Project

SpatialConnect: het connecteren van weefselbiologie met de spatiale genexpressie per individuele cel

Code
3I006822
Looptijd
01-05-2022 → 30-04-2026
Financiering
Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek - Vlaanderen (FWO)
Onderzoeksdisciplines
  • Natural sciences
    • Molecular and cell biology not elsewhere classified
  • Medical and health sciences
    • Inflammation
    • Cancer biology
  • Agricultural and food sciences
    • Agricultural plant breeding and biotechnology
    • Veterinary immunology
Trefwoorden
ééncellige technologieën
 
Projectomschrijving

De nieuwe single-cell technologie laat toe om van elke

individuele cel in een orgaan het genetisch profiel te

bepalen. Op die manier werden recent nieuwe celtypes en

cel activatie statussen ontdekt in bepaalde ziekten of

tijdens bepaalde fasen van weefselontwikkeling. Deze

technieken worden echter uitgevoerd op cel suspensies,

waardoor geen ruimtelijke informatie wordt verschaft. Om

de biologie te kunnen doorgronden is het echter essentieel

om te verstaan waar cellen zich bevinden. Voor elk celtype,

in elk species, is het belangrijk om te weten welke andere

cellen de micro-omgeving vormen van onze cel van

interesse. De locatie van cellen wordt typisch bepaald aan

de hand van fluorescente antilichamen en microscopie.

Jammer genoeg zijn er voor veel cellen geen geschikte

antilichamen beschikbaar. Gelukkig laten spatiale

transcriptomics technieken tegenwoordig toe om de

ruimtelijke expressie van meerdere RNA moleculen

simultaan te bepalen. Omdat deze methodologie gebaseerd

is op universele RNA detectie, is dit toepasbaar voor elk

species: op weefsel van mensen, zoogdieren en planten. De

volgende uitdaging in single-cell biologie is dus het bepalen

van de exacte locatie van elk celtype, om uiteindelijk de

volledige weefsel architectuur en de specifieke cel-cel

interacties van elk orgaan in kaart te kunnen brengen. Met

SpatialConnect zullen we een geavanceerde infrastructuur

voor spatiale transciptomics analyse bouwen aan de

Universiteit Gent.