MISH kan worden toegepast voor de diagnose van prostaatkanker in kleine biopten of in cytologiemonsters van neoplastische cellen in de urine van patiënten. Momenteel is onderzoek en diagnose van methylatiemarkers een zeer duur proces, waarvan de prijs kan worden verlaagd door MISH (er is bijvoorbeeld geen DNA-extractie vereist); MIVH kan ook worden geautomatiseerd voor analyses met hoge doorvoer. MIVH kan daarom een beter alternatief bieden voor onderzoek en routinematige diagnostische toepassingen.