Instellingen beheren
MENU
Over deze site
In English
Home
Onderzoekers
Projecten
Organisaties
Publicaties
Infrastructuur
Contact
Research Explorer
Uw browser ondersteunt geen JavaScript of JavaScript is niet ingeschakeld. Zonder JavaScript kan sommige functionaliteit van deze webapplicatie uitgeschakeld zijn of foutmeldingen veroorzaken. Raadpleeg om JavaScript in te schakelen de handleiding van uw browser of contacteer uw systeembeheerder.
Onderzoeker
Sven Degroeve
Profiel
Projecten
Publicaties
Activiteiten
Prijzen & Erkenningen
72
Resultaten
2024
Bioinformatics pipeline for processing single-cell data
Arthur Declercq
Nina Demeulemeester
Ralf Gabriels
Robbin Bouwmeester
Sven Degroeve
Lennart Martens
Hoofdstuk in een boek
in
Mass spectrometry based single cell proteomics
2024
Intensity and retention time prediction improves the rescoring of protein‐nucleic acid cross‐links
Arslan Siraj
Robbin Bouwmeester
Arthur Declercq
Luisa Welp
Aleksandar Chernev
Alexander Wulf
Henning Urlaub
Lennart Martens
Sven Degroeve
Oliver Kohlbacher
et al.
U
Artikel in een tijdschrift
in
PROTEOMICS
2024
MS²Rescore 3.0 is a modular, flexible, and user-friendly platform to boost peptide identifications, as showcased with MS Amanda 3.0
Louise M. Buur
Arthur Declercq
Marina Strobl
Robbin Bouwmeester
Sven Degroeve
Lennart Martens
Viktoria Dorfer
Ralf Gabriels
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2024
Predicting ion mobility collision cross sections and assessing prediction variation by combining conventional and data driven modeling
Robbin Bouwmeester
Keith Richardson
Richard Denny
Ian D. Wilson
Sven Degroeve
Lennart Martens
Johannes P.C. Vissers
U
Artikel in een tijdschrift
in
Talanta
2024
2023
PhosphoLingo : protein language models for phosphorylation site prediction
Jasper Zuallaert
Pathmanaban Ramasamy
Robbin Bouwmeester
Nico Callewaert
Sven Degroeve
Preprint
2023
Toward an integrated machine learning model of a proteomics experiment
Benjamin A. Neely
Viktoria Dorfer
Lennart Martens
Isabell Bludau
Robbin Bouwmeester
Sven Degroeve
Eric W. Deutsch
Siegfried Gessulat
Lukas Kaell
Pawel Palczynski
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2023
Updated MS²PIP web server supports cutting-edge proteomics applications
Arthur Declercq
Robbin Bouwmeester
Cristina Chiva
Eduard Sabido
Aurelie Hirschler
Christine Carapito
Lennart Martens
Sven Degroeve
Ralf Gabriels
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2023
2022
Ionbot : a novel, innovative and sensitive machine learning approach to LC-MS/MS peptide identification
Sven Degroeve
Ralf Gabriels
Kevin Velghe
Robbin Bouwmeester
Natalia Tichshenko
Lennart Martens
Preprint
2022
MS2Rescore : data-driven rescoring dramatically boosts immunopeptide identification rates
Arthur Declercq
Robbin Bouwmeester
Aurélie Hirschler
Christine Carapito
Sven Degroeve
Lennart Martens
Ralf Gabriels
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2022
Machine learning to the rescue : enabling novel proteomics workflows with data-driven bioinformatics methods
Ralf Gabriels
Lennart Martens
Sven Degroeve
Proefschrift
2022
Orthogonal proteomics methods to unravel the HOTAIR interactome
Louis Delhaye
Edith De Bruycker
Pieter-Jan Volders
Daria Fijalkowska
Delphine De Sutter
Sven Degroeve
Lennart Martens
Pieter Mestdagh
Sven Eyckerman
C3
Conferentie
2022
Orthogonal proteomics methods to unravel the HOTAIR interactome
Louis Delhaye
Edith De Bruycker
Pieter-Jan Volders
Daria Fijalkowska
Delphine De Sutter
Sven Degroeve
Lennart Martens
Pieter Mestdagh
