Project

Vergelijkende analyse van high-throughput metaproteoomdata in Unipept

Code
3F008119
Looptijd
01-11-2019 → 31-10-2023
Financiering
Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek - Vlaanderen (FWO)
Mandaathouder
Onderzoeksdisciplines
  • Natural sciences
    • Data visualisation and high-throughput image analysis
    • Development of bioinformatics software, tools and databases
    • Structural bioinformatics and computational proteomics
Trefwoorden
Unipept
 
Projectomschrijving

Metaproteomics is de wetenschappelijke discipline die zich bezighoudt met het onderzoeken van de eiwitten die geproduceerd worden door alle organismen in een bepaalde omgeving . Op basis van de peptiden (fragmenten van een eiwit) die in een staal voorkomen, kunnen we afleiden welke eiwitten in de omgeving aanwezig zijn. Aan de hand van referentiedatabanken kunnen we dan bepalen welke functie ze vervullen en met welk organisme ze geassocieerd worden. Unipept is een softwaretool die specifiek voor de analyse van dergelijke data ontwikkeld werd door de onderzoeksgroep Computationele Biologie aan de Universiteit Gent. De tool wordt vaak gebruikt binnen metaproteoomonderzoek omwille van zijn snelheid, hoge gebruiksvriendelijkheid en interactieve datavisualisaties. De laatste jaren evolueert het onderzoek rond metaproteomics richting grote experimenten die een hoge doorvoersnelheid vereisen. De architectuur onderliggend aan Unipept is web-gebaseerd en daarom minder geschikt voor grote hoeveelheden aan data. De tools van de Unipept commandolijn zijn daarvoor wel geschikt, maar voorzien geen datavisualisaties en missen het hoge gebruikscomfort van de web-tool. Dit onderzoeksproject biedt een oplossing voor deze problemen door een nieuwe offline toepassing voor Unipept te ontwikkelen, die onderzoekers ook de mogelijkheid biedt om eigen databanken te gebruiken als bron voor data-analyse.