fast and user-friendly tool for spectral library searching
Genet Abay Shiferaw
Elien Vandermarliere
Niels Hulstaert
Ralf Gabriels
Lennart Martens
Pieter-Jan Volders
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2020
Distinct Notch1 and BCL11B requirements mediate human γδ/αβ T cell development
Anne-Catherine Dolens
Kaat Durinck
Marieke Lavaert
Joni Van der Meulen
Imke Velghe
Jelle De Medts
Karin Weening
Juliette Roels
Katrien De Mulder
Pieter-Jan Volders
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
EMBO REPORTS
2020
SPECS: a non-parametric method to identify tissue-specific molecular features for unbalanced sample groups
Celine Everaert
Pieter-Jan Volders
Annelien Morlion
Olivier Thas
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC Bioinformatics
2020
2019
High-throughput functional analysis of lncRNA core promoters elucidates rules governing tissue-specificity
Kaia Mattioli
Pieter-Jan Volders
Chiara Gerhardinger
James C Lee
Philipp G Maass
Marta Melé
John L Rinn
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENOME RESEARCH
2019
LNCipedia 5 : towards a reference set of human long non-coding RNAs
Pieter-Jan Volders
Jasper Anckaert
Kenneth Verheggen
Justine Nuytens
Lennart Martens
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2019
Long noncoding RNA expression profiling in cancer : challenges and opportunities
Lucia Lorenzi
Francisco Avila Cobos
Anneleen Decock
Celine Everaert
Hetty Helsmoortel
Steve Lefever
Karen Verboom
Pieter-Jan Volders
Franki Speleman
Jo Vandesompele
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENES CHROMOSOMES & CANCER
2019
RNAcentral : a hub of information for non-coding RNA sequences
Blake A Sweeney
Anton I Petrov
Boris Burkov
Robert D Finn
Alex Bateman
Maciej Szymanski
Wojciech M Karlowski
Jan Gorodkin
Stefan E Seemann
Jamie J Cannone
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2019
The RNA Atlas, a single nucleotide resolution map of the human transcriptome
Lucia Lorenzi
Hua-Sheng Chiu
Francisco Avila Cobos
Stephen Gross
Pieter-Jan Volders
Robrecht Cannoodt
Justine Nuytens
Katrien Vanderheyden
Jasper Anckaert
Steve Lefever
et al.
Preprint
2019
2018
A comprehensive inventory of TLX1 controlled long non-coding RNAs in T-cell acute lymphoblastic leukemia through polyA+ and total RNA sequencing
Karen Verboom
Wouter Van Loocke
Pieter-Jan Volders
Bieke Decaesteker
Francisco Avila Cobos
Simon Bornschein
Charles E de Bock
Zeynep Kalender Atak
Emmanuelle Clappier
Stein Aerts
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
HAEMATOLOGICA
2018
CRISPR/Cas9-mediated genome editing in naïve human embryonic stem cells
Eva Jacobs
Sharat Warrier
Pieter-Jan Volders
Eva D'haene
Eva Vanlombergen
Lies Vantomme
Margot Van der Jeught
Björn Heindryckx
Björn Menten
Sarah Vergult
C3
Conferentie
2018
CRISPR/Cas9-mediated genome editing in naïve human embryonic stem cells
Eva Jacobs
Sharat Warrier
Pieter-Jan Volders
Eva D'haene
Eva Vanlombergen
Lies Vantomme
Margot Van der Jeught
Björn Heindryckx
Björn Menten
Sarah Vergult
C3
Conferentie
2018
Expanding the use of spectral libraries in proteomics
Eric W Deutsch
Yasset Perez-Riverol
Robert J Chalkley
Mathias Wilhelm
Stephen Tate
Timo Sachsenberg
Mathias Walzer
Lukas Käll
Bernard Delanghe
Sebastian Böcker
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2018
Targeted genomic screen reveals focal long non-coding RNA copy number alterations in cancer cell lines
Pieter-Jan Volders
Steve Lefever
Shalina Baute
Justine Nuytens
Katrien Vanderheyden
Björn Menten
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
A2
Artikel in een tijdschrift
in
NON-CODING RNA
2018
Zipper plot : visualizing transcriptional activity of genomic regions
Francisco Avila Cobos
Jasper Anckaert
Pieter-Jan Volders
Celine Everaert
Dries Rombaut
Jo Vandesompele