Sven Eyckerman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2022
Psm_utils : a high level Python API for parsing and handling peptide-spectrum-matches and proteomics search results
Ralf Gabriels
Arthur Declercq
Robbin Bouwmeester
Sven Degroeve
Lennart Martens
Preprint
2022
psm_utils : a high-level python API for parsing and handling peptide-spectrum matches and proteomics search results
Ralf Gabriels
Arthur Declercq
Robbin Bouwmeester
Sven Degroeve
Lennart Martens
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2022
2021
Cov-MS : a community-based template assay for mass-spectrometry-based protein detection in SARS-CoV-2 patients
Bart Van Puyvelde
Katleen Van Uytfanghe
Olivier Tytgat
Laurence Van Oudenhove
Ralf Gabriels
Robbin Bouwmeester
Simon Daled
Tim Van Den Bossche
Pathmanaban Ramasamy
Sigrid Verhelst
et al.
A2
Artikel in een tijdschrift
in
JACS AU
2021
DeepLC can predict retention times for peptides that carry as-yet unseen modifications
Robbin Bouwmeester
Ralf Gabriels
Niels Hulstaert
Lennart Martens
Sven Degroeve
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE METHODS
2021
MS²DIP : highly accurate MS2 spectrum prediction for modified peptides & MS²Rescore : data-driven rescoring dramatically boosts immunopeptide identification rates
Ralf Gabriels
Robbin Bouwmeester
Jasper Zuallaert
Lennart Martens
Sven Degroeve
C3
Conferentie
2021
Massively parallel interrogation of protein fragment secretability using SECRiFY reveals features influencing secretory system transit
Morgane Boone
Pathmanaban Ramasamy
Jasper Zuallaert
Robbin Bouwmeester
Berre Van Moer
Davy Maddelein
Demet Turan
Niels Hulstaert
Hannah Eeckhaut
Elien Vandermarliere
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2021
Personalized proteome : comparing proteogenomics and open variant search approaches for single amino acid variant detection
Renee Salz
Robbin Bouwmeester
Ralf Gabriels
Sven Degroeve
Lennart Martens
Pieter-Jan Volders
Peter A.C. ’t Hoen
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2021
Spectral prediction features as a solution for the search space size problem in proteogenomics
Steven Verbruggen
Siegfried Gessulat
Ralf Gabriels
Anna Matsaroki
Hendrik Van de Voorde
Bernhard Kuster
Sven Degroeve
Lennart Martens
Wim Van Criekinge
Mathias Wilhelm
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2021
2020
Generalized calibration across liquid chromatography setups for generic prediction of small-molecule retention times
Robbin Bouwmeester
Lennart Martens
Sven Degroeve
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ANALYTICAL CHEMISTRY
2020
Removing the hidden data dependency of DIA with predicted spectral libraries
Bart Van Puyvelde
Sander Willems
Ralf Gabriels
Simon Daled
Laura De Clerck
Sofie Vande Casteele
An Staes
Francis Impens
Dieter Deforce
Lennart Martens
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PROTEOMICS
2020
The age of data-driven proteomics : how machine learning enables novel workflows
Robbin Bouwmeester
Ralf Gabriels
Tim Van Den Bossche
Lennart Martens
Sven Degroeve
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PROTEOMICS
2020
The difference is in the details : predicting the LC-IM-MS behaviour of metabolites and peptides
Robbin Bouwmeester
Lennart Martens
Sven Degroeve
Proefschrift
2020
2019
Accurate peptide fragmentation predictions allow data driven approaches to replace and improve upon proteomics search engine scoring functions
Ana Sílvia Ferreira Diamantino Coelho e Silva
Robbin Bouwmeester
Lennart Martens
Sven Degroeve
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2019
