De meest diverse en dichtstbevolkte habitats in het menselijk lichaam zijn de darmen en de mondholte. Hoewel deze omgevingen anatomisch verschillend zijn en elk een andere omgeving bieden aan micro-organismen, heeft hun onderlinge wisselwerking belangrijke gevolgen voor de gezondheid en ziekte van de mens. De mondholte, als belangrijkste toegangspoort tot het maag-darmkanaal, vergemakkelijkt de overdracht van micro-organismen naar de darmen en vormt op die manier ook de microbiële gemeenschappen verder n het darmkanaal. Er is echter een gebrek aan high-throughput en taxonomisch nauwkeurige analyses van het mond microbioom. Daarom richt dit project zich op het verbeteren van de taxonomische en functionele karakterisering van mondbacteriën in relatie tot de menselijke gezondheid.