Instellingen beheren
MENU
Over deze site
In English
Home
Onderzoekers
Projecten
Organisaties
Publicaties
Infrastructuur
Contact
Research Explorer
Uw browser ondersteunt geen JavaScript of JavaScript is niet ingeschakeld. Zonder JavaScript kan sommige functionaliteit van deze webapplicatie uitgeschakeld zijn of foutmeldingen veroorzaken. Raadpleeg om JavaScript in te schakelen de handleiding van uw browser of contacteer uw systeembeheerder.
Onderzoeker
Kathleen Marchal
Profiel
Projecten
Publicaties
Activiteiten
Prijzen & Erkenningen
281
Resultaten
2025
Approximate sequence alignment using search schemes
Luca Renders
Jan Fostier
Kathleen Marchal
Proefschrift
2025
Assessing the authenticity and purity of a commercial Bacillus thuringiensis bioinsecticide through whole genome sequencing and metagenomics approaches
Yari Van Laere
Marie-Alice Fraiture
Andrea Gobbo
Sigrid C. J. De Keersmaecker
Kathleen Marchal
Nancy H. C. Roosens
Kevin Vanneste
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FRONTIERS IN MICROBIOLOGY
2025
ELLIPSIS : robust quantification of splicing in scRNA-seq
Marie Van Hecke
Niko Beerenwinkel
Thibault Lootens
Jan Fostier
Robrecht Raedt
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2025
EPS inhibitor treatment of Salmonella impacts evolution without selecting for resistance to biofilm inhibition
Mathieu Joos
Sybren Van Ginneken
Xabier Villanueva
Marie Dijkmans
Guglielmo A. Coppola
Camilo Andrés Pérez Romero
Thijs Vackier
Erik Van der Eycken
Kathleen Marchal
Bram Lories
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NPJ BIOFILMS AND MICROBIOMES
2025
Prior knowledge injection into deep learning models predicting gene expression from whole slide images
Max Hallemeesch
Marija Pizurica
Paloma Rabaey
Olivier Gevaert
Thomas Demeester
Kathleen Marchal
C1
Conferentie
2025
2024
Benchmarking bacterial taxonomic classification using nanopore metagenomics data of several mock communities
Alexander Van Uffelen
Andres Posadas Yabar
Nancy H. C. Roosens
Kathleen Marchal
Sigrid C. J. De Keersmaecker
Kevin Vanneste
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC DATA
2024
Digital profiling of gene expression from histology images with linearized attention
Marija Pizurica
Yuanning Zheng
Francisco Carrillo-Perez
Humaira Noor
Wei Yao
Christian Wohlfart
Antoaneta Vladimirova
Kathleen Marchal
Olivier Gevaert
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2024
Network-based data analytics for pathway driven target discovery
Pieter-Paul Strybol
Kathleen Marchal
Tim Van den Bulcke
Proefschrift
2024
Strain-level characterization of foodborne pathogens without culture enrichment for outbreak investigation using shotgun metagenomics facilitated with nanopore adaptive sampling
Florence Buytaers
Bavo Verhaegen
Tom Van Nieuwenhuysen
Nancy H. C. Roosens
Kevin Vanneste
Kathleen Marchal
Sigrid C. J. De Keersmaecker
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FRONTIERS IN MICROBIOLOGY
2024
Synthetic multimodal data modelling for data imputation
Francisco Carrillo-Perez
Marija Pizurica
Kathleen Marchal
Olivier Gevaert
Redactioneel materiaal
2024
2023
A computational exploration of MHC-based immune selection signals in large cancer genome sequencing datasets
Arne Claeys
Jimmy Van den Eynden
Kathleen Marchal
Proefschrift
2023
Benchmark of tools for in silico prediction of MHC class I and class II genotypes from NGS data
Arne Claeys
Peter Merseburger
Jasper Staut
Kathleen Marchal
Jimmy Van den Eynden
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC GENOMICS
2023
Cohort analysis to identify metastatic prostate cancer drivers
Louise de Schaetzen van Brienen
Kathleen Marchal
Piet Ost
Proefschrift
2023
Competitive interactions facilitate resistance development against antimicrobials
Luka Svet
Ilse Parijs
Simon Isphording
Bram Lories
Kathleen Marchal
Hans P. Steenackers
A1
Artikel in een tijdschrift
in
APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY
2023
Comprehensive analysis of chromothripsis in 2,658 human cancers using whole-genome sequencing (vol 52, pg 331, 2020)
Isidro Cortes-Ciriano
Ruibin Xi
Dhawal Jain
Youngsook L. Jung
Dmitry Gordenin
David S. Pellman
Kathleen Marchal
Correctie
2023
Development of a portable on-site applicable metagenomic data generation workflow for enhanced pathogen and antimicrobial resistance surveillance
Bram Bloemen
Mathieu Gand
Kevin Vanneste
Kathleen Marchal
Nancy H. C. Roosens
Sigrid C. J. De Keersmaecker
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2023
Development of strain-level shotgun metagenomics approaches to detect and characterize microbiological contaminants in the context of food safety
Florence Buytaers
Kathleen Marchal
Sigrid De Keersmaecker
Proefschrift
2023
Expression divergence of expansin genes drive the heteroblasty in Ceratopteris chingii
Yue Zhang
Yves Van de Peer
Bei Lu
Sisi Zhang
Jingru Che
Jinming Chen
Kathleen Marchal
Xingyu Yang
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC BIOLOGY
2023
Transforming Shiga toxin-producing Escherichia coli surveillance through whole genome sequencing in food safety practices
Stéphanie Nouws
Bavo Verhaegen
Sarah Denayer
Florence Crombé
Denis Piérard
Bert Bogaerts
Kevin Vanneste
Kathleen Marchal
Nancy H. C. Roosens
Sigrid C. J. De Keersmaecker
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FRONTIERS IN MICROBIOLOGY
2023
Using a combination of short- and long-read sequencing to investigate the diversity in plasmid- and chromosomally encoded extended-spectrum beta-lactamases (ESBLs) in clinical Shigella and Salmonella isolates in Belgium
Johannes Berbers
Kevin Vanneste
Nancy H. C. J. Roosens
Kathleen Marchal
Pieter-Jan Ceyssens
Sigrid C. J. De Keersmaecker
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MICROBIAL GENOMICS
2023
WSI based prediction of TP53 mutations identifies aggressive disease phenotype in prostate cancer
Marija Pizurica
Maarten Larmuseau
Kim Van der Eecken
Louise de Schaetzen van Brienen
Francisco Carrillo-Perez
Simon Isphording
Nicolaas Lumen
Jo Van Dorpe
Piet Ost
Sofie Verbeke
et al.
C3
Conferentie
2023
Whole slide imaging-based prediction of TP53 mutations identifies an aggressive disease phenotype in prostate cancer
Marija Pizurica
Maarten Larmuseau
Kim Van der Eecken
Louise de Schaetzen van Brienen
Francisco Carrillo-Perez
Simon Isphording
Nicolaas Lumen
Jo Van Dorpe
Piet Ost
Sofie Verbeke
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CANCER RESEARCH
2023
2022
Antibiotic cycling affects resistance evolution independently of collateral sensitivity
Pauline Brepoels
Kenny Appermans
Camilo Andrés Pérez Romero
Bram Lories
Kathleen Marchal
Hans P. Steenackers
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION
2022
Applications of network-based and integrative approaches in plant systems biology
Razgar Seyed Rahmani
Kathleen Marchal
Giles Miclotte
Proefschrift
2022
BLSSpeller to discover novel regulatory motifs in maize
Razgar Seyed Rahmani
Dries Decap
Jan Fostier
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
DNA RESEARCH
2022
Benchmark of tools for in silico prediction of MHC class I and class II genotypes from NGS data
Arne Claeys
Jasper Staut
Peter Merseburger
Kathleen Marchal
Jimmy Van den Eynden
Preprint
2022
Comparative transcriptome analysis of two maize genotypes with different tolerance to salt stress
Taher Mohasseli
Razgar Seyed Rahmani
Reza Darvishzadeh
Sara Dezhsetan
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CEREAL RESEARCH COMMUNICATIONS
2022
Development, evaluation and optimization of next generation sequencing data analysis tools in support of a fast response for public health and food chain safety
Assia Saltykova
Kathleen Marchal
Dieter Deforce
Sigrid De Keersmaecker
Nancy Roosens
Proefschrift
2022
Evolution of isoform‐level gene expression patterns across tissues during lotus species divergence
Yue Zhang
Xingyu Yang
Yves Van de Peer
Jinming Chen
Kathleen Marchal
Tao Shi
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLANT JOURNAL
2022
Extracting functional insights from loss-of-function screens using deep link prediction
Pieter-Paul Strybol
Maarten Larmuseau
Louise de Schaetzen van Brienen
Tim Van den Bulcke
Kathleen Marchal
A2
Artikel in een tijdschrift
in
CELL REPORTS METHODS
2022
Halvade somatic : somatic variant calling with Apache Spark
Dries Decap
Louise de Schaetzen van Brienen
Maarten Larmuseau
Pascal Costanza
Charlotte Herzeel
Roel Wuyts
Kathleen Marchal
Jan Fostier
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GIGASCIENCE
2022
Leveraging comprehensive cancer systems genetic data to uncover the modus operandi of driver mutations
Maarten Larmuseau
Kathleen Marchal
Tijl De Bie
Proefschrift
2022
Metagenomics to detect and characterize viruses in food samples at genome level? Lessons learnt from a norovirus study
Florence Buytaers
Bavo Verhaegen
Mathieu Gand
Jolien D'aes
Kevin Vanneste
Nancy H. C. Roosens
Kathleen Marchal
Sarah Denayer
Sigrid C. J. De Keersmaecker
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FOODS
2022
OMEN : network-based driver gene identification using mutual exclusivity
Dries Van Daele
Bram Weytjens
Luc De Raedt
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2022
2021
A bioinformatics whole-genome sequencing workflow for clinical Mycobacterium tuberculosis complex isolate analysis, validated using a reference collection extensively characterized with conventional methods and in silico approaches
Bert Bogaerts
Thomas Delcourt
Karine Soetaert
Samira Boarbi
Pieter-Jan Ceyssens
Raf Winand
Julien Van Braekel
Sigrid C. J. De Keersmaecker
Nancy H. C. Roosens
Kathleen Marchal
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF CLINICAL MICROBIOLOGY
2021
A shotgun metagenomics approach to detect and characterize unauthorized genetically modified microorganisms in microbial fermentation products
Florence E. Buytaers
Marie-Alice Fraiture
Bas Berbers
Els Vandermassen
Stefan Hoffman
Nina Papazova
Kevin Vanneste
Kathleen Marchal
Nancy H. C. Roosens
Sigrid C. J. De Keersmaecker
A2
Artikel in een tijdschrift
in
FOOD CHEMISTRY: MOLECULAR SCIENCES
2021
Application of a strain- level shotgun metagenomics approach on food samples : resolution of the source of a Salmonella food-borne outbreak
Florence Buytaers
Assia Saltykova
Wesley Mattheus
Valeska Laisnez
Bavo Verhaegen
Nancy H. C. Roosens
Kevin Vanneste
Naiima Hammami
Brigitte Pochet
Vera Cantaert
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MICROBIAL GENOMICS
2021
DNA-SIP and repeated isolation corroborate Variovorax as a key organism in maintaining the genetic memory for linuron biodegradation in an agricultural soil
Harry Lerner
Basak Ozturk
Anja B. Dohrmann
Joice Thomas
Kathleen Marchal
Rene De Mot
Wim Dehaen
Christoph C. Tebbe
Dirk Springael
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FEMS MICROBIOLOGY ECOLOGY
2021
Development of a data-intensive centralized system for surveillance and outbreak investigation of bacterial pathogens using whole-genome sequencing
Bert Bogaerts
Kathleen Marchal
Kevin Vanneste
Sigrid De Keersmaecker
Proefschrift
2021
Dynamic partitioning of search patterns for approximate pattern matching using search schemes
Luca Renders
Kathleen Marchal
Jan Fostier
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ISCIENCE
2021
Evaluation of WGS performance for bacterial pathogen characterization with the Illumina technology optimized for time-critical situations
Bert Bogaerts
Raf Winand
Julien Van Braekel
Stefan Hoffman
Nancy H. C. Roosens
Sigrid C. J. De Keersmaecker
Kathleen Marchal
Kevin Vanneste
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MICROBIAL GENOMICS
2021
First detection of a plasmid-encoded New-Delhi metallo-beta-lactamase-1 (NDM-1) producing Acinetobacter baumannii using whole genome sequencing, isolated in a clinical setting in Benin
Carine Yehouenou
Bert Bogaerts
Kevin Vanneste
Nancy H. C. Roosens
Sigrid C. J. De Keersmaecker
Kathleen Marchal
Dissou Affolabi
Reza Soleimani
Hector Rodriguez-Villalobos
Francoise Van Bambeke
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ANNALS OF CLINICAL MICROBIOLOGY AND ANTIMICROBIALS
2021
Genome-wide expression and network analyses of mutants in key brassinosteroid signaling genes
Razgar Seyed Rahmani
Tao Shi
Dongzhi Zhang
Xiaoping Gou
Jing Yi
Giles Miclotte
Kathleen Marchal
Jia Li
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC GENOMICS
2021
Low immunogenicity of common cancer hot spot mutations resulting in false immunogenic selection signals
Arne Claeys
Tom Luijts
Kathleen Marchal
Jimmy Van den Eynden
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS Genetics
2021
Multifocality in prostate cancer : implications for PAM50 subtyping using an index lesion-only approach
Kim Van der Eecken
Maarten Larmuseau
Jan Vanwelkenhuyzen
Nicolaas Lumen
Kathleen Marchal
Jo Van Dorpe
Piet Ost
Bram De Laere
Sofie Verbeke
C3
Conferentie
2021
Network-based analysis to identify drivers of metastatic prostate cancer using GoNetic
Louise de Schaetzen van Brienen
Giles Miclotte
Maarten Larmuseau
Jimmy Van den Eynden
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CANCERS
2021
Phylogenomic investigation of increasing fluoroquinolone resistance among Belgian cases of shigellosis between 2013 and 2018 indicates both travel-related imports and domestic circulation
Bert Bogaerts
Raf Winand
Julien Van Braekel
Wesley Mattheus
Sigrid C. J. De Keersmaecker
Nancy H. C. Roosens
Kathleen Marchal
Kevin Vanneste
Pieter-Jan Ceyssens
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MICROORGANISMS
2021
Towards real-time and affordable strain-level metagenomics-based foodborne outbreak investigations using Oxford nanopore sequencing technologies
Florence Buytaers
Assia Saltykova
Sarah Denayer
Bavo Verhaegen
Kevin Vanneste
Nancy H. C. Roosens
Denis Pierard
Kathleen Marchal
Sigrid C. J. De Keersmaecker
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FRONTIERS IN MICROBIOLOGY
2021
Validation strategy of a bioinformatics whole genome sequencing workflow for Shiga toxin-producing Escherichia coli using a reference collection extensively characterized with conventional methods
Bert Bogaerts
Stéphanie Nouws
Bavo Verhaegen
Sarah Denayer
Julien Van Braekel
Raf Winand
Qiang Fu
Florence Crombé
Denis Piérard
Kathleen Marchal
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MICROBIAL GENOMICS
2021
Whole genome sequencing provides an added value to the investigation of staphylococcal food poisoning outbreaks
Stéphanie Nouws
Bert Bogaerts
Bavo Verhaegen
Sarah Denayer
Lasse Laeremans
Kathleen Marchal
Nancy H. C. Roosens
Kevin Vanneste
Sigrid C. J. De Keersmaecker
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FRONTIERS IN MICROBIOLOGY
2021
Whole-genome sequencing-based antimicrobial resistance characterization and phylogenomic investigation of 19 multidrug-resistant and extended-spectrum beta-lactamase-positive escherichia coli strains collected from hospital patients in Benin in 2019
Carine Laurence Yehouenou
Bert Bogaerts
Sigrid C. J. De Keersmaecker
Nancy H. C. Roosens
Kathleen Marchal
Edmond Tchiakpe
Dissou Affolabi
Anne Simon
Francis Moise Dossou
Kevin Vanneste
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FRONTIERS IN MICROBIOLOGY
2021
2020
A genoserotyping system for a fast and objective identification of Salmonella serotypes commonly isolated from poultry and pork food sectors in Belgium
Mathieu Gand
Wesley Mattheus
Nancy Roosens
Katelijne Dierick
Kathleen Marchal
Sophie Bertrand
Sigrid C. J. De Keersmaecker
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FOOD MICROBIOLOGY
2020
A multiplex oligonucleotide ligation-PCR method for the genoserotyping of common Salmonella using a liquid bead suspension assay
Mathieu Gand
Wesley Mattheus
Nancy HC Roosens
Katelijne Dierick
Kathleen Marchal
Sigrid CJ De Keersmaecker
Sophie Bertrand
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FOOD MICROBIOLOGY
2020
A practical method to implement strain-level metagenomics-based foodborne outbreak investigation and source tracking in routine
Florence Buytaers
Assia Saltykova
Sarah Denayer
Bavo Verhaegen
Kevin Vanneste
Nancy H. C. Roosens
Denis Piérard
Kathleen Marchal
Sigrid C. J. De Keersmaecker
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MICROORGANISMS
2020
Analyses of non-coding somatic drivers in 2,658 cancer whole genomes
Esther Rheinbay
Morten Muhlig Nielsen
Federico Abascal
Jeremiah A Wala
Ofer Shapira
Grace Tiao
Henrik Hornshøj
Julian M Hess
Randi Istrup Juul
Ziao Lin
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE
2020
Cancer LncRNA Census reveals evidence for deep functional conservation of long noncoding RNAs in tumorigenesis
David Mas-Ponte
Rory Johnson
Federico Abascal
Samirkumar B. Amin
Gary D. Bader
Jonathan Barenboim
Rameen Beroukhim
Johanna Bertl
Keith A. Boroevich
Soren Brunak
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
COMMUNICATIONS BIOLOGY
2020
Combined burden and functional impact tests for cancer driver discovery using DriverPower
Shimin Shuai
Steven Gallinger
Lincoln Stein
the PCAWG Drivers and Functional Interpretation Working Group
Kathleen Marchal
Sergio Pulido-Tamayo
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2020
Combining short and long read sequencing to characterize antimicrobial resistance genes on plasmids applied to an unauthorized genetically modified Bacillus
Bas Berbers
Assia Saltykova
Cristina Garcia-Graells
Patrick Philipp
Fabrice Arella
Kathleen Marchal
Raf Winand
Kevin Vanneste
Nancy H. C. Roosens
Sigrid C. J. De Keersmaecker
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2020
Comparative analysis of somatic variant calling on matched FF and FFPE WGS samples
Louise de Schaetzen van Brienen
Maarten Larmuseau
Kim Van der Eecken
Frederic De Ryck
Pauline Robbe Vandewalle
Anna Schuh
Jan Fostier
Piet Ost
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC MEDICAL GENOMICS
2020
Culture-independent analysis of linuron-mineralizing microbiota and functions in on-farm biopurification systems via DNA-stable isotope probing : comparison with enrichment culture
Harry Lerner
Başak Öztürk
Anja B. Dohrmann
Joice Thomas
Kathleen Marchal
René De Mot
Wim Dehaen
Christoph C. Tebbe
Dirk Springael
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ENVIRONMENTAL SCIENCE & TECHNOLOGY
2020
Development of a genoserotyping system for the identification of Salmonella serotypes
Mathieu Gand
Kathleen Marchal
Sigrid De Keersmaecker
Sophie Bertrand
Proefschrift
2020
Development of an NGS-based workflow for improved monitoring of circulating plasmids in support of risk assessment of antimicrobial resistance gene dissemination
Bas Berbers
Pieter-Jan Ceyssens
Pierre Bogaerts
Kevin Vanneste
Nancy Roosens
Kathleen Marchal
Sigrid C.J. De Keersmaecker
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ANTIBIOTICS-BASEL
2020
Distinct expression and methylation patterns for genes with different fates following a single whole-genome duplication in flowering plants
Tao Shi
Razgar Seyed Rahmani
Paul F. Gugger
Muhua Wang
Hui Li
Yue Zhang
Zhizhong Li
Qingfeng Wang
Yves Van de Peer
Kathleen Marchal
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION
2020
First detection of a plasmid located carbapenem resistant bla(VIM-1) gene in E. coli isolated from meat products at retail in Belgium in 2015
Cristina Garcia-Graells
Bas Berbers
Bavo Verhaegen
Kevin Vanneste
Kathleen Marchal
Nancy H. C. Roosens
Nadine Botteldoorn
Sigrid C. J. De Keersmaecker
A1
Artikel in een tijdschrift
in
INTERNATIONAL JOURNAL OF FOOD MICROBIOLOGY
2020
Image-based dynamic phenotyping reveals genetic determinants of filamentation-mediated beta-lactam tolerance
Taiyeb Zahir
Dorien Wilmaerts
Sabine Franke
Bram Weytjens
Rafael Camacho
Kathleen Marchal
Johan Hofkens
Maarten Fauvart
Jan Michielsen
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FRONTIERS IN MICROBIOLOGY
2020
Impact of DNA extraction on whole genome sequencing analysis for characterization and relatedness of Shiga toxin-producing Escherichia coli isolates
Stephanie Nouws
Bert Bogaerts
Bavo Verhaegen
Sarah Denayer
Denis Pierard
Kathleen Marchal
Nancy H. C. Roosens
Kevin Vanneste
Sigrid C. J. De Keersmaecker
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2020
Integrative pathway enrichment analysis of multivariate omics data
Marta Paczkowska
Jonathan Barenboim
Nardnisa Sintupisut
Natalie S Fox
Helen Zhu
Diala Abd-Rabbo
Miles W Mee
Paul C Boutros
Jüri Reimand
the PCAWG Drivers and Functional Interpretation Working Group
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2020
Pan-cancer analysis of whole genomes
Peter J. Campbell
Gad Getz
Jan O. Korbel
Joshua M. Stuart
Jennifer L. Jennings
Lincoln D. Stein
Marc D. Perry
Hardeep K. Nahal-Bose
B. F. Francis Ouellette
Constance H. Li
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE
2020
Pathway and network analysis of more than 2500 whole cancer genomes
Matthew A Reyna
David Haan
Marta Paczkowska
Lieven Verbeke
Miguel Vazquez
Abdullah Kahraman
Sergio Pulido-Tamayo
Jonathan Barenboim
Lina Wadi
Priyanka Dhingra
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2020
Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples
Matthew H. Bailey
William U. Meyerson
Lewis Jonathan Dursi
Liang-Bo Wang
Guanlan Dong
Wen-Wei Liang
Amila Weerasinghe
Shantao Li
Yize Li
Sean Kelso
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2020
Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples (vol 11, 4748, 2020)
Matthew H. Bailey
William U. Meyerson
Lewis Jonathan Dursi
Liang-Bo Wang
Guanlan Dong
Wen-Wei Liang
Amila Weerasinghe
Shantao Li
Yize Li
Sean Kelso
et al.
Correctie
2020
Sex differences in oncogenic mutational processes
Constance H. Li
Stephenie D. Prokopec
Ren X. Sun
Fouad Yousif
Nathaniel Schmitz
Paul C. Boutros
Sergio Pulido Tamayo
Kathleen Marchal
Lieven Verbeke
[missing] PCAWG Tumour Subtypes and Clinical Translation
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2020
Strain-level metagenomic data analysis of enriched in vitro and in silico spiked food samples : paving the way towards a culture-free foodborne outbreak investigation using STEC as a case study
Assia Saltykova
Florence Buytaers
Sarah Denayer
Bavo Verhaegen
Denis Piérard
Nancy H. C. Roosens
Kathleen Marchal
Sigrid C. J. De Keersmaecker
A1
Artikel in een tijdschrift
in
INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES
2020
The benefits of whole genome sequencing for foodborne outbreak investigation from the perspective of a national reference laboratory in a smaller country
Stéphanie Nouws
Bert Bogaerts
Bavo Verhaegen
Sarah Denayer
Florence Crombé
Klara De Rauw
Denis Piérard
Kathleen Marchal
Kevin Vanneste
Nancy H. C. Roosens
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FOODS
2020
2019
Associating expression and genomic data using co-occurrence measures
Maarten Larmuseau
Lieven Verbeke
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOLOGY DIRECT
2019
Community assessment to advance computational prediction of cancer drug combinations in a pharmacogenomic screen
Michael P. Menden
Dennis Wang
Mike J. Mason
Bence Szalai
Krishna C. Bulusu
Yuanfang Guan
Thomas Yu
Jaewoo Kang
Minji Jeon
Russ Wolfinger
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2019
Detailed evaluation of data analysis tools for subtyping of bacterial isolates based on whole genome sequencing : Neisseria meningitidis as a proof of concept
Assia Saltykova
Wesley Mattheus
Sophie Bertrand
Nancy HC Roosens
Kathleen Marchal
Sigrid CJ De Keersmaecker
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FRONTIERS IN MICROBIOLOGY
2019
Development of a real-time PCR method for the genoserotyping of Salmonella Paratyphi B variant Java
Mathieu Gand
Wesley Mattheus
Assia Saltykova
Nancy Roosens
Katelijne Dierick
Kathleen Marchal
Sigrid C. J. De Keersmaecker
Sophie Bertrand
A1
Artikel in een tijdschrift
in
APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY
2019
IAMBEE : a web-service for the identification of adaptive pathways from parallel evolved clonal populations
Camilo Andrés Pérez Romero
Bram Weytjens
Dries Decap
Toon Swings
Jan Michiels
Dries De Maeyer
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2019
Managing evidence in food safety and nutrition
Ermanno Cavalli
Mary Gilsenan
Jane Van Doren
Danica Grahek-Ogden
Jane Richardson
Fabrizio Abbinante
Claudia Cascio
Paul Devalier
Nikolai Brun
Igor Linkov
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
EFSA JOURNAL
2019
Organellar carbon metabolism is co-ordinated with distinct developmental phases of secondary xylem
Desré Pinard
Ana Carolina Elisa Fierro Gutierrez
Kathleen Marchal
Alexander A Myburg
Eshchar Mizrachi
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NEW PHYTOLOGIST
2019
2018
1-((2,4-Dichlorophenethyl)amino)3-phenoxypropan-2-ol kills Pseudomonas aeruginosa through extensive membrane damage
Valerie Defraine
Veerle Liebens
Evelien Loos
Toon Swings
Bram Weytjens
Carolina Fierro
Kathleen Marchal
Liam Sharkey
Alex J O'Neill
Romu Corbau
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FRONTIERS IN MICROBIOLOGY
2018
Catabolic task division between two near-isogenic subpopulations co-existing in a herbicide-degrading bacterial consortium : consequences for the interspecies consortium metabolic model
Pieter Albers
Cédric Lood
Basak Özturk
Benjamin Horemans
Rob Lavigne
Vera van Noort
René De Mot
Kathleen Marchal
Aminael Sanchez-Rodriguez
Dirk Springael
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY
2018
Comparison of SNP-based subtyping workflows for bacterial isolates using WGS data, applied to Salmonella enterica serotype Typhimurium and serotype 1,4,[5], 12:i:-
Assia Saltykova
Véronique Wuyts
Wesley Mattheus
Sophie Bertrand
Nancy HC Roosens
Kathleen Marchal
Sigrid De Keersmaecker
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2018
Identification of novel genes involved in acetic acid tolerance of Saccharomyces cerevisiae using pooled-segregant RNA sequencing
Miguel Fernández-Niño
Sergio Pulido Tamayo
Despina Stefanoska
Camilo Andrés Pérez Romero
Daniel González-Ramos
Antonius JA van Maris
Kathleen Marchal
Elke Nevoigt
Steve Swinnen
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FEMS YEAST RESEARCH
2018
Modeling multi-valued biological interaction networks using fuzzy answer set programming
Mushthofa Mushthofa
Steven Schockaert
Ling-Hong Hung
Kathleen Marchal
Martine De Cock
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FUZZY SETS AND SYSTEMS
2018
Molecular processes underlying synergistic linuron mineralization in a triple-species bacterial consortium biofilm revealed by differential transcriptomics
Pieter Albers
Bram Weytjens
René De Mot
Kathleen Marchal
Dirk Springael
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MICROBIOLOGYOPEN
2018
Network-based modelling for omics data
Mushthofa Mushthofa
Martine De Cock
Kathleen Marchal
Proefschrift
2018
The Crabtree effect shapes the Saccharomyces cerevisiae lag phase during the switch between different carbon sources
Gemma Perez-Samper
Bram Cerulus
Abbas Jariani
Lieselotte Vermeersch
Nuria Barrajon Simancas
Markus MM Bisschops
Joost van den Brink
Daniel Solis-Escalante
Brigida Gallone
Dries De Maeyer
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MBIO
2018
2017
Early differences in islets from prediabetic NOD mice : combined microarray and proteomic analysis
Inne Crèvecoeur
Valborg Gudmundsdottir
Saurabh Vig
Fernanda Marques Câmara Sodré
Wannes D’Hertog
Ana Carolina Elisa Fierro Gutierrez
Leentje Van Lommel
Conny Gysemans
Kathleen Marchal
Etienne Waelkens
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
DIABETOLOGIA
2017
Effect of genomic distance on coexpression of coregulated genes in E. coli
Lucia Pannier
Enrique Merino
Kathleen Marchal
Julio Collado-Vides
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2017
Fermentation assays reveal differences in sugar and (off-) flavor metabolism across different Brettanomyces bruxellensis strains
Sam Crauwels
Filip Van Opstaele
Barbara Jaskula-Goiris
Jan Steensels
Christel Verreth
Lien Bosmans
Caroline Paulussen
Beatriz Herrera-Malaver
Ronnie de Jonge
Jessika De Clippeleer
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FEMS YEAST RESEARCH
2017
Molecular subtyping of Salmonella Typhimurium with multiplex oligonucleotide ligation-PCR (MOL-PCR)
Véronique Wuyts
Wesley Mattheus
Nancy HC Roosens
Kathleen Marchal
Sophie Bertrand
Sigrid CJ De Keersmaecker
Hoofdstuk in een boek
in
Diagnostic bacteriology : methods and protocols
2017
Network-based identification of adaptive pathways in evolved ethanol-tolerant bacterial populations
Toon Swings
Bram Weytjens
Thomas Schalck
Camille Bonte
Natalie Verstraeten
Jan Michiels
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION
2017
Network-based identification of driver pathways in clonal systems
Bram Weytjens
Kathleen Marchal
Jos Vanderleyden
Proefschrift
2017
Network-based integration of systems genetics data reveals pathways associated with lignocellulosic biomass accumulation and processing
Eshchar Mizrachi
Lieven Verbeke
Nanette Christie
Ana Carolina Elisa Fierro Gutierrez
Shawn D Mansfield
Mark F Davis
Erica Gjersing
Gerald A Tuskan
Marc Van Montagu
Yves Van de Peer
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
2017
Principles of systems biology, no. 14 : [...] Network analysis of woody biomass
Eshchar Mizrachi
Lieven Verbeke
Yves Van de Peer
Kathleen Marchal
Alexander A Myburg
Redactioneel materiaal
2017
The evolutionary significance of polyploidy
Yves Van de Peer
Eshchar Mizrachi
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE REVIEWS GENETICS
2017
2016
Adaptive self-organizing organisms using a bio-inspired gene regulatory network controller: for the aggregation of evolutionary robots under a changing environment
Yao Yao
Kathleen Marchal
Yves Van de Peer
Hoofdstuk in een boek
in
Handbook of research on design, control and modeling of swarm robotics
2016
EXPLoRA-web: linkage analysis of quantitative trait loci using bulk segregant analysis
Sergio Pulido Tamayo
Jorge Duitama
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2016
Elucidation of the mode of action of a new antibacterial compound active against Staphylococcus aureus and Pseudomonas aeruginosa
Evelien Gerits
Eline Blommaert
Anna Lippell
Alex J O'Neill
Bram Weytjens
Dries De Maeyer
Ana Carolina Fierro
Kathleen Marchal
Arnaud Marchand
Patrick Chaltin
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2016
Emergent adaptive behaviour of GRN-controlled simulated robots in a changing environment
Yao Yao
Veronique Storme
Kathleen Marchal
Yves Van de Peer
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PEERJ
2016
Exploiting natural selection to study adaptive behavior
Sergio Pulido Tamayo
Kathleen Marchal
Jan Fostier
Jos Vanderleyden
Proefschrift
2016
FabR regulates Salmonella biofilm formation via its direct target FabB
Kim Hermans
Stefanie Roberfroid
Inge M Thijs
Gwendoline Kint
David De Coster
Kathleen Marchal
Jos Vanderleyden
Sigrid CJ De Keersmaecker
Hans P Steenackers
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC GENOMICS
2016
Network-based analysis of eQTL data to prioritize driver mutations
Dries De Maeyer
Bram Weytjens
Luc De Raedt
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION
2016
Network-based omics data analysis
Dries De Maeyer
Jos Vanderleyden
Kathleen Marchal
Proefschrift
2016
Network-guided data integration and gene prioritization
Lieven Verbeke
Jan Fostier
Kathleen Marchal
Proefschrift
2016
Optimized MOL-PCR for characterization of microbial pathogens
Véronique Wuyts
Nancy HC Roosens
Sophie Bertrand
Kathleen Marchal
Sigrid CJ De Keersmaecker
Hoofdstuk in een boek
in
Current protocols in cytometry
2016
SSA-ME Detection of cancer driver genes using mutual exclusivity by small subnetwork analysis
Sergio Pulido Tamayo
Bram Weytjens
Dries De Maeyer
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2016
Simultaneous discovery of cancer subtypes and subtype features by molecular data integration
Thanh Le Van
Matthijs van Leeuwen
Ana Carolina Elisa Fierro Gutierrez
Dries De Maeyer
Jimmy Van den Eynden
Lieven Verbeke
Luc De Raedt
Kathleen Marchal
Siegfries Nijssen
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2016
2015
A multiplex oligonucleotide ligation-PCR as a complementary tool for subtyping of Salmonella Typhimurium
Véronique Wuyts
Wesley Mattheus
Nancy HC Roosens
Kathleen Marchal
Sophie Bertrand
Sigrid CJ De Keersmaecker
A1
Artikel in een tijdschrift
in
APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY
2015
Adaptation to high ethanol reveals complex evolutionary pathways
Karin Voordeckers
Jacek Kominek
Anupam Das
Adriana Espinosa-Cantú
Dries De Maeyer
Ahmed Arslan
Michiel Van Pee
Elisa van der Zande
Wim Meert
Yudi Yang
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS GENETICS
2015
Adaptation to high ethanol reveals complex evolutionary pathways
Karin Voordeckers
Jacek Kominek
Anupam Das
Adriana Espinosa-Cantu
Dries De Maeyer
Kathleen Marchal
Alexander DeLuna
Rob Jelier
Kevin Verstrepen
C3
Conferentie
2015
Comparative phenomics and targeted use of genomics reveals variation in carbon and nitrogen assimilation among different Brettanomyces bruxellensis strains
S Crauwels
A Van Assche
Ronnie de Jonge
AR Borneman
C Verreth
P Troels
G De Samblanx
Kathleen Marchal
Yves Van de Peer
KA Willems
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY
2015
Frequency-based haplotype reconstruction from deep sequencing data of bacterial populations
Sergio Pulido Tamayo
Aminael Sanchez Rodriguez
Toon Swings
Bram Van den Berghe
Akanksha Dubey
Hans Steenackers
Jan Michiels
Jan Fostier
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2015
Guidelines for optimisation of a multiplex oligonucleotide ligation-PCR for characterisation of microbial pathogens in a microsphere suspension array
Véronique Wuyts
Nancy HC Roosens
Sophie Bertrand
Kathleen Marchal
Sigrid CJ De Keersmaecker
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOMED RESEARCH INTERNATIONAL
2015
Identifying prokaryotic consortia that live in close interactions with algae
Assia Saltykova
Sergio Pulido-Tamayo
Marie Pazoutova
Stefan A Rensing
Tomoaki Nishiyama
Yves Van de Peer
Kathleen Marchal
Stephane Rombauts
C3
Conferentie
2015
Obg and membrane depolarization are part of a microbial bet-hedging strategy that leads to antibiotic tolerance
Natalie Verstraeten
Wouter Joris Knapen
Cyrielle Ines Kint
Veerle Liebens
Bram Van den Bergh
Liselot Dewachter
Joran Elie Michiels
Qiang Fu
Charlotte Claudia David
Ana Carolina Fierro
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR CELL
2015
Pathway relevance ranking for tumor samples through network-based data integration
Lieven Verbeke
Jimmy Van den Eynden
Ana Carolina Elisa Fierro Gutierrez
Piet Demeester
Jan Fostier
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2015
Pathway relevance ranking for tumor samples through network-based data integration (award for Outstanding Oral Poster Presentation )
Lieven Verbeke
Jimmy Van den Eynden
Piet Demeester
Kathleen Marchal
Jan Fostier
C3
Conferentie
2015
PheNetic : network-based interpretation of molecular profiling data
Dries De Maeyer
Bram Weytjens
Joris Renkens
Luc De Raedt
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2015
Small-scale fermentation assay reveals differences in sugar consumption and (off)flavour production across Brettanomyces bruxellensis strains
Sam Crauwels
Filip Van Opstaele
Barbara Jaskula-Goiris
Christel Verreth
Jessika De Clippeleer
Kathleen Marchal
Gorik De Samblanx
Kris Willems
Kevin Verstrepen
Guido Aerts
et al.
C3
Conferentie
2015
SomInaClust: detection of cancer genes based on somatic mutation patterns of inactivation and clustering
Jimmy Van den Eynden
Ana Carolina Elisa Fierro Gutierrez
Lieven Verbeke
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC BIOINFORMATICS
2015
Studying the relationship between drug resistance and genomic variations in Leishmania donovani using a network-based method
MR Ticlla Ccenhua
S Pulido-Tamayo
H Imamura
Lieven Verbeke
J Cotton
J-C Dujardin
Kathleen Marchal
C3
Conferentie
2015
The usefulness of whole genome sequencing for outbreak investigation of food pathogens, Salmonella Enteritidis as a case study
Véronique Wuyts
Sarah Denayer
Nancy HC Roosens
Wesley Mattheus
Sophie Bertrand
Kathleen Marchal
Katelijne Dierick
Sigrid CJ De Keersmaecker
Nieuwsartikel
2015
Ultraviolet-B radiation stimulates downward leaf curling in Arabidopsis thaliana
Ana Carolina Elisa Fierro Gutierrez
Olivier Leroux
Barbara De Coninck
Bruno PA Cammue
Kathleen Marchal
Els Prinsen
Dominique Van Der Straeten
Filip Vandenbussche
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLANT PHYSIOLOGY AND BIOCHEMISTRY
2015
User‐friendly WGS analysis of Salmonella Enteritidis PT4 outbreaks
Véronique Wuyts
Sarah Denayer
Nancy HC Roosens
Wesley Mattheus
Sophie Bertrand
Kathleen Marchal
Katelijne Dierick
Sigrid CJ De Keersmaecker
C3
Conferentie
2015
Vitamin D3 induces tolerance in human dendritic cells by activation of intracellular metabolic pathways
Gabriela Bomfim Ferreira
An-Sofie Vanherwegen
Guy Eelen
Ana Carolina Fierro Gutíerrez
Leentje Van Lommel
Kathleen Marchal
Lieve Verlinden
Annemieke Verstuyf
Tatiane Nogueira
Maria Georgiadou
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CELL REPORTS
2015
Whole genome sequence analysis of Salmonella Enteritidis PT4 outbreaks from a national reference laboratory’s viewpoint
Véronique Wuyts
Sarah Denayer
Nancy HC Roosens
Wesley Mattheus
Sophie Bertrand
Kathleen Marchal
Katelijne Dierick
Sigrid CJ De Keersmaecker
A2
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS CURRENTS OUTBREAKS
2015
2014
A network-based approach to identify substrate classes of bacterial glycosyltransferases
Aminael Sánchez-Rodríguez
Hanne LP Tytgat
Joris Winderickx
Jos Vanderleyden
Sarah Lebeer
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC GENOMICS
2014
A putative de-N-acetylase of the PIG-L superfamily affects fluoroquinolone tolerance in Pseudomonas aeruginosa
Veerle Liebens
Valerie Defraine
Annelies Van der Leyden
Valerie N De Groote
Carolina Fierro
Serge Beullens
Natalie Verstraeten
Cyrielle Kint
Ann Jans
Emanuela Frangipani
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PATHOGENS AND DISEASE
2014
ASP-G: an ASP-based method for finding attractors in genetic regulatory networks
Mushthofa Mushthofa
Gustavo Adolfo Torres Torres
Yves Van de Peer
Kathleen Marchal
Martine De Cock
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2014
Assessing genetic diversity among Brettanomyces yeasts by DNA fingerprinting and whole-genome sequencing
Sam Crauwels
Bo Zhu
Jan Steensels
Pieter Busschaert
Gorik De Samblanx
Kathleen Marchal
Kris A Willems
Kevin J Verstrepen
Bart Lievens
A1
Artikel in een tijdschrift
in
APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY
2014
COLOMBOS v2.0 : an ever expanding collection of bacterial expression compendia
Pieter Meysman
Paolo Sonego
Luca Bianco
Qiang Fu
Daniela Ledezma-Tejeida
Socorro Gama-Castro
Veerle Liebens
Jan Michiels
Kris Laukens
Kathleen Marchal
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2014
Genome-scale co-expression network comparison across escherichia coli and salmonella enterica serovar typhimurium reveals significant conservation at the regulon level of local regulators despite their dissimilar lifestyles
P Zarrineh
A Sanchez-Rodriguez
N Hosseinkhan
Z Narimani
Kathleen Marchal
A Masoudi-Nejad
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2014
Improved linkage analysis of Quantitative Trait Loci using bulk segregants unveils a novel determinant of high ethanol tolerance in yeast
Jorge Duitama
Aminael Sánchez-Rodriguez
Annelies Goovaerts
Sergio Pulido Tamayo
Georg Hubmann
Maria R Foulquié-Moreno
Johan M Thevelein
Kelvin J Verstrepen
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC GENOMICS
2014
Improving the adaptability of simulated evolutionary swarm robots in dynamically changing environments
Yao Yao
Kathleen Marchal
Yves Van de Peer
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2014
Inferring the relation between transcriptional and posttranscriptional regulation from expression compendia
Ivan Ishchukov
Yan Wu
Sandra Van Puyvelde
Jos Vanderleyden
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC MICROBIOLOGY
2014
MAGIC: access portal to a cross-platform gene expression compendium for maize
Qiang Fu
Ana Carolina Elisa Fierro Gutierrez
Pieter Meysman
Aminael Sanchez Rodriguez
Klaas Vandepoele
Kathleen Marchal
Kristof Engelen
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2014
Path finding in biological networks
Lore Cloots
Dries De Maeyer
Kathleen Marchal
Hoofdstuk in een boek
in
Springer handbook of bio-/neuroinformatics
2014
Phenotypical and molecular responses of Arabidopsis thaliana roots as a result of inoculation with the auxin-producing bacterium Azospirillum brasilense
Stijn Spaepen
Stijn Bossuyt
Kristof Engelen
Kathleen Marchal
Jos Vanderleyden
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NEW PHYTOLOGIST
2014
Photoreceptor-mediated bending towards UV-B in Arabidopsis
Filip Vandenbussche
Kimberley Tilbrook
Ana Carolina Fierro
Kathleen Marchal
Dirk Poelman
Dominique Van Der Straeten
Roman Ulm
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR PLANT
2014
Ranked tiling
Thanh Le Van
Matthijs Van Leeuwen
Siegfried Nijssen
Ana Carolina Fierro
Kathleen Marchal
Luc De Raedt
C1
Conferentie
2014
2013
An alignment-free approach for eukaryotic ITS2 annotation and phylogenetic inference
Guillermin Agüero-Chapin
Aminael Sánchez-Rodríguez
Pedro I Hidalgo-Yanes
Yunierkis Pérez-Castillo
Reinaldo Molina-Ruiz
Kathleen Marchal
Vitor Vasconcelos
Agostinho Antunes
P1
Conferentie
2013
Dynamics of the Saccharomyces cerevisiae transcriptome during bread dough fermentation
Elham Aslankoohi
Bo Zhu
Mohammad Naser Rezaei
Karin Voordeckers
Dries De Maeyer
Kathleen Marchal
Emmie Dornez
Christophe M Courtin
Kevin J Verstrepen
A1
Artikel in een tijdschrift
in
APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY
2013
EPSILON: an eQTL prioritization framework using similarity measures derived from local networks
Lieven Verbeke
Lore Cloots
Piet Demeester
Jan Fostier
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2013
EPSILON: an eQTL prioritization framework using similarity measures derived from local networks
Lieven Verbeke
Piet Demeester
Jan Fostier
Kathleen Marchal
C3
Conferentie
2013
Expression divergence between Escherichia coli and Salmonella enterica serovar Typhimurium reflects their lifestyles
Pieter Meysman
Aminael Sánchez-Rodríguez
Qiang Fu
Kathleen Marchal
Kristof Engelen
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION
2013
Identifying common structural DNA properties in transcription factor binding site sets of the LacI-GalR family
Pieter Meysman
Kathleen Marchal
Kristof Engelen
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CURRENT BIOINFORMATICS
2013
Identifying differentially expressed genes in the absence of replication
Pushpke J Thilakarathne
Geert Verbeke
Kristof Engelen
Kathleen Marchal
Dan Lin
A2
Artikel in een tijdschrift
in
INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOINFORMATICS RESEARCH AND APPLICATIONS
2013
Identifying relevant pathways for different breast cancer subtypes using network based data integration
Lieven Verbeke
AC Fierro
Jimmy Van den Eynden
Piet Demeester
Jan Fostier
Kathleen Marchal
C3
Conferentie
2013
Inferring gene expression from ribosomal promoter sequences, a crowdsourcing approach
Pablo Meyer
Geoffrey Siwo
Danny Zeevi
Eilon Sharon
Raquel Norel
Eran Segal
Gustavo Stolovitzky
the DREAM6 consortium
Yvan Saeys
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENOME RESEARCH
2013
MLVA as a tool for public health surveillance of human Salmonella Typhimurium : prospective study in Belgium and evaluation of MLVA loci stability
Véronique Wuyts
Wesley Mattheus
Guillaume De Laminne de Bex
Christa Wildemauwe
Nancy HC Roosens
Kathleen Marchal
Sigrid CJ De Keersmaecker
Sophie Bertrand
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2013
Omics derived networks in bacteria
Aminael Sánchez-Rodríguez
Lore Cloots
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CURRENT BIOINFORMATICS
2013
PheNetic: network-based interpretation of unstructured gene lists in E. coli
Dries De Maeyer
Joris Renkens
Lore Cloots
Luc De Raedt
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR BIOSYSTEMS
2013
Synthetic biology and microdevices : a powerful combination
Lyn Venken
Kathleen Marchal
Jos Vanderleyden
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ACM JOURNAL ON EMERGING TECHNOLOGIES IN COMPUTING SYSTEMS
2013
2012
A combined approach to study the protein glycosylation potential of Lactobacillus rhamnosus GG (LGG)
Hanne LP Tytgat
Aminael Sánchez-Rodríguez
Geert Schoofs
Tine LA Verhoeven
Sigrid CJ De Keersmaecker
Kathleen Marchal
Jos Vanderleyden
Sarah Lebeer
A4
Artikel in een tijdschrift
in
COMMUNICATIONS IN AGRICULTURAL AND APPLIED BIOLOGICAL SCIENCES
2012
An ASP-based simulation method for finding all synchronous and asynchronous attractors in genetic regulatory networks
Gustavo Adolfo Torres Torres
Kathleen Marchal
Yves Van de Peer
Martine De Cock
C3
Conferentie
2012
Association of the vascular endothelial growth factor gene polymorphisms (-460C/T,+405G/C and+936T/C) with endometriosis: a meta-analysis
Shaohua Xu
Wei Wu
Hong Sun
Jing Lu
Beilei Yuan
Yankai Xia
Bart De Moor
Kathleen Marchal
Xinru Wang
Peizhen Xu
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ANNALS OF HUMAN GENETICS
2012
DNA structural properties in the classification of genomic transcription
Pieter Meysman
Kathleen Marchal
Kristof Engelen
A2
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS AND BIOLOGY INSIGHTS
2012
Directed module detection in a large-scale expression compendium
Qiang Fu
Karen Lemmens
Aminael Sánchez-Rodríguez
Inge M Thijs
Pieter Meysman
Hong Sun
Ana Carolina Fierro
Kristof Engelen
Kathleen Marchal
Hoofdstuk in een boek
in
Bacterial molecular networks : methods and protocols
2012
Exploring the complementarity of eQTL mapping methods (poster)
Lieven Verbeke
Kathleen Marchal
Jan Fostier
C3
Conferentie
2012
Follicle stimulating hormone receptor G-29A, 919A > G, 2039A > G polymorphism and the risk of male infertility: A meta-analysis
Wei Wu
Hongquan Cai
Hong Sun
Jing Lu
Dan Zhao
Yufeng Qin
Xiumei Han
Xiaobing Niu
Chuncheng Lu
Yankai Xia
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENE
2012
Identification of a complex genetic network underlying Saccharomyces cerevisiae colony morphology
Karin Voordeckers
Dries De Maeyer
Elisa van der Zande
Marcelo D Vinces
Wim Meert
Lore Cloots
Owen Ryan
Kathleen Marchal
Kevin J Verstrepen
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR MICROBIOLOGY
2012
Mining local staircase patterns in noisy data
Thanh Le Van
Ana Carolina Fierro
Tias Guns
Matthijs Van Leeuwen
Siegfried Nijssen
Luc De Raedt
Kathleen Marchal
P1
Conferentie
2012
MotifSuite: workflow for probabilistic motif detection and assessment
Marleen Claeys
Valerie Storms
Hong Sun
Tom Michoel
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2012
Nucleosomes affect local transformation efficiency
Elham Aslankoohi
Karin Voordeckers
Hong Sun
Aminael Sanchez-Rodriguez
Elisa van der Zande
Kathleen Marchal
Kevin J Verstrepen
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2012
Predicting long term behavior of genetic regulatory networks with answer set programming
Gustavo Adolfo Torres Torres
Kathleen Marchal
Yves Van de Peer
Martine De Cock
C3
Conferentie
2012
Unveiling combinatorial regulation through the combination of ChIP information and in silico cis-regulatory module detection
Hong Sun
Tias Guns
Ana Carolina Fierro
Lieven Thorrez
Siegfried Nijssen
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2012
2011
A community effort towards a knowledge-base and mathematical model of the human pathogen Salmonella Typhimurium LT2
Ines Thiele
Daniel R Hyduke
Benjamin Steeb
Guy Fankam
Douglas K Allen
Susanna Bazzani
Pep Charusanti
Feng-Chi Chen
Ronan MT Fleming
Chao A Hsiung
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC SYSTEMS BIOLOGY
2011
A comparative transcriptome analysis of Rhizobium etli bacteroids: specific gene expression during symbiotic nongrowth
Maarten Vercruysse
Maarten Fauvart
Serge Beullens
Kristien Braeken
Lore Cloots
Kristof Engelen
Kathleen Marchal
Jan Michiels
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR PLANT-MICROBE INTERACTIONS
2011
An alignment-free approach for eukaryotic ITS2 annotation and phylogenetic inference
Guillermin Aguero-Chapin
Aminael Sánchez-Rodríguez
Pedro I Hidalgo-Yanes
Yunierkis Pérez-Castillo
Reinaldo Molina-Ruiz
Kathleen Marchal
Vitor Vasconcelos
Agostinho Antunes
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2011
An ensemble biclustering approach for querying gene expression compendia with experimental lists
Riet De Smet
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2011
COLOMBOS : access port for cross-platform bacterial expression compendia
Kristof Engelen
Qiang Fu
Pieter Meysman
Aminael Sánchez-Rodríguez
Riet De Smet
Karen Lemmens
Ana Carolina Fierro
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2011
COMODO : an adaptive coclustering strategy to identify conserved coexpression modules between organisms
Peyman Zarrineh
Ana C Fierro
Aminael Sánchez-Rodríguez
Bart De Moor
Kristof Engelen
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2011
Genome sequence of Rhizobium etli CNPAF512, a nitrogen-fixing symbiont isolated from bean root nodules in Brazil
Maarten Fauvart
Aminael Sánchez-Rodríguez
Serge Beullens
Kathleen Marchal
Jan Michiels
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF BACTERIOLOGY
2011
Network-based functional modeling of genomics, transcriptomics and metabolism in bacteria
Lore Cloots
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CURRENT OPINION IN MICROBIOLOGY
2011
Query-based biclustering of gene expression data using Probabilistic Relational Models
Hui Zhao
Lore Cloots
Tim Van den Bulcke
Yan Wu
Riet De Smet
Valerie Storms
Pieter Meysman
Kristof Engelen
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC BIOINFORMATICS
2011
Stress response regulators identified through genome-wide transcriptome analysis of the (p) ppGpp-dependent response in Rhizobium etli
Maarten Vercruysse
Maarten Fauvart
Ann Jans
Serge Beullens
Kristien Braeken
Lore Cloots
Kristof Engelen
Kathleen Marchal
Jan Michiels
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENOME BIOLOGY
2011
Transcriptome analysis of the rhizosphere bacterium Azospirillum brasilense reveals an extensive auxin response
Sandra Van Puyvelde
Lore Cloots
Kristof Engelen
Frederik Das
Kathleen Marchal
Jos Vanderleyden
Stijn Spaepen
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MICROBIAL ECOLOGY
2011
Use of structural DNA properties for the prediction of transcription-factor binding sites in Escherichia coli
Pieter Meysman
Hai Dang Thanh
Kris Laukens
Riet De Smet
Yan Wu
Kathleen Marchal
Kristof Engelen
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2011
2010
Advantages and limitations of current network inference methods
Riet De Smet
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE REVIEWS MICROBIOLOGY
2010
Alternative experimental design with an applied normalization scheme can improve statistical power in 2D-DIGE experiments
Kristof Engelen
Alejandro Sifrim
Babs Van de Plas
Kris Laukens
Lutgarde Arckens
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2010
An ensemble method for querying gene expression compendia with experimental lists
Riet De Smet
Kathleen Marchal
C1
Conferentie
2010
Cis-regulatory module detection using constraint programming
Tias Guns
Hong Sun
Kathleen Marchal
Siegfried Nijssen
C1
Conferentie
2010
Genome-wide detection of predicted non-coding RNAs in Rhizobium etli expressed during free-living and host-associated growth using a high-resolution tiling array
Maarten Vercruysse
Maarten Fauvart
Lore Cloots
Kristof Engelen
Inge M Thijs
Kathleen Marchal
Jan Michiels
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC GENOMICS
2010
Integration of 'omics' data: does it lead to new insights into host-microbe interactions?
Gwendoline Kint
Carolina Fierro
Kathleen Marchal
Jos Vanderleyden
Sigrid CJ De Keersmaecker
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FUTURE MICROBIOLOGY
2010
Module network inference from a cancer gene expression data set identifies microRNA regulated modules
Eric Bonnet
Marianthi Tatari
Anagha Madhusudan Joshi
Tom Michoel
Kathleen Marchal
Geert Berx
Yves Van de Peer
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2010
Regulation of cystathionine beta synthase by 1α,25-dihydroxyvitamin D₃
Carsten Kriebitzsch
Lieve Verlinden
Guy Eelen
Kathleen Marchal
Bart De Moor
Ine Beullens
Mark Van Camp
Roger Bouillon
Annemieke Verstuyf
C3
Conferentie
2010
Regulation of semaphorin 3 family members and their receptors by 1α,25-dihydroxyvitamin D₃
Lieve Verlinden
Carsten Kriebitzsch
Guy Eelen
Ine Beullens
Mark Van Camp
Biauw Keng Tan
Bart De Moor
Kathleen Marchal
Roger Bouillon
Annemieke Verstuyf
C3
Conferentie
2010
Systems microbiology : gaining insights in transcriptional networks
Riet De Smet
Karen Lemmens
Ana Carolina Fierro
Kathleen Marchal
Hoofdstuk in een boek
in
Infectious disease informatics
2010
The AI-2-dependent regulator LsrR has a limited regulon in Salmonella Typhimurium
Inge M Thijs
Hui Zhao
Ami De Weerdt
Kristof Engelen
David De Coster
Geert Schoofs
Michael McClelland
Jos Vanderleyden
Kathleen Marchal
Sigrid CD De Keersmaecker
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CELL RESEARCH
2010
The effect of orthology and coregulation on detecting regulatory motifs
Valerie Storms
Marleen Claeys
Amiael Sanchez
Bart De Moor
Annemieke Verstuyf
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2010
The potential for pathogenicity was present in the ancestor of the Ascomycete subphylum Pezizomycotina
Animael Sanchez-Rodriguez
Cindy Martens
Kristof Engelen
Yves Van de Peer
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC EVOLUTIONARY BIOLOGY
2010
The small regulatory RNA molecule MicA is involved in Salmonella enterica serovar Typhimurium biofilm formation
Gwendoline Kint
David De Coster
Kathleen Marchal
Jos Vanderleyden
Sigrid CJ De Keersmaecker
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC MICROBIOLOGY
2010
2009
A nonlinear mixed-effects model for estimating calibration intervals for unknown concentrations in two-color microarray data with spike-ins
Pushpike J Thilakarathne
Geert Verbeke
Kristof Engelen
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
STATISTICAL APPLICATIONS IN GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY
2009
Comparative analysis of module-based versus direct methods for reverse-engineering transcriptional regulatory networks
Tom Michoel
Riet De Smet
Anagha Madhusudan Joshi
Yves Van de Peer
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC Systems Biology
2009
DISTILLER: a data integration framework to reveal condition dependency of complex regulons in Escherichia coli
Karen Lemmens
Tijl De Bie
Thomas Dhollander
Sigrid CJ De Keersmaecker
Inge M Thijs
Geert Schoofs
Ami De Weerdt
Bart De Moor
Jos Vanderleyden
Julio Collado-Vides
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENOME BIOLOGY
2009
Inferring the transcriptional network of Bacillus subtilis
Abeer Fadda
Ana Carolina Fierro
Karen Lemmens
Pieter Monsieurs
Kristof Engelen
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR BIOSYSTEMS
2009
Layout and post-processing of transcriptional modules
Hong Sun
Tim Van den Bulcke
Bart De Moor
Karen Lemmens
Kristof Engelen
Kathleen Marchal
P1
Conferentie
2009
Microarray analysis of MCF-7 breast cancer cells treated with 1,25-dihydroxyvitamin D-3 or a 17-methyl-D-ring analog
Els Vanoirbeek
Guy Eelen
Lieve Verlinden
Kathleen Marchal
Kristof Engelen
Bart De Moor
Ine Beullens
Suzanne Marcelis
Pierre De Clercq
Roger Bouillon
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ANTICANCER RESEARCH
2009
Module networks revisited: computational assessment and prioritization of model predictions
Anagha Madhusudan Joshi
Riet De Smet
Kathleen Marchal
Yves Van de Peer
Tom Michoel
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2009
ModuleDigger: an itemset mining framework for the detection of cis-regulatory modules
Hong Sun
Tijl De Bie
Valerie Storms
Qiang Fu
Thomas Dhollander
Karen Lemmens
Annemieke Verstuyf
Bart De Moor
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC BIOINFORMATICS
2009
Reverse-engineering transcriptional modules from gene expression data
Tom Michoel
Riet De Smet
Anagha Madhusudan Joshi
Kathleen Marchal
Yves Van de Peer
A1
Artikel in een tijdschrift
in
Annals of the New York Academy of Sciences
2009
The condition-dependent transcriptional network in Escherichia coli
Karen Lemmens
Tijl De Bie
Thomas Dhollander
Pieter Monsieurs
Bart De Moor
Julio Collado-Vides
Kristof Engelen
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
Annals of the New York Academy of Sciences
2009
The use of mixed models to identify differentially expressed genes when a single replicate per biological condition is present
PJ Thilakarathne
G Verbeke
K Engelen
Kathleen Marchal
C1
Conferentie
2009
ViTraM: visualization of transcriptional modules
Hong Sun
Karen Lemmens
Tim Van den Bulcke
Kristof Engelen
Bart De Moor
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2009
2008
Bacterial networking
Kathleen Marchal
Sigrid CJ De Keersmaecker
Verslag
2008
Brominated furanones inhibit biofilm formation by Salmonella enterica serovar Typhimurium
Joost CA Janssens
Hans Steenackers
Stijn Robijns
Edith Gellens
Jeremy Levin
Hui Zhao
Kim Hermans
David De Coster
Tine L Verhoeven
Kathleen Marchal
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY
2008
Evaluation of time profile reconstruction from complex two-color microarray designs
Ana C Fierro
Raphael Thuret
Kristof Engelen
Gilles Bernot
Kathleen Marchal
Nicolas Pollet
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC BIOINFORMATICS
2008
Exploring the operational characteristics of inference algorithms for transcriptional networks by means of synthetic data
Koenraad Van Leemput
Tim Van den Bulcke
Thomas Dhollander
Bart De Moor
Kathleen Marchal
Piet van Remortel
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ARTIFICIAL LIFE
2008
Expression of the BRCA1-interacting protein Brip1/BACH1/FANCJ is driven by E2F and correlates with human breast cancer malignancy
G Eelen
I Vanden Bempt
L Verlinden
M Drijkoningen
A Smeets
P Neven
MR Christiaens
Kathleen Marchal
R Bouillon
A Verstuyf
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOGENE
2008
Genome-wide expression analysis reveals TORC1-dependent and -independent functions of Sch9
Bart Smets
Pepijn De Snijder
Kristof Engelen
Eva Joossens
Ruben Ghillebert
Karin Thevissen
Kathleen Marchal
Joris Winderickx
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FEMS YEAST RESEARCH
2008
Meta analysis of gene expression data within and across species
Ana Carolina Fierro
Filip Vandenbussche
Kristof Engelen
Yves Van de Peer
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CURRENT GENOMICS
2008
Microarray analysis of MCF-7 breast cancer cells treated with 1,25-(OH)(2)D-3 or the analog WY1112
Els Vanoirbeek
Guy Eelen
Ine Beullens
Mark Van Camp
Kristof Engelen
Kathleen Marchal
Pierre De Clercq
M Vandewalle
Roger Bouillon
Annemieke Verstuyf
C3
Conferentie
2008
Using ribosomal protein genes as reference : a tale of caution
Lieven Thorrez
Katrijn Van Deun
Léon-Charles Tranchevent
Leentje Van Lommel
Kristof Engelen
Kathleen Marchal
Yves Moreau
Iven Van Mechelen
Frans Schuit
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2008
2007
1α,25-Dihydroxyvitamin D₃-induced down-regulation of the checkpoint proteins, Chk1 and Claspin, is mediated by the pocket proteins p107 and p130
Lieve Verlinden
Guy Eelen
Ruth Van Hellemont
Kristof Engelen
Ine Beullens
Mark Van Camp
Kathleen Marchal
Chantal Mathieu
Roger Bouillon
Annemieke Verstuyf
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF STEROID BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY
2007
CALIB: a Bioconductor package for estimating absolute expression levels from two-color microarray data
Hui Zhao
Kristof Engelen
Bart De Moor
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2007
Combining omics data to unravel the regulatory network controlling Salmonella invasion of epithelial cells
Inge M Thijs
Sigrid CJ De Keersmaecker
A Fadda
Kristof Engelen
H Zhao
M McClelland
Kathleen Marchal
Jos Vanderleyden
A4
Artikel in een tijdschrift
in
COMMUNICATIONS IN AGRICULTURAL AND APPLIED BIOLOGICAL SCIENCES
2007
Delineation of the Salmonella enterica serovar Typhimurium HilA regulon through genome-wide location and transcript analysis
Inge MV Thijs
Sigrid CJ De Keersmaecker
Abeer A Fadda
Kristof Engelen
Hui Zhao
Michael McClelland
Kathleen Marchal
Jos Vanderleyden
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF BACTERIOLOGY
2007
Divergence of regulatory sequences in duplicated fish genes
R Van Hellemont
Tine Blomme
Yves Van de Peer
Kathleen Marchal
Hoofdstuk in een boek
in
Gene and protein evolution
2007
Functional analysis of luxS in the probiotic strain Lactobacillus rhamnosus GG reveals a central metabolic role important for growth and biofilm formation
Sarah Lebeer
Sigrid CJ De Keersmaecker
Tine LA Verhoeven
Abeer A Fadda
Kathleen Marchal
Jos Vanderleyden
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF BACTERIOLOGY
2007
Gene regulation bioinformatics of microarray data
Gert Thijs
Frank De Smet
Yves Moreau
Kathleen Marchal
Bart De Moor
Hoofdstuk in een boek
in
Genomics and proteomics engineering in medicine and biology
2007
GeneReg: integration of experimental data on the DNA transcription process
David Pastor
Karen Lemmens
Álvaro Cortés-Calabuig
Kathleen Marchal
Marc Denecker
Bart De Moor
C1
Conferentie
2007
Joint mapping of genes and conditions via multidimensional unfolding analysis
Katrijn Van Deun
Kathleen Marchal
Willem J Heiser
Kristof Engelen
Iven Van Mechelen
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC BIOINFORMATICS
2007
Query-driven module discovery in microarray data
Thomas Dhollander
Qizheng Sheng
Karen Lemmens
Bart De Moor
Kathleen Marchal
Yves Moreau
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2007
The E2F-regulated gene Chk1 is highly expressed in triple-negative estrogen receptor-/progesterone receptor-/HER-2-breast carcinomas
Lieve Verlinden
Isabelle Vanden Bempt
Guy Eelen
Maria Drijkoningen
Ilse Verlinden
Kathleen Marchal
Christiane De Wolf-Peeters
Marie-Rose Christiaens
Luc Michiels
Roger Bouillon
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CANCER RESEARCH
2007
Validating module network learning algorithms using simulated data
Tom Michoel
Steven Maere
Eric Bonnet
Anagha Madhusudan Joshi
Yvan Saeys
Tim Van den Bulcke
Koenraad Van Leemput
Piet Van Remortel
Martin Kuiper
Kathleen Marchal
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC BIOINFORMATICS
2007
2006
A calibration method for estimating absolute expression levels from microarray data
Kristof Engelen
Bart Naudts
Bart De Moor
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2006
Inferring transcriptional modules from ChIP-chip, motif and microarray data
Karen Lemmens
Thomas Dhollander
Tijl De Bie
Pieter Monsieurs
Kristof Engelen
Bart Smets
Joris Winderickx
Bart De Moor
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENOME BIOLOGY
2006
Inferring transcriptional networks by mining 'omics' data
Tim Van den Bulcke
Karen Lemmens
Yves Van de Peer
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CURRENT BIOINFORMATICS
2006
Integration of omics data: how well does it work for bacteria?
Sigrid CJ De Keersmaecker
Inge MV Thijs
Jos Vanderleyden
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR MICROBIOLOGY
2006
More robust detection of motifs in coexpressed genes by using phylogenetic information
Pieter Monsieurs
Gert Thijs
Abeer A Fadda
Sigrid CJ De Keersmaecker
Jos Vanderleyden
Bart De Moor
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC BIOINFORMATICS
2006
Predicting the clinical behavior of ovarian cancer from gene expression profiles
F De Smet
NL Pochet
K Engelen
T Van Gorp
P Van Hummelen
Kathleen Marchal
F Amant
D Timmerman
BL De Moor
IB Vergote
A1
Artikel in een tijdschrift
in
INTERNATIONAL JOURNAL OF GYNECOLOGICAL CANCER
2006
Strong antimicrobial activity of Lactobacillus rhamnosus GG against Salmonella typhimurium is due to accumulation of lactic acid
Sigrid CJ De Keersmaecker
Tine LA Verhoeven
Jos Desair
Kathleen Marchal
Jos Vanderleyden
István Nagy
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FEMS MICROBIOLOGY LETTERS
2006
SynTReN : a generator of synthetic gene expression data for design and analysis of structure learning algorithms
Tim Van den Bulcke
Koenraad Van Leemput
Bart Naudts
Piet van Remortel
Hongwu Ma
Alain Verschoren
Bart De Moor
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC BIOINFORMATICS
2006
The effect of a sertoli cell-selective knockout of the androgen receptor on testicular gene expression in prepubertal mice
Evi Denolet
Karel De Gendt
Joke Allemeersch
Kristof Engelen
Kathleen Marchal
Paul Van Hummelen
Karen AL Tan
Richard M Sharpe
Philippa TK Saunders
Johannes V Swinnen
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR ENDOCRINOLOGY
2006
2005
A novel approach to identifying regulatory motifs in distantly related genomes
Ruth Van Hellemont
Pieter Monsieurs
Gert Thijs
Bart De Moor
Yves Van de Peer
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENOME BIOLOGY
2005
Advances in cluster analysis of microarray data
Qizheng Sheng
Yves Moreau
Frank De Smet
Kathleen Marchal
Bart De Moor
Hoofdstuk in een boek
in
Data analysis and visualization in genomics and proteomics
2005
Characterization of the condensin component Cnap1 and protein kinase Melk as novel E2F target genes down-regulated by 1,25-dihydroxyvitamin D3
Lieve Verlinden
Guy Eelen
Ine Beullens
Mark Van Camp
Paul Van Hummelen
Kristof Engelen
Ruth Van Hellemont
Kathleen Marchal
Bart De Moor
Floris Foijer
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY
2005
Chemical synthesis of (S)-4,5-dihydroxy-2,3-pentanedione, a bacterial signal molecule precursor, and validation of its activity in Salmonella Typhimurium
Sigrid CJ De Keersmaecker
Csaba Varszegi
Nadja van Boxel
Lothar W Habel
Kristine Metzger
Ruth Daniels
Kathleen Marchal
Dirk De Vos
Jos Vanderleyden
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY
2005
Comparison of the PhoPQ regulon in Escherichia coli and Salmonella typhimurium
Pieter Monsieurs
Sigrid CJ De Keersmaecker
William W Navarre
Martin W Bader
Frank De Smet
Michael McClelland
Ferric C Fang
Bart De Moor
Jos Vanderleyden
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF MOLECULAR EVOLUTION
2005
Discovering transcriptional modules from motif, chip-chip and microarray data
Tijl De Bie
Pieter Monsieurs
Kristof Engelen
Bart De Moor
Nello Cristianini
Kathleen Marchal
P1
Conferentie
2005
Identifying new drug targets to combat pathogenic infections: an interdisciplinary approach
Ilse Smets
Astrid Cappuyns
Kristel Bernaerts
Nadja Van Boxel
Kathleen Sonck
Sigrid De Keersmaecker
Pieter Monsieurs
Tim Van den Bulcke
Kathleen Marchal
Janick Mathys
et al.
C1
Conferentie
2005
M@CBETH: a microarray classification benchmarking tool
Nathalie LMM Pochet
Frizo AL Janssens
Frank De Smet
Kathleen Marchal
Johan AK Suykens
Bart LR De Moor
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2005
M@CBETH: optimizing clinical microarray classification
NLMM Pochet
FAL Janssens
F De Smet
Kathleen Marchal
IB Vergote
JAK Suykens
BLR De Moor
C1
Conferentie
2005
Microarray analysis and motif detection reveal new targets of the Salmonella enterica serovar Typhimurium HilA regulatory protein, including hilA itself
Sigrid CJ De Keersmaecker
Kathleen Marchal
Tine LA Verhoeven
Kristof Engelen
Jos Vanderleyden
Corrella S Detweiler
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF BACTERIOLOGY
2005
PKA and Sch9 control a molecular switch important for the proper adaptation to nutrient availability
Johnny Roosen
Kristof Engelen
Kathleen Marchal
Janick Mathys
Gerard Griffioen
Elisabetta Cameroni
Johan M Thevelein
Claudio De Virgilio
Bart De Moor
Joris Winderickx
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR MICROBIOLOGY
2005
2004
Annotation of the pRhico plasmid of Azospirillum brasilense reveals its role in determining the outer surface composition
Els Vanbleu
Kathleen Marchal
Mark Lambrecht
Janick Mathys
Jos Vanderleyden
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FEMS MICROBIOLOGY LETTERS
2004
Computational biology and toxicogenomics
Kathleen Marchal
Frank De Smet
Kristof Engelen
Bart De Moor
Hoofdstuk in een boek
in
Predictive toxicology
2004
Differential regulation of the insulin-like growth factor II mRNA-binding protein genes by architectural transcription factor HMGA2
Jan R Brants
Torik AY Ayoubi
Kiran Chada
Kathleen Marchal
Wim JM Van de Ven
Marleen MR Petit
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FEBS LETTERS
2004
Genetic and physical map of the pLAFR1 vector
E Vanbleu
Kathleen Marchal
J Vanderleyden
A1
Artikel in een tijdschrift
in
DNA SEQUENCE
2004
In silico identification and experimental validation of PmrAB targets in Salmonella typhimurium by regulatory motif detection
Kathleen Marchal
Sigrid De Keersmaecker
Pieter Monsieurs
Nadja van Boxel
Karen Lemmens
Gert Thijs
Jos Vanderleyden
Bart De Moor
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENOME BIOLOGY
2004
Peptide signal molecules and bacteriocins in Gram-negative bacteria: a genome-wide in silico screening for peptides containing a double-glycine leader sequence and their cognate transporters
G Dirix
P Monsieurs
B Dombrecht
R Daniels
Kathleen Marchal
J Vanderleyden
J Michiels
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PEPTIDES
2004
Screening genomes of Gram-positive bacteria for double-glycine-motif-containing peptides
G Dirix
P Monsieurs
Kathleen Marchal
J Vanderleyden
J Michiels
Redactioneel materiaal
2004
The effects of 1α,25-dihydroxyvitamin D₃ on the expression of DNA replication genes
Guy Eelen
Lieve Verlinden
Mark van Camp
Paul van Hummelen
Kathleen Marchal
Bart de Moor
Chantal Mathieu
Geert Carmeliet
Roger Bouillon
Annemieke Verstuyf
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF BONE AND MINERAL RESEARCH
2004
2003
Bioinformatics: organisms from Venus, technology from Jupiter, algorithms from Mars
Bart De Moor
Kathleen Marchal
Janick Mathys
Yves Moreau
A1
Artikel in een tijdschrift
in
EUROPEAN JOURNAL OF CONTROL
2003
Computational approaches to identify promoters and cis-regulatory elements in plant genomes
Stephane Rombauts
Kobe Florquin
Magali Lescot
Kathleen Marchal
Pierre Rouzé
Yves Van de Peer
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLANT PHYSIOLOGY
2003
Genome-specific higher-order background models to improve motif detection
Kathleen Marchal
Gert Thijs
Sigrid De Keersmaecker
Pieter Monsieurs
Bart De Moor
Jos Vanderleyden
A1
Artikel in een tijdschrift
in
TRENDS IN MICROBIOLOGY
2003
INCLUSive : a web portal and service registry for microarray and regulatory sequence analysis
Bert Coessens
Gert Thijs
Stein Aerts
Kathleen Marchal
Frank De Smet
Kristof Engelen
Patrick Glenisson
Yves Moreau
Janick Mathys
Bart De Moor
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2003
MARAN: normalizing micro-array data
Kristof Engelen
Bert Coessens
Kathleen Marchal
Bart De Moor
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2003
2002
A Gibbs sampling method to detect overrepresented motifs in the upstream regions of coexpressed genes
Gert Thijs
Kathleen Marchal
Magali Lescot
Stephane Rombauts
Bart De Moor
Pierre Rouzé
Yves Moreau
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY
2002
Adaptive quality-based clustering of gene expression profiles
Frank De Smet
Janick Mathys
Kathleen Marchal
Gert Thijs
Bart De Moor
Yves Moreau
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2002
Comparison of different methodologies to identify differentially expressed genes in two-sample cDNA microarrays
Kathleen Marchal
Kristof Engelen
Jos De Brabanter
Stein Aert
Bart De Moor
Turik Ayoubi
Paul Van Hummelen
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF BIOLOGICAL SYSTEMS
2002
Functional bioinformatics of microarray data: from expression to regulation
Yves Moreau
Frank De Smet
Gert Thijs
Kathleen Marchal
Bart De Moor
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PROCEEDINGS OF THE IEEE
2002
INCLUSive: INtegrated Clustering, Upstream of sequence retrieval and motif Sampling
Gert Thijs
Yves Moreau
Frank De Smet
Janick Mathys
Magali Lescot
Stephane Rombauts
Pierre Rouzé
Bart De Moor
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2002
Integrating quality-based clustering of microarray data with Gibbs sampling for the discovery of regulatory motifs
Yves Moreau
Gert Thijs
Kathleen Marchal
Frank De Smet
Janick Mathys
Magali Lescot
Stephane Rombauts
Pierre Rouzé
Bart De Moor
C1
Conferentie
2002
PlantCARE, a database of plant cis-acting regulatory elements and a portal to tools for in silico analysis of promoter sequences
Magali Lescot
Patrice Déhais
Gert Thijs
Kathleen Marchal
Yves Moreau
Yves Van de Peer
Pierre Rouzé
Stephane Rombauts
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2002
Prediction and overview of the RpoN-regulon in closely related species of the Rhizobiales
Bruno Dombrecht
Kathleen Marchal
Jos Vanderleyden
Jan Michiels
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENOME BIOLOGY
2002
Sensitivity function-based model reduction: a bacterial gene expression case study
Ilse Smets
Kristel Bernaerts
Jun Sun
Kathleen Marchal
Jos Vanderleyden
Jan Van Impe
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING
2002
The PlantCARE database and tools for in silico search of plant cis-acting regulatory elements
Stephane Rombauts
Magali Lescot
Gert Thijs
Kathleen Marchal
Yves Moreau
Patrice Déhais
Yves Van de Peer
Pierre Rouzé
C3
Conferentie
2002
2001
A Gibbs sampling method to detect over-represented motifs in upstream regions of co-expressed genes
Gert Thijs
Kathleen Marchal
Yves Moreau
C1
Conferentie
2001
A higher-order background model improves the detection of promoter regulatory elements by Gibbs sampling
Gert Thijs
Magali Lescot
Kathleen Marchal
Stephane Rombauts
Bart De Moor
Pierre Rouzé
Yves Moreau
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2001
In silico search of plant cis-acting regulatory elements
Magali Lescot
Stephane Rombauts
Gert Thijs
Kathleen Marchal
Bart De Moor
Yves Moreau
Pierre Rouzé
C1
Conferentie
2001
Quantitative analysis of bacterial gene expression by using the gusA reporter gene system
Jun Sun
Ilse Smets
Kristel Bernaerts
Jan Van Impe
Jos Vanderleyden
Kathleen Marchal
A1
Artikel in een tijdschrift
in
APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY
2001
2000
Characterization of an Azospirillum brasilense Tn5 mutant with enhanced N₂ fixation: the effect of ORF280 on nifH expression
LF Revers
LM Passaglia
Kathleen Marchal
J Frazzon
CG Blaha
J Vanderleyden
IS Schrank
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FEMS MICROBIOLOGY LETTERS
2000
Detection of cis-acting regulatory elements in plants : a GIBBS sampling approach
Gert Thijs
Stephane Rombauts
Magali Lescot
Kathleen Marchal
Bart De Moor
Yves Moreau
Pierre Rouzé
C1
Conferentie
2000
The 'oxygen paradox' of dinitrogen-fixing bacteria
Kathleen Marchal
Jos Vanderleyden
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOLOGY AND FERTILITY OF SOILS
2000
The cytochrome cbb3 (cytochrome C) terminal oxidase of A. brasilense Sp7
Kathleen Marchal
J Sun
V Keijers
H Haaker
J Vanderleyden
C1
Conferentie
2000
1998
A cytochrome cbb3 (cytochrome c) terminal oxidase in Azospirillum brasilense Sp7 supports microaerobic growth
Kathleen Marchal
Jun Sun
Veerle Keijers
Huub Haaker
Jos Vanderleyden
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF BACTERIOLOGY
1998
1997
Evidence for a cbb 3-type cytochrome C terminal oxidase in Azospirillum brasilense Sp7
Kathleen Marchal
V Keijers
H Haaker
J Vanderleyden
C3
Conferentie
1997