Comprehensive and empirical evaluation of machine learning algorithms for small molecule LC retention time prediction
Robbin Bouwmeester
Lennart Martens
Sven Degroeve
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ANALYTICAL CHEMISTRY
2019
Data-driven approaches for improved mass spectrometry-based analyte identification
Ana Sílvia Ferreira Diamantino Coelho e Silva
Lennart Martens
Sven Degroeve
Proefschrift
2019
Fast and accurate MS² peak intensity predictions for multiple fragmentation methods, instruments and labeling techniques
Ralf Gabriels
Lennart Martens
Sven Degroeve
C3
Conferentie
2019
MS²PIP : fast and accurate MS² peak intensity prediction for multiple fragmentation methods, instruments and labeling techniques
Ralf Gabriels
Lennart Martens
Sven Degroeve
C3
Conferentie
2019
Updated MS²PIP web server delivers fast and accurate MS² peak intensity prediction for multiple fragmentation methods, instruments and labeling techniques
Ralf Gabriels
Lennart Martens
Sven Degroeve
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2019
2018
Data-driven rescoring of metabolite annotations significantly improves sensitivity
Ana Sílvia Ferreira Diamantino Coelho e Silva
Andrew Palmer
Vitaly Kovalev
Artem Tarasov
Theodore Alexandrov
Lennart Martens
Sven Degroeve
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ANALYTICAL CHEMISTRY
2018
2017
MAPPI-DAT : data management and analysis for protein-protein interaction data from the high-throughput MAPPIT cell microarray platform
Surya Gupta
Veronic De Puysseleyr
José Van Der Heyden
Davy Maddelein
Irma Lemmens
Sam Lievens
Sven Degroeve
Jan Tavernier
Lennart Martens
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2017
2016
A pipeline for differential proteomics in unsequenced species
Sule Yilmaz-Rumpf
Bjorn Victor
Niels Hulstaert
Elien Vandermarliere
Harald Barsnes
Sven Degroeve
Surya Gupta
Adriaan Sticker
Sarah Gabriël
Pierre Dorny
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2016
Designing biomedical proteomics experiments : state-of-the-art and future perspectives
Evelyne Maes
Pieter Kelchtermans
Wout Bittremieux
Kurt De Grave
Sven Degroeve
Jef Hooyberghs
Inge Mertens
Geert Baggerman
Jan Ramon
Kris Laukens
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
EXPERT REVIEW OF PROTEOMICS
2016
Identification of quantitative proteomic differences between Mycobacterium tuberculosis lineages with altered virulence
Julian S Peters
Bridget Calder
Giulia Gonnelli
Sven Degroeve
Elinambinina Rajaonarifara
Nicola Mulder
Nelson C Soares
Lennart Martens
Jonathan M Blackburn
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FRONTIERS IN MICROBIOLOGY
2016
2015
A decoy-free approach to the identification of peptides
Giulia Gonnelli
Michiel Stock
Jan Verwaeren
Davy Maddelein
Bernard De Baets
Lennart Martens
Sven Degroeve
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2015
MS²PIP prediction server : compute and visualize MS² peak intensity predictions for CID and HCD fragmentation
Sven Degroeve
Davy Maddelein
Lennart Martens
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2015
2014
Machine learning applications in proteomics research: how the past can boost the future
Pieter Kelchtermans
Wout Bittremieux
Kurt De Grave
Sven Degroeve
Jan Ramon
Kris Laukens
Dirk Valkenborg
Harald Barsnes
Lennart Martens
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PROTEOMICS
2014
2013
Asn₃, a reliable, robust, and universal lock mass for improved accuracy in LC-MS and LC-MS/MS
An Staes
Jonathan Vandenbussche
Hans Demol
Marc Goethals
Sule Yilmaz-Rumpf