Katleen De Preter
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2018
2017
CRISPR/Cas9-mediated genome editing in naïve human embryonic stem cells
Eva Jacobs
Sharat Warrier
Pieter-Jan Volders
Eva D'haene
Eva Van Lombergen
Lies Vantomme
Margot Van der Jeught
Björn Heindryckx
Björn Menten
Sarah Vergult
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2017
Long non-coding RNAs in cutaneous melanoma : clinical perspectives
Eva Hulstaert
Lieve Brochez
Pieter-Jan Volders
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOTARGET
2017
Noncoding after all : biases in proteomics data do not explain observed absence of lncRNA translation products
Kenneth Verheggen
Pieter-Jan Volders
Pieter Mestdagh
Gerben Menschaert
Petra Van Damme
Kris Gevaert
Lennart Martens
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2017
RNAcentral : a comprehensive database of non-coding RNA sequences
Anton I Petrov
Simon JE Kay
Ioanna Kalvari
Kevin L Howe
Kristian A Gray
Elspeth A Bruford
Paul J Kersey
Guy Cochrane
Robert D Finn
Alex Bateman
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2017
Zipper plot : visualizing transcriptional activity of genomic regions
Francisco Avila Cobos
Jasper Anckaert
Pieter-Jan Volders
Celine Everaert
Dries Rombaut
Jo Vandesompele
Katleen De Preter
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC BIOINFORMATICS
2017
decodeRNA-predicting non-coding RNA functions using guilt-by-association
Steve Lefever
Jasper Anckaert
Pieter-Jan Volders
Manuel Luypaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION
2017
miSTAR : miRNA target prediction through modeling quantitative and qualitative miRNA binding site information in a stacked model structure
Gert Van Peer
Ayla De Paepe
Michiel Stock
Jasper Anckaert
Pieter-Jan Volders
Jo Vandesompele
Bernard De Baets
Willem Waegeman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2017
2016
Expanding the TLX1 regulome in T-cell acute lymphoblastic leukemia towards long noncoding RNAs
Kaat Durinck
Wouter Van Loocke
Inge Van de Walle
Joni Van der Meulen
Pieter-Jan Volders
Nadine Van Roy
Yves Benoit
Bruce Poppe
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
et al.
C3
Conferentie
2016
Identification of lncRNAs involved in neuronal differentiation and intellectual disability
Eva D'haene
Eva Jacobs
Pieter-Jan Volders
Björn Menten
Sarah Vergult
C3
Conferentie
2016
Identification of long non-coding RNAs in neuronal development and intellectual disability
Eva D'haene
Eva Jacobs
Pieter-Jan Volders
Björn Menten
Sarah Vergult
C3
Conferentie
2016
Identification of long non-coding RNAs involved in neuronal development and intellectual disability
Eva D'haene
Eva Jacobs
Pieter-Jan Volders
Tim De Meyer
Björn Menten
Sarah Vergult
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2016
Identification of long non-coding RNAs involved in neuronal development and intellectual disability
Eva D'haene
Eva Jacobs
Pieter-Jan Volders
Tim De Meyer
Björn Menten
Sarah Vergult
C3
Conferentie
2016
Long non-coding RNA expression profiling in the NCI60 cancer cell line panel using high-throughput RT-qPCR
Pieter Mestdagh
Steve Lefever
Pieter-Jan Volders
Stefaan Derveaux
Jan Hellemans
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC DATA
2016
Long noncoding RNA signatures define oncogenic subtypes in T-cell acute lymphoblastic leukemia
Annelynn Wallaert
Kaat Durinck
Wouter Van Loocke
Inge Van de Walle
Filip Matthijssens
Pieter-Jan Volders
Francisco Avila Cobos
Dries Rombaut
Pieter Rondou
Pieter Mestdagh
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
LEUKEMIA
2016
The T-ALL oncogene TLX1 controls enhancer lncRNA expression
Karen Verboom
Kaat Durinck
Wouter Van Loocke
Filip Matthijssens
Inge Van de Walle
Annelynn Wallaert
Pieter-Jan Volders
Nadine Van Roy
Yves Benoit
Bruce Poppe
et al.
