Project

PREDIMP: Een geïntegreerde benadering voor genotype-imputatie en genoomwijde voorspelling

Code
BOF/STA/202109/008
Looptijd
01-10-2021 → 30-09-2025
Financiering
Gewestelijke en gemeenschapsmiddelen: Bijzonder Onderzoeksfonds
Onderzoeksdisciplines
  • Natural sciences
    • Computational biomodelling and machine learning
  • Engineering and technology
    • Modelling and simulation
  • Agricultural and food sciences
    • Agricultural plant breeding and biotechnology
Trefwoorden
geïntegreerd model genoype-imputatie computationeel modelleren genoomwijde selectie
 
Projectomschrijving

Genoomwijde selectie is een recente veredelingsmethode waarbij de fenotypische prestaties van planten voorspeld worden via geobserveerde variaties in hun DNA code. De mogelijkheid om superieure kandidaten te identificeren via DNA heeft ervoor gezorg dat deze selectiemethode een de facto standaard is geworden in de plantenveredeling. Het begrip genotype-imputatie omvat het voorspellen van ontbrekende waarnemingen in genotyperingsdata. Het is een essentiële component in de gegevensverwerking die voorafgaat aan genoomwijde selectie.

Het PREDIMP project beoogt de ontwikkeling en validatie van een computationeel geïntegreerde methode voor genotype-imputatie en genoomwijde predictie. Deze aanpak zal toelaten om de genotyperingskost aanzienlijk te reduceren terwijl de accuraatheid van de genoomwijde predicties behouden blijft en mogelijks zelfs verbetert. Dit voordeel vertaalt zich in een verhoging van de selectie-efficiëntie terwijl de totale genomic selection workflow aanzienlijk eenvoudiger wordt.