Niels Hulstaert
Sven Degroeve
Pieter Kelchtermans
Lennart Martens
Kris Gevaert
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ANALYTICAL CHEMISTRY
2013
MS²PIP: a tool for MS/MS peak intensity prediction
Sven Degroeve
Lennart Martens
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2013
Predicting tryptic cleavage from proteomics data using decision tree ensembles
Thomas Fannes
Elien Vandermarliere
Leander Schietgat
Sven Degroeve
Lennart Martens
Jan Ramon
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2013
Proteome-derived peptide libraries to study the substrate specificity profiles of carboxypeptidases
Sebastian Tanco
Julia Lorenzo
Javier Garcia-Pardo
Sven Degroeve
Lennart Martens
Francesc Xavier Aviles
Kris Gevaert
Petra Van Damme
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2013
2012
The effect of peptide identification search algorithms on MS2-based label-free protein quantification
Sven Degroeve
An Staes
Pieter-Jan De Bock
Lennart Martens
A1
Artikel in een tijdschrift
in
OMICS-A JOURNAL OF INTEGRATIVE BIOLOGY
2012
Towards a human proteomics atlas
Giulia Gonnelli
Niels Hulstaert
Sven Degroeve
Lennart Martens
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ANALYTICAL AND BIOANALYTICAL CHEMISTRY
2012
2011
A posteriori quality control for the curation and reuse of public proteomics data
Joseph M Foster
Sven Degroeve
Laurent Gatto
Matthieu Visser
Rui Wang
Johannes Griss
Rolf Apweiler
Lennart Martens
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PROTEOMICS
2011
A reproducibility-based evaluation procedure for quantifying the differences between MS/MS peak intensity normalization methods
Sven Degroeve
Niklaas Colaert
Joël Vandekerckhove
Kris Gevaert
Lennart Martens
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PROTEOMICS
2011
Analysis of the resolution limitations of peptide identification algorithms
Niklaas Colaert
Sven Degroeve
Kenny Helsens
Lennart Martens
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2011
Bioinformatics analysis of a Saccharomyces cerevisiae N-terminal proteome provides evidence of alternative translation initiation and post-translational N-terminal acetylation
Kenny Helsens
Petra Van Damme
Sven Degroeve
Lennart Martens
Thomas Arnesen
Joël Vandekerckhove
Kris Gevaert
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2011
Combining quantitative proteomics data processing workflows for greater sensitivity
Niklaas Colaert
Christophe Van Huele
Sven Degroeve
An Staes
Joël Vandekerckhove
Kris Gevaert
Lennart Martens
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE METHODS
2011
2007
Random forests as a tool for ecohydrological distribution modelling.
Jan Peters
Bernard De Baets
Niko Verhoest
Roeland Samson
Sven Degroeve
P DE BECKER
W HUYBRECHTS
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ECOLOGICAL MODELLING
2007
2006
Feature ranking using an EDA-based wrapper approach
Yvan Saeys
Sven Degroeve
Yves Van de Peer
Hoofdstuk in een boek
in
Towards a new evolutionary computation : advances in estimation of distribution algorithms
2006
Genome analysis of the smallest free-living eukaryote Ostreococcus tauri unveils many unique features
Evelyne Derelle
Conchita Ferraz
Stephane Rombauts
Pierre Rouzé
Alexandra Z Worden
Steven Robbens
Frédéric Partensky
Sven Degroeve
Sophie Echeynié
Richard Cooke
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
2006
The genome of black cottonwood, Populus trichocarpa (Torr. & Gray)
GA Tuskan
S DiFazio
S Jansson
J Bohlmann
I Grigoriev
U Hellsten
N Putnam
S Ralph
Stephane Rombauts
A Salamov