C3
Conferentie
2016
The genomic region encompassing the overlapping SOX11 and Lnc-SOX11-1:1 loci exhibits a complex DNA copy number and mRNA expression pattern
Bieke Decaesteker
Sara De Brouwer
Robrecht Cannoodt
Dries Rombaut
Wouter Van Loocke
Annelies Fieuw
Fanny De Vloed
Pieter-Jan Volders
Björn Menten
Rogier Versteeg
et al.
C3
Conferentie
2016
2015
An update on LNCipedia : a database for annotated human lncRNA sequences
Pieter-Jan Volders
Kenneth Verheggen
Gerben Menschaert
Klaas Vandepoele
Lennart Martens
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2015
Exploring lncRNAs in cancer : tools for discovery and characterization of cancer associated lncRNAs
Pieter-Jan Volders
Jo Vandesompele
Kris Gevaert
Proefschrift
2015
Genome wide expression profiling of p53 regulated miRNAs in neuroblastoma
Ali Rihani
Alan Van Goethem
Maté Ongenaert
Sara De Brouwer
Pieter-Jan Volders
Saurabh Agarwal
Katleen De Preter
Pieter Mestdagh
Jason Shohet
Franki Speleman
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2015
lncRNAs as upstream regulators and downstream effectors of TP53 in neuroblastoma
Dries Rombaut
Steve Lefever
Pieter-Jan Volders
Jan Koster
Sven Lindner
Johannes Schulte
Alan Van Goethem
Rogier Versteeg
Peter van Sluis
Jo Vandesompele
et al.
C3
Conferentie
2015
2014
Integrative analysis of the NOTCH1 regulatory network identifies key downstream lncRNAs in acute T-cell lymphoblastic leukemia and normal T-cell development
Annelynn Wallaert
Kaat Durinck
Pieter Rondou
Inge Van de Walle
Wouter Van Loocke
Pieter-Jan Volders
Maté Ongenaert
Nadine Van Roy
Bruce Poppe
Yves Benoit
et al.
C3
Conferentie
2014
LncRNA profiling in T-cell acute lymphoblastic leukemia predicts a functional connection between lncRNAs and the major T-ALL genetic subgroups
Annelynn Wallaert
Kaat Durinck
Wouter Van Loocke
Pieter-Jan Volders
Yves Benoit
Bruce Poppe
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Jean Soulier
Jan Cools
et al.
C3
Conferentie
2014
Selecting potent antisense oligonucleotides for lncRNA knockdown using generalized additive models
Pieter-Jan Volders
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2014
Selecting potent antisense oligonucleotides for lncRNA silencing in vitro using thermodynamic properties and target RNA structure
Pieter-Jan Volders
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2014
The NOTCH1 driven long non-coding RNA repertoire in T-cell acute lymphoblastic leukemia
Annelynn Wallaert
Kaat Durinck
Pieter Rondou
Inge Van de Walle
Wouter Vanloocke
Pieter-Jan Volders
Suzanne Vanhauwaert
Ellen Geerdens
Maté Ongenaert
Nadine Van Roy
et al.
C3
Conferentie
2014
The Notch driven long non-coding RNA repertoire in T-cell acute lymphoblastic leukemia
Kaat Durinck
Annelynn Wallaert
Inge Van de Walle
Wouter Van Loocke
Pieter-Jan Volders
Suzanne Vanhauwaert
Ellen Geerdens
Yves Benoit
Nadine Van Roy
Bruce Poppe
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
HAEMATOLOGICA
2014
The first lncRNA landscape of major genetic T-ALL subsets and guilt-by-association analysis for ETP-ALL specific lncRNAs
Annelynn Wallaert
Kaat Durinck
Wouter Van Loocke
Pieter-Jan Volders
Inge Van de Walle
Yves Benoit
Bruce Poppe
Jo Vandesompele
Tom Taghon
Jean Soulier
et al.
C3
Conferentie
2014
Unique lncRNA signatures mark the major T-ALL genetic subgroups
Annelynn Wallaert
Kaat Durinck
Wouter Van Loocke
Pieter-Jan Volders
Yves Benoit
Bruce Poppe
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Jean Soulier
Jan Cools
et al.
C3
Conferentie
2014
ViVar: a comprehensive platform for the analysis and visualization of structural genomic variation
Tom Sante
Sarah Vergult
Pieter-Jan Volders
Wigard P Kloosterman
Geert Trooskens
Katleen De Preter
Annelies Dheedene
Franki Speleman
Tim De Meyer
Björn Menten
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2014
miRBase Tracker : keeping track of microRNA annotation changes
Gert Van Peer
Steve Lefever
Jasper Anckaert
Anneleen Beckers
Ali Rihani
Alan Van Goethem
Pieter-Jan Volders
Fjoralba Zeka
Maté Ongenaert
Pieter Mestdagh
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION
2014
2013
Expanding the TLX1 regulate in T-cell acute lymphoblastic leukemia towards long non-coding RNAs
Kaat Durinck
Joni Van der Meulen
Maté Ongenaert
Pieter-Jan Volders
Annelynn Wallaert
Nadine Van Roy
Yves Benoit
Bruce Poppe
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
et al.
C3
Conferentie
2013
Expanding the TLX1-regulome in T cell acute lymphoblastic leukemia towards long non-coding RNAs
Kaat Durinck
Joni Van der Meulen
Maté Ongenaert
Pieter-Jan Volders
Annelynn Wallaert
Nadine Van Roy
Yves Benoit
Bruce Poppe
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
et al.
C3
Conferentie
2013
LNCipedia 2.0: a database for annotated human lncRNA transcript sequences and structures
Pieter-Jan Volders
Kenny Helsens
Xiaowei Wang
Lennart Martens
Kris Gevaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2013
LNCipedia 2.0: a database for annotated human lncRNA transcript sequences and structures
Pieter-Jan Volders
Kenny Helsens
Xiaowei Wang
Lennart Martens
Kris Gevaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2013
LNCipedia : a database for annotated human lncRNA transcript sequences and structures
Pieter-Jan Volders
Kenny Helsens
Xiaowei Wang
Björn Menten
Lennart Martens
Kris Gevaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2013
LNCipedia: a database for annotated human lncRNA transcript sequences and structures
Pieter-Jan Volders
Kenny Helsens
Xiaowei Wang
Lennart Martens
Kris Gevaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2013
2012
LNCipedia: a novel databse for annotated lncRNA sequences and structures
Pieter-Jan Volders
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2012
Large-scale and targeted genomic screen reveals focal lncRNA copy number alterations in cancer cells
Pieter-Jan Volders
Pieter Mestdagh
Björn Menten
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2012
Lncipedia: a novel database for annotated lncRNA sequences and structures
Pieter-Jan Volders
Kenny Helsens
Xiaowei Wang
Lennart Martens
Kris Gevaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2012
2011
PROKAR‐SEQ: an analysis and visualization framework for next‐generation sequencing based quantification of prokaryotic communities
Joachim De Schrijver
Pieter-Jan Volders
Frederiek-Maarten Kerckhof
Dagmar Obbels
Elie Verleyen
Wim Vyverman
Tim De Meyer
Wim Van Criekinge
C3
Conferentie
2011