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENCE
2006
2005
A simulated annealing optimization of audio features for drum classification
Sven Degroeve
Koen Tanghe
Bernard De Baets
Marc Leman
Jean-Pierre Martens
C1
Conferentie
2005
An algorithm for detecting and labeling drum events in polyphonic music
Koen Tanghe
Sven Degroeve
Bernard De Baets
C1
Conferentie
2005
Collecting ground truth annotations for drum detection in polyphonic music
Koen Tanghe
Micheline Lesaffre
Sven Degroeve
Marc Leman
Bernard De Baets
Jean-Pierre Martens
C1
Conferentie
2005
Large-scale structural analysis of the core promoter in mammalian and plant genomes
Kobe Florquin
Yvan Saeys
Sven Degroeve
Pierre Rouzé
Yves Van de Peer
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2005
Large-scale structural analysis of the core promoter in mammalian and plant genomes
Kobe Florquin
Yvan Saeys
Sven Degroeve
Yves Van de Peer
C3
Conferentie
2005
SpliceMachine: predicting splice sites from high-dimensional local context representations
Sven Degroeve
Yvan Saeys
Bernard De Baets
Pierre Rouzé
Yves Van de Peer
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2005
Support Vector Machines for Bass and Snare Drum Recognition
Dirk Van Steelant
Koen Tanghe
Sven Degroeve
Bernard De Baets
Marc Leman
Jean-Pierre Martens
P1
Conferentie
2005
2004
Classification of Percussive Sounds using Support Vector Machines
Dirk Van Steelant
Koen Tanghe
Sven Degroeve
Bernard De Baets
Marc Leman
Jean-Pierre Martens
C1
Conferentie
2004
Design and evaluation of a linear classification strategy for gene structural element recognition
Sven Degroeve
Bernard, de Baets
Yves Van de Peer
Proefschrift
2004
Digging into acceptor splice site prediction : an iterative feature selection approach
Yvan Saeys
Sven Degroeve
Yves Van de Peer
A1
Artikel in een tijdschrift
in
LECTURE NOTES IN ARTIFICIAL INTELLIGENCE
2004
Feature selection for splice site prediction: A new method using EDA-based feature ranking
Yvan Saeys
Sven Degroeve
Dirk Aeyels
Pierre Rouzé
Yves Van de Peer
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC BIOINFORMATICS
2004
Selecting relevant features for gene structure prediction
Yvan Saeys
Sven Degroeve
Dirk Aeyels
Pierre Rouzé
Yves Van de Peer
C1
Conferentie
2004
Splice site prediction in eukaryote genome sequences : the algorithmic issues
Sven Degroeve
Yvan Saeys
Bernard De Baets
Yves Van de Peer
Pierre Rouzé
Hoofdstuk in een boek
in
The new avenues in bioinformatics
2004
The role of non-linear DNA structures in transcription
Kobe Florquin
Sven Degroeve
Yvan Saeys
Yves Van de Peer
C3
Conferentie
2004
2003
Fast feature selection using a simple estimation of distribution algorithm: a case study on splice site prediction
Yvan Saeys
Sven Degroeve
Dirk Aeyels
Yves Van de Peer
Pierre Rouzé
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2003
Feature selection using a simple estimation of distribution algorithm: a case study on splice site prediction
Yvan Saeys
Sven Degroeve
Dirk Aeyels
Yves Van de Peer
Pierre Rouzé
C3
Conferentie
2003
2002
Feature subset selection for splice site prediction
Sven Degroeve
Bernard De Baets
Yves Van de Peer
Pierre Rouzé
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2002
Feature subset selection for splice site prediction by estimation of distribution algorithms
Yvan Saeys
Sven Degroeve
Dirk Aeyels
Yves Van de Peer
Pierre Rouzé
C3
Conferentie
2002
Selecting Relevant Features for Splice Site Prediction by Estimation of Distribution Algorithms.
Yvan Saeys
Sven Degroeve
Dirk Aeyels
Yves Van de Peer
Pierre Rouzé
C1
Conferentie